„Imunoregulace v ateroskleróze: Studie sekvenování RNA s jednou buňkou“
9. června 2025 aktualizováno: Carlos Vicente Serrano Junior, Hospital Israelita Albert Einstein
Architektonická imunoregulace u aterosklerotického onemocnění: sekvenování RNA s jednou buňkou a přístup prostorového biologie prostoru
Ateroskleróza je hlavní příčinou akutních kardiovaskulárních příhod, jako je infarkt myokardu a mrtvice, a je významným rizikovým faktorem pro kardiovaskulární úmrtnost.
Podrobné pochopení imunitních mechanismů a buněčných transformací zapojených do patogeneze aterosklerózy je stále omezené a použití sekvenování RNA s jedním buňkami (SCRNASEQ) odhalilo nové buněčné funkce a subpopulace spojené s progresí onemocnění.
Cílem této studie je identifikovat buněčné subpopulace, molekulární dráhy a změny v genové expresi související s vývojem aterosklerózy u lidských koronárních tepen.
Pomocí SCRNASEQ se studie snaží charakterizovat transkriptomickou krajinu buněk přítomných v aterosklerotických placích a identifikovat molekulární podpisy, které odhalují jednotlivé predispozice ke specifickým fenotypům, jako je citlivost onemocnění a reakce na terapie.
Výzkum bude prováděn v izraelské nemocnici Albert Einstein v São Paulo a bude zahrnovat vzorky z koronárních tepen a aterosklerotických plaků explantovaných srdcí pacientů, kteří podstoupili transplantace srdce a také z vyřazeného materiálu koronárního operace chlopně (CABG).
S odhadovanou velikostí vzorku 20-30 plaků umožní získaná data podrobnou analýzu molekulárních mechanismů zapojených do aterosklerózy, což přispívá k vývoji specifických terapeutických cílů.
Přehled studie
Postavení
Zatím nenabíráme
Podmínky
Intervence / Léčba
Detailní popis
Jedná se o prospektivní observační studii, která bude prováděna se vzorky koronárních tepen a aterosklerotických plaků z explantovaných srdcí pacientů s ischemickou kardiomyopatií, kteří podstoupili transplantace srdce a také z vyřazeného materiálu koronárního chiptovaného chirurgického provozu.
Vzorky aterosklerotických plaků budou získány z koronárních tepen během transplantačního chirurgického zákroku nebo postupu CABG a přepravují se do laboratoře do 2 hodin.
Vybrané tepny budou pitvány a mikroskopicky vyhodnoceny a vzorky budou fixovány ve formalinu, zabudovány do parafinu a obarveny pro histologickou analýzu.
Tkáň bude enzymaticky disociována za účelem získání jednotlivých buněk, které budou poté filtrovány a vyhodnoceny na životaschopnost buněk.
Buňky budou podstoupit jednobuněčné RNA sekvenování (SCRNASEQ) s cílem analyzovat přibližně 5 000–10 000 buněk na vzorek.
Velikost vzorku bude 20-30 plaků, s cílem zachytit hlavní buněčné populace a provést robustní analýzu.
Typ studie
Pozorovací
Zápis (Odhadovaný)
30
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní kontakt
- Jméno: Carlos Vicente Serrano, PhD
- Telefonní číslo: +55 (11) 2151-5408
- E-mail: carlos.sjunior@einstein.br
Studijní místa
-
-
SP
-
São Paulo, SP, Brazílie, 05652-900
- Hospital israelita Albert Einstein
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ne
Metoda odběru vzorků
Ukázka pravděpodobnosti
Studijní populace
Pacienti s diagnózou ischemické kardiomyopatie v důsledku pokročilé aterosklerózy, podstupující transplantaci srdce.
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Pacienti s diagnózou ischemické kardiomyopatie v důsledku pokročilé aterosklerózy podstupující transplantaci srdce;
- Pacienti s onemocněním koronární tepny podrobeni operaci štěpu koronární tepny (CABG). “
- Ve věku mezi 40 a 75 lety;
- Podepsaný formulář informovaného souhlasu.
Kritéria pro vyloučení:
- Pacienti se systémovými zánětlivými nebo autoimunitními onemocněními;
- Historie rakoviny za posledních 5 let nebo aktivní malignita;
- Nedávné použití (během posledních 6 měsíců) imunosupresivní terapie.
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Koronární plaky z explantovaného srdce
Vybrané tepny budou pitvány a mikroskopicky vyhodnoceny a vzorky budou fixovány ve formalinu, zabudovány do parafinu a obarveny pro histologickou analýzu.
Tkáň bude enzymaticky disociována za účelem získání jednotlivých buněk, které budou poté filtrovány a vyhodnoceny na životaschopnost buněk.
Buňky budou podstoupit jednobuněčné RNA sekvenování (SCRNASEQ) s cílem analyzovat přibližně 5 000–10 000 buněk na vzorek.
Velikost vzorku bude 20-30 plaků, s cílem zachytit hlavní buněčné populace a provést robustní analýzu.
|
Přepracování Normalizace dat, snížení rozměry a shlukování bude prováděno pomocí balíčku Seurat (na základě R). Typy buněk budou identifikovány na základě exprese genu kanonického markeru. Identifikace subpopulace buněk Shluky budou anotovány na základě podpisů známých typů buněk (např. Endoteliální buňky, buňky hladkého svalstva, makrofágy atd.). Pro identifikaci genů spojených s onemocněním bude provedena analýza diferenciální genové exprese. Obohacení cesty a funkce Analýza obohacení genu (GSEA) a analýzy cest (např. KEGG, Reactome) budou provedeny za účelem prozkoumání biologických procesů a cest, které řídí aterosklerózu. Kontrola kvality Čtení sekvencí bude hodnoceno z hlediska kvality pomocí FastQC a čtení nízké kvality bude odfiltrováno. Software Cell Ranger (10x genomika) bude použit k zarovnání čtení s lidským genomem a kvantifikaci genové exprese na úrovni jednobuněk. |
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Koncentrace shluků specifických buněk a subpopulací makrofágů / linfocitu: Vytvořte jednobuněčný atlas s vysokým rozlišením aterosklerotických plaků.
Časové okno: Po dokončení studie je průměrně 1 rok a půl.
|
Určete koncentraci buněčných shluků se specifickými zánětlivými subpopulacemi, aby se vytvořil jednobuněčný atlas s vysokým rozlišením aterosklerotických plaků a odhalil transkripční změny specifické pro buňky spojené s onemocněním.
Zjištění by mohla identifikovat nové terapeutické cíle pro intervenci v ateroskleróze a zvýšit porozumění její molekulární patogenezi.
|
Po dokončení studie je průměrně 1 rok a půl.
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Koncentrace interleukinů a buněčných podtypů tokem citometru k identifikaci molekulárních podpisů v ateroskleróze
Časové okno: Po dokončení studie je průměrně 1 rok a půl.
|
Sekundárním cílem je identifikovat molekulární podpisy, které odhalují jednotlivé predispozice ke specifickým fenotypům, jako je náchylnost k ateroskleróze, reakce na terapie a další zdravotní vlastnosti, založení základů pro precizním medicíně a studia zdraví populace v Brazílii stanovením specifických koncentrací pro a anti-zánětlivých molekul a typů buněk.
|
Po dokončení studie je průměrně 1 rok a půl.
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- Li Q, Wang M, Zhang S, Jin M, Chen R, Luo Y, Sun X. Single-cell RNA sequencing in atherosclerosis: Mechanism and precision medicine. Front Pharmacol. 2022 Oct 4;13:977490. doi: 10.3389/fphar.2022.977490. eCollection 2022.
- Zhang H, Viveiros A, Nikhanj A, Nguyen Q, Wang K, Wang W, Freed DH, Mullen JC, MacArthur R, Kim DH, Tymchak W, Sergi CM, Kassiri Z, Wang S, Oudit GY. The Human Explanted Heart Program: A translational bridge for cardiovascular medicine. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2021 Jan 1;1867(1):165995. doi: 10.1016/j.bbadis.2020.165995. Epub 2020 Oct 22.
- Rajab TK, Singh SK. Donation After Cardiac Death Heart Transplantation in America Is Clinically Necessary and Ethically Justified. Circ Heart Fail. 2018 Mar;11(3):e004884. doi: 10.1161/CIRCHEARTFAILURE.118.004884. No abstract available.
- Price AL, Patterson N, Yu F, Cox DR, Waliszewska A, McDonald GJ, Tandon A, Schirmer C, Neubauer J, Bedoya G, Duque C, Villegas A, Bortolini MC, Salzano FM, Gallo C, Mazzotti G, Tello-Ruiz M, Riba L, Aguilar-Salinas CA, Canizales-Quinteros S, Menjivar M, Klitz W, Henderson B, Haiman CA, Winkler C, Tusie-Luna T, Ruiz-Linares A, Reich D. A genomewide admixture map for Latino populations. Am J Hum Genet. 2007 Jun;80(6):1024-36. doi: 10.1086/518313. Epub 2007 Apr 13.
- Gouveia MH, Bentley AR, Leal TP, Tarazona-Santos E, Bustamante CD, Adeyemo AA, Rotimi CN, Shriner D. Unappreciated subcontinental admixture in Europeans and European Americans and implications for genetic epidemiology studies. Nat Commun. 2023 Nov 7;14(1):6802. doi: 10.1038/s41467-023-42491-0.
- Hu Z, Liu W, Hua X, Chen X, Chang Y, Hu Y, Xu Z, Song J. Single-Cell Transcriptomic Atlas of Different Human Cardiac Arteries Identifies Cell Types Associated With Vascular Physiology. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2021 Apr;41(4):1408-1427. doi: 10.1161/ATVBAHA.120.315373. Epub 2021 Feb 25.
- Soehnlein O, Libby P. Targeting inflammation in atherosclerosis - from experimental insights to the clinic. Nat Rev Drug Discov. 2021 Aug;20(8):589-610. doi: 10.1038/s41573-021-00198-1. Epub 2021 May 11.
- Fernandez DM, Rahman AH, Fernandez NF, Chudnovskiy A, Amir ED, Amadori L, Khan NS, Wong CK, Shamailova R, Hill CA, Wang Z, Remark R, Li JR, Pina C, Faries C, Awad AJ, Moss N, Bjorkegren JLM, Kim-Schulze S, Gnjatic S, Ma'ayan A, Mocco J, Faries P, Merad M, Giannarelli C. Single-cell immune landscape of human atherosclerotic plaques. Nat Med. 2019 Oct;25(10):1576-1588. doi: 10.1038/s41591-019-0590-4. Epub 2019 Oct 7.
- Wirka RC, Wagh D, Paik DT, Pjanic M, Nguyen T, Miller CL, Kundu R, Nagao M, Coller J, Koyano TK, Fong R, Woo YJ, Liu B, Montgomery SB, Wu JC, Zhu K, Chang R, Alamprese M, Tallquist MD, Kim JB, Quertermous T. Atheroprotective roles of smooth muscle cell phenotypic modulation and the TCF21 disease gene as revealed by single-cell analysis. Nat Med. 2019 Aug;25(8):1280-1289. doi: 10.1038/s41591-019-0512-5. Epub 2019 Jul 29.
- Kim K, Park SE, Park JS, Choi JH. Characteristics of plaque lipid-associated macrophages and their possible roles in the pathogenesis of atherosclerosis. Curr Opin Lipidol. 2022 Oct 1;33(5):283-288. doi: 10.1097/MOL.0000000000000842. Epub 2022 Aug 3.
- Chattopadhyay A, Guan P, Majumder S, Kaw K, Zhou Z, Zhang C, Prakash SK, Kaw A, Buja LM, Kwartler CS, Milewicz DM. Preventing Cholesterol-Induced Perk (Protein Kinase RNA-Like Endoplasmic Reticulum Kinase) Signaling in Smooth Muscle Cells Blocks Atherosclerotic Plaque Formation. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2022 Aug;42(8):1005-1022. doi: 10.1161/ATVBAHA.121.317451. Epub 2022 Jun 16.
- Su C, Lu Y, Wang Z, Guo J, Hou Y, Wang X, Qin Z, Gao J, Sun Z, Dai Y, Liu Y, Liu G, Xian X, Cui X, Zhang J, Tang J. Atherosclerosis: The Involvement of Immunity, Cytokines and Cells in Pathogenesis, and Potential Novel Therapeutics. Aging Dis. 2023 Aug 1;14(4):1214-1242. doi: 10.14336/AD.2022.1208.
- Serrano CV Jr, Yoshida VM, Venturinelli ML, D'Amico E, Monteiro HP, Ramires JA, da Luz PL. Effect of simvastatin on monocyte adhesion molecule expression in patients with hypercholesterolemia. Atherosclerosis. 2001 Aug;157(2):505-12. doi: 10.1016/s0021-9150(00)00757-7.
- Serrano CV Jr, de Mattos FR, Pitta FG, Nomura CH, de Lemos J, Ramires JAF, Kalil-Filho R. Association between Neutrophil-Lymphocyte and Platelet-Lymphocyte Ratios and Coronary Artery Calcification Score among Asymptomatic Patients: Data from a Cross-Sectional Study. Mediators Inflamm. 2019 Mar 26;2019:6513847. doi: 10.1155/2019/6513847. eCollection 2019.
- Makover ME, Shapiro MD, Toth PP. There is urgent need to treat atherosclerotic cardiovascular disease risk earlier, more intensively, and with greater precision: A review of current practice and recommendations for improved effectiveness. Am J Prev Cardiol. 2022 Aug 6;12:100371. doi: 10.1016/j.ajpc.2022.100371. eCollection 2022 Dec.
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Odhadovaný)
25. června 2025
Primární dokončení (Odhadovaný)
25. října 2026
Dokončení studie (Odhadovaný)
25. dubna 2027
Termíny zápisu do studia
První předloženo
24. února 2025
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
28. února 2025
První zveřejněno (Aktuální)
6. března 2025
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
10. června 2025
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
9. června 2025
Naposledy ověřeno
1. června 2025
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- AteroImunoHIAE
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
ANO
Popis plánu IPD
Data ScRNA-SEQ a R skripty použité v analýze této studie budou k dispozici od odpovídajícího autora na vyžádání.
Typ podpůrných informací pro sdílení IPD
- PROTOKOL STUDY
- MÍZA
- CSR
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
produkt vyrobený a vyvážený z USA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .