«Иммунорегуляция при атеросклерозе: одноклеточное исследование секвенирования РНК»
9 июня 2025 г. обновлено: Carlos Vicente Serrano Junior, Hospital Israelita Albert Einstein
Архитектурная иммунорегуляция при атеросклеротической болезни: одноклеточный секвенирование РНК и подход пространственной биологии
Атеросклероз является основной причиной острых сердечно -сосудистых событий, таких как инфаркт миокарда и инсульт, и является значительным фактором риска для сердечно -сосудистой смертности.
Подробное понимание иммунных механизмов и клеточных преобразований, связанных с патогенезом атеросклероза, все еще ограничено, и использование одноклеточного секвенирования РНК (SCRNASEQ) выявило новые клеточные функции и субпопуляции, связанные с прогрессированием заболевания.
Это исследование направлено на выявление клеточных субпопуляций, молекулярных путей и изменений в экспрессии генов, связанных с развитием атеросклероза в коронарных артериях человека.
Используя SCRNASEQ, исследование направлено на то, чтобы охарактеризовать транскриптомный ландшафт клеток, присутствующих в атеросклеротических бляшках, и идентифицировать молекулярные сигнатуры, которые выявляют индивидуальные предрасположенности к специфическим фенотипам, таким как восприимчивость к заболеваниям и реакция на терапию.
Исследование будет проведено в израильской больнице Альберта Эйнштейна в Сан -Паулу и будет включать образцы из коронарных артерий и атеросклеротических досок эксплантированных сердец пациентов, перенесших трансплантаты сердца, а также от выброшенных материалов с коронарной артериальной хирургией по шунтированию артерии (CABG).
При расчетном размере выборки 20-30 бляшек полученные данные позволят провести подробный анализ молекулярных механизмов, участвующих в атеросклерозе, способствуя развитию специфических терапевтических мишеней.
Обзор исследования
Статус
Еще не набирают
Условия
Вмешательство/лечение
Подробное описание
Это проспективное обсервационное исследование, которое будет проводиться с образцами коронарных артерий и атеросклеротических бляшек из эксплантированных сердец пациентов с ишемической кардиомиопатией, которые перенесли трансплантаты сердца, а также от выброшенного материала передачи трансплантата коронарной артерии.
Образцы атеросклеротической бляшки будут извлечены из коронарных артерий во время операции по трансплантации или процедуры CABG и перенесены в лабораторию в течение 2 часов.
Выбранные артерии будут рассечены и микроскопически оценены, а образцы будут зафиксированы в формалине, встроены в парафин и окрашены для гистологического анализа.
Ткань будет ферментативно диссоциирована для получения отдельных клеток, которые затем будут фильтровать и оцениваться для жизнеспособности клеток.
Клетки будут подвергаться одноклеточному секвенированию РНК (SCRNASEQ) с целью анализа около 5000-10 000 клеток на образец.
Размер выборки будет составлять 20-30 бляшек, с целью захвата основных клеточных популяций и проведения надежного анализа.
Тип исследования
Наблюдательный
Регистрация (Оцененный)
30
Контакты и местонахождение
В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.
Контакты исследования
- Имя: Carlos Vicente Serrano, PhD
- Номер телефона: +55 (11) 2151-5408
- Электронная почта: carlos.sjunior@einstein.br
Места учебы
-
-
SP
-
São Paulo, SP, Бразилия, 05652-900
- Hospital israelita Albert Einstein
-
-
Критерии участия
Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Взрослый
- Пожилой взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Нет
Метод выборки
Вероятностная выборка
Исследуемая популяция
Пациенты с диагнозом ишемической кардиомиопатией из -за прогрессирующего атеросклероза, перенесшего трансплантацию сердца.
Описание
Критерии включения:
- Пациенты с диагнозом ишемической кардиомиопатией из -за прогрессирующего атеросклероза, подвергаясь трансплантации сердца;
- Пациенты с заболеванием коронарной артерии, представленные в операцию по шунтированию коронарной артерии (CABG) ».
- В возрасте от 40 до 75 лет;
- Подписанная форма информированного согласия.
Критерии исключения:
- Пациенты с системными воспалительными или аутоиммунными заболеваниями;
- История рака в течение последних 5 лет или активная злокачественная опухоль;
- Недавнее использование (в течение последних 6 месяцев) иммуносупрессивной терапии.
Учебный план
В этом разделе представлена подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Коронарные бляшки из эксплантированного сердца
Выбранные артерии будут рассечены и микроскопически оценены, а образцы будут зафиксированы в формалине, встроены в парафин и окрашены для гистологического анализа.
Ткань будет ферментативно диссоциирована для получения отдельных клеток, которые затем будут фильтровать и оцениваться для жизнеспособности клеток.
Клетки будут подвергаться одноклеточному секвенированию РНК (SCRNASEQ) с целью анализа около 5000-10 000 клеток на образец.
Размер выборки будет составлять 20-30 бляшек, с целью захвата основных клеточных популяций и проведения надежного анализа.
|
Переработка Нормализация данных, снижение размерности и кластеризация будут выполняться с использованием пакета Seurat (на основе R). Типы клеток будут идентифицированы на основе экспрессии гена канонического маркера. Идентификация субпопуляции ячейки Кластеры будут аннотировать на основе сигнатур известных типов клеток (например, эндотелиальные клетки, клетки гладких мышц, макрофаги и т. Д.). Дифференциальный анализ экспрессии генов будет проводиться для выявления генов, связанных с болезнью. Обогащение пути и функции Анализ обогащения генов (GSEA) и анализа пути (например, Kegg, Reactome) будут проведены для изучения биологических процессов и путей, стимулирующих атеросклероз. Контроль качества Снятые считывания будут оцениваться на предмет качества с использованием FASTQC, а низкокачественные показания будут отфильтрованы. Программное обеспечение Cell Ranger (10x Genomics) будет использоваться для выравнивания чтения с геномом человека и количественной оценки экспрессии генов на одноклеточном уровне. |
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Концентрация специфических кластеров клеток и субпопуляций макрофагов / линфоцита: создание одноклеточного атласа с высоким разрешением атеросклеротических бляшек.
Временное ограничение: Благодаря завершению исследования, в среднем полтора полутора лет.
|
Определите концентрацию клеточных кластеров со специфическими воспалительными субпопуляциями, чтобы создать одноклеточный атлас с высоким разрешением атеросклеротических бляшек, выявляя специфические для клеток транскрипционные изменения, связанные с заболеванием.
Результаты могут идентифицировать новые терапевтические мишени для вмешательства в атеросклероз и усилить понимание его молекулярного патогенеза.
|
Благодаря завершению исследования, в среднем полтора полутора лет.
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Концентрация интерлейкинов и клеточных подтипов путем потока цитометра для идентификации молекулярных признаков при атеросклерозе
Временное ограничение: Благодаря завершению исследования, в среднем полтора полутора лет.
|
Вторичная цель состоит в том, чтобы идентифицировать молекулярные сигнатуры, которые выявляют индивидуальные предрасположенности к специфическим фенотипам, таким как восприимчивость к атеросклерозу, реакция на терапию и другие характеристики здоровья, создание основания для точной медицины и исследований здоровья населения в Бразилии путем определения специфических концентраций Pro и противовоспалительных молекул и типов клеток.
|
Благодаря завершению исследования, в среднем полтора полутора лет.
|
Соавторы и исследователи
Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.
Публикации и полезные ссылки
Лицо, ответственное за внесение сведений об исследовании, добровольно предоставляет эти публикации. Это может быть что угодно, связанное с исследованием.
Общие публикации
- Li Q, Wang M, Zhang S, Jin M, Chen R, Luo Y, Sun X. Single-cell RNA sequencing in atherosclerosis: Mechanism and precision medicine. Front Pharmacol. 2022 Oct 4;13:977490. doi: 10.3389/fphar.2022.977490. eCollection 2022.
- Zhang H, Viveiros A, Nikhanj A, Nguyen Q, Wang K, Wang W, Freed DH, Mullen JC, MacArthur R, Kim DH, Tymchak W, Sergi CM, Kassiri Z, Wang S, Oudit GY. The Human Explanted Heart Program: A translational bridge for cardiovascular medicine. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2021 Jan 1;1867(1):165995. doi: 10.1016/j.bbadis.2020.165995. Epub 2020 Oct 22.
- Rajab TK, Singh SK. Donation After Cardiac Death Heart Transplantation in America Is Clinically Necessary and Ethically Justified. Circ Heart Fail. 2018 Mar;11(3):e004884. doi: 10.1161/CIRCHEARTFAILURE.118.004884. No abstract available.
- Price AL, Patterson N, Yu F, Cox DR, Waliszewska A, McDonald GJ, Tandon A, Schirmer C, Neubauer J, Bedoya G, Duque C, Villegas A, Bortolini MC, Salzano FM, Gallo C, Mazzotti G, Tello-Ruiz M, Riba L, Aguilar-Salinas CA, Canizales-Quinteros S, Menjivar M, Klitz W, Henderson B, Haiman CA, Winkler C, Tusie-Luna T, Ruiz-Linares A, Reich D. A genomewide admixture map for Latino populations. Am J Hum Genet. 2007 Jun;80(6):1024-36. doi: 10.1086/518313. Epub 2007 Apr 13.
- Gouveia MH, Bentley AR, Leal TP, Tarazona-Santos E, Bustamante CD, Adeyemo AA, Rotimi CN, Shriner D. Unappreciated subcontinental admixture in Europeans and European Americans and implications for genetic epidemiology studies. Nat Commun. 2023 Nov 7;14(1):6802. doi: 10.1038/s41467-023-42491-0.
- Hu Z, Liu W, Hua X, Chen X, Chang Y, Hu Y, Xu Z, Song J. Single-Cell Transcriptomic Atlas of Different Human Cardiac Arteries Identifies Cell Types Associated With Vascular Physiology. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2021 Apr;41(4):1408-1427. doi: 10.1161/ATVBAHA.120.315373. Epub 2021 Feb 25.
- Soehnlein O, Libby P. Targeting inflammation in atherosclerosis - from experimental insights to the clinic. Nat Rev Drug Discov. 2021 Aug;20(8):589-610. doi: 10.1038/s41573-021-00198-1. Epub 2021 May 11.
- Fernandez DM, Rahman AH, Fernandez NF, Chudnovskiy A, Amir ED, Amadori L, Khan NS, Wong CK, Shamailova R, Hill CA, Wang Z, Remark R, Li JR, Pina C, Faries C, Awad AJ, Moss N, Bjorkegren JLM, Kim-Schulze S, Gnjatic S, Ma'ayan A, Mocco J, Faries P, Merad M, Giannarelli C. Single-cell immune landscape of human atherosclerotic plaques. Nat Med. 2019 Oct;25(10):1576-1588. doi: 10.1038/s41591-019-0590-4. Epub 2019 Oct 7.
- Wirka RC, Wagh D, Paik DT, Pjanic M, Nguyen T, Miller CL, Kundu R, Nagao M, Coller J, Koyano TK, Fong R, Woo YJ, Liu B, Montgomery SB, Wu JC, Zhu K, Chang R, Alamprese M, Tallquist MD, Kim JB, Quertermous T. Atheroprotective roles of smooth muscle cell phenotypic modulation and the TCF21 disease gene as revealed by single-cell analysis. Nat Med. 2019 Aug;25(8):1280-1289. doi: 10.1038/s41591-019-0512-5. Epub 2019 Jul 29.
- Kim K, Park SE, Park JS, Choi JH. Characteristics of plaque lipid-associated macrophages and their possible roles in the pathogenesis of atherosclerosis. Curr Opin Lipidol. 2022 Oct 1;33(5):283-288. doi: 10.1097/MOL.0000000000000842. Epub 2022 Aug 3.
- Chattopadhyay A, Guan P, Majumder S, Kaw K, Zhou Z, Zhang C, Prakash SK, Kaw A, Buja LM, Kwartler CS, Milewicz DM. Preventing Cholesterol-Induced Perk (Protein Kinase RNA-Like Endoplasmic Reticulum Kinase) Signaling in Smooth Muscle Cells Blocks Atherosclerotic Plaque Formation. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2022 Aug;42(8):1005-1022. doi: 10.1161/ATVBAHA.121.317451. Epub 2022 Jun 16.
- Su C, Lu Y, Wang Z, Guo J, Hou Y, Wang X, Qin Z, Gao J, Sun Z, Dai Y, Liu Y, Liu G, Xian X, Cui X, Zhang J, Tang J. Atherosclerosis: The Involvement of Immunity, Cytokines and Cells in Pathogenesis, and Potential Novel Therapeutics. Aging Dis. 2023 Aug 1;14(4):1214-1242. doi: 10.14336/AD.2022.1208.
- Serrano CV Jr, Yoshida VM, Venturinelli ML, D'Amico E, Monteiro HP, Ramires JA, da Luz PL. Effect of simvastatin on monocyte adhesion molecule expression in patients with hypercholesterolemia. Atherosclerosis. 2001 Aug;157(2):505-12. doi: 10.1016/s0021-9150(00)00757-7.
- Serrano CV Jr, de Mattos FR, Pitta FG, Nomura CH, de Lemos J, Ramires JAF, Kalil-Filho R. Association between Neutrophil-Lymphocyte and Platelet-Lymphocyte Ratios and Coronary Artery Calcification Score among Asymptomatic Patients: Data from a Cross-Sectional Study. Mediators Inflamm. 2019 Mar 26;2019:6513847. doi: 10.1155/2019/6513847. eCollection 2019.
- Makover ME, Shapiro MD, Toth PP. There is urgent need to treat atherosclerotic cardiovascular disease risk earlier, more intensively, and with greater precision: A review of current practice and recommendations for improved effectiveness. Am J Prev Cardiol. 2022 Aug 6;12:100371. doi: 10.1016/j.ajpc.2022.100371. eCollection 2022 Dec.
Даты записи исследования
Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.
Изучение основных дат
Начало исследования (Оцененный)
25 июня 2025 г.
Первичное завершение (Оцененный)
25 октября 2026 г.
Завершение исследования (Оцененный)
25 апреля 2027 г.
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
24 февраля 2025 г.
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
28 февраля 2025 г.
Первый опубликованный (Действительный)
6 марта 2025 г.
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
10 июня 2025 г.
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
9 июня 2025 г.
Последняя проверка
1 июня 2025 г.
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- AteroImunoHIAE
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
ДА
Описание плана IPD
Данные SCRNA-seq и R-сценарии, используемые при анализе этого исследования, будут доступны от соответствующего автора по запросу.
Совместное использование IPD Поддерживающий тип информации
- STUDY_PROTOCOL
- САП
- КСО
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Нет
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Нет
продукт, произведенный в США и экспортированный из США.
Нет
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .