- ICH GCP
- Yhdysvaltain kliinisten tutkimusten rekisteri
- Kliininen tutkimus NCT06860295
"Immunoregulaatio ateroskleroosissa: yksisoluinen RNA-sekvensointitutkimus"
Arkkitehtoninen immunoregulaatio ateroskleroottisessa sairaudessa: yksisoluinen RNA-sekvensointi ja alueellinen biologialähestymistapa
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Carlos Vicente Serrano, PhD
- Puhelinnumero: +55 (11) 2151-5408
- Sähköposti: carlos.sjunior@einstein.br
Opiskelupaikat
-
-
SP
-
São Paulo, SP, Brasilia, 05652-900
- Hospital israelita Albert Einstein
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Potilailla, joilla on diagnosoitu iskeeminen kardiomyopatia edenneen ateroskleroosin vuoksi, sydämensiirrossa;
- Sepelvaltimoiden ohitusleikkaukseen (CABG) olleet sepelvaltimovaltimon sairauspotilaat (CABG). "
- 40–75 -vuotiaita;
- Allekirjoitettu tietoinen suostumuslomake.
Poissulkemiskriteerit:
- Potilaat, joilla on systeemisiä tulehduksellisia tai autoimmuunisairauksia;
- Syövän historia viimeisen 5 vuoden aikana tai aktiivinen pahanlaatuisuus;
- Viimeaikainen käyttö (viimeisen 6 kuukauden aikana) immunosuppressiivisesta hoidosta.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Sepelvaltimoiden plakkit selitetystä sydämeltä
Valitut valtimot leikataan ja arvioidaan mikroskooppisesti, ja näytteet kiinnitetään formaliiniin, upotettuna parafiiniin ja värjätään histologista analyysiä varten.
Kudos dissosioituu entsymaattisesti yksittäisten solujen saamiseksi, jotka sitten suodatetaan ja arvioidaan solujen elinkykyisyyden suhteen.
Soluille tehdään yksisoluinen RNA-sekvensointi (SCRNAESQ) tavoitteena analysoida noin 5000-10 000 solua näytettä kohti.
Otoksen koko on 20-30 plakkia, tavoitteena kaappaamalla pääasialliset solupopulaatiot ja suorittaa vankka analyysi.
|
Uudelleenkäsittely Tietojen normalisointi, ulottuvuuden vähentäminen ja klusterointi suoritetaan Seurat -paketilla (perustuu R). Solutyypit tunnistetaan kanonisen markkerigeeniekspression perusteella. Solujen alaryhmän tunnistaminen Klusterit merkitään tunnettujen solutyyppien allekirjoitusten (esim. Endoteelisolujen, sileiden lihassolujen, makrofagien jne. Allekirjoitusten perusteella. Erottelugeenien ekspressioanalyysi suoritetaan sairauksiin liittyvien geenien tunnistamiseksi. Polku ja toiminnan rikastuminen Geenisarjan rikastusanalyysi (GSEA) ja reitianalyysit (esim. KEGG, Reactome) suoritetaan ateroskleroosia johtavien biologisten prosessien ja reittien tutkimiseksi. Laadunvalvonta Sekvensointilukemat arvioidaan laatuun FastQC: n avulla, ja heikkolaatuiset lukemat suodatetaan. Cell Ranger -ohjelmistoa (10x genomiikka) käytetään ihmisten genomiin liittyvien lukemien kohdistamiseen ja geeniekspression kvantifiointiin yksisoluisella tasolla. |
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Spesifisten solujen klusterien ja makrofagien / linfocite-alaryhmien pitoisuus: Luo korkearesoluutioinen yksisoluinen ateroskleroottisten plakkien yksisoluinen atlas.
Aikaikkuna: Tutkimuksen valmistumisen aikana keskimäärin puolitoista vuotta.
|
Määritä soluklusterien konsentraatio, jolla on spesifinen tulehduksellinen alaryhmä määritys luoda korkearesoluutioinen yksisoluinen ateroskleroottisten plakkien yksisoluinen atlas, paljastaen sairauteen liittyviä soluspesifisiä transkriptionaalisia muutoksia.
Tulokset voisivat tunnistaa ateroskleroosin interventioiden uudet terapeuttiset kohteet ja parantaa sen molekyylin patogeneesin ymmärtämistä.
|
Tutkimuksen valmistumisen aikana keskimäärin puolitoista vuotta.
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Interleukiinien ja solujen alatyyppien pitoisuus citometrin virtauksella molekyylin allekirjoitusten tunnistamiseksi ateroskleroosissa
Aikaikkuna: Tutkimuksen valmistumisen aikana keskimäärin puolitoista vuotta.
|
Toissijainen tavoite on tunnistaa molekyyliset allekirjoitukset, jotka paljastavat yksilölliset alttiitteet spesifisille fenotyyppeille, kuten alttius ateroskleroosille, vaste hoitoon ja muille terveysominaisuuksille, perustamalla tarkkuuslääketieteen ja populaatioterveystutkimuksen perusta brasiliassa määrittämällä pro- ja anti-inflammatoristen molekyylien ja solutyyppien pitoisuudet.
|
Tutkimuksen valmistumisen aikana keskimäärin puolitoista vuotta.
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- Li Q, Wang M, Zhang S, Jin M, Chen R, Luo Y, Sun X. Single-cell RNA sequencing in atherosclerosis: Mechanism and precision medicine. Front Pharmacol. 2022 Oct 4;13:977490. doi: 10.3389/fphar.2022.977490. eCollection 2022.
- Zhang H, Viveiros A, Nikhanj A, Nguyen Q, Wang K, Wang W, Freed DH, Mullen JC, MacArthur R, Kim DH, Tymchak W, Sergi CM, Kassiri Z, Wang S, Oudit GY. The Human Explanted Heart Program: A translational bridge for cardiovascular medicine. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2021 Jan 1;1867(1):165995. doi: 10.1016/j.bbadis.2020.165995. Epub 2020 Oct 22.
- Rajab TK, Singh SK. Donation After Cardiac Death Heart Transplantation in America Is Clinically Necessary and Ethically Justified. Circ Heart Fail. 2018 Mar;11(3):e004884. doi: 10.1161/CIRCHEARTFAILURE.118.004884. No abstract available.
- Price AL, Patterson N, Yu F, Cox DR, Waliszewska A, McDonald GJ, Tandon A, Schirmer C, Neubauer J, Bedoya G, Duque C, Villegas A, Bortolini MC, Salzano FM, Gallo C, Mazzotti G, Tello-Ruiz M, Riba L, Aguilar-Salinas CA, Canizales-Quinteros S, Menjivar M, Klitz W, Henderson B, Haiman CA, Winkler C, Tusie-Luna T, Ruiz-Linares A, Reich D. A genomewide admixture map for Latino populations. Am J Hum Genet. 2007 Jun;80(6):1024-36. doi: 10.1086/518313. Epub 2007 Apr 13.
- Gouveia MH, Bentley AR, Leal TP, Tarazona-Santos E, Bustamante CD, Adeyemo AA, Rotimi CN, Shriner D. Unappreciated subcontinental admixture in Europeans and European Americans and implications for genetic epidemiology studies. Nat Commun. 2023 Nov 7;14(1):6802. doi: 10.1038/s41467-023-42491-0.
- Hu Z, Liu W, Hua X, Chen X, Chang Y, Hu Y, Xu Z, Song J. Single-Cell Transcriptomic Atlas of Different Human Cardiac Arteries Identifies Cell Types Associated With Vascular Physiology. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2021 Apr;41(4):1408-1427. doi: 10.1161/ATVBAHA.120.315373. Epub 2021 Feb 25.
- Soehnlein O, Libby P. Targeting inflammation in atherosclerosis - from experimental insights to the clinic. Nat Rev Drug Discov. 2021 Aug;20(8):589-610. doi: 10.1038/s41573-021-00198-1. Epub 2021 May 11.
- Fernandez DM, Rahman AH, Fernandez NF, Chudnovskiy A, Amir ED, Amadori L, Khan NS, Wong CK, Shamailova R, Hill CA, Wang Z, Remark R, Li JR, Pina C, Faries C, Awad AJ, Moss N, Bjorkegren JLM, Kim-Schulze S, Gnjatic S, Ma'ayan A, Mocco J, Faries P, Merad M, Giannarelli C. Single-cell immune landscape of human atherosclerotic plaques. Nat Med. 2019 Oct;25(10):1576-1588. doi: 10.1038/s41591-019-0590-4. Epub 2019 Oct 7.
- Wirka RC, Wagh D, Paik DT, Pjanic M, Nguyen T, Miller CL, Kundu R, Nagao M, Coller J, Koyano TK, Fong R, Woo YJ, Liu B, Montgomery SB, Wu JC, Zhu K, Chang R, Alamprese M, Tallquist MD, Kim JB, Quertermous T. Atheroprotective roles of smooth muscle cell phenotypic modulation and the TCF21 disease gene as revealed by single-cell analysis. Nat Med. 2019 Aug;25(8):1280-1289. doi: 10.1038/s41591-019-0512-5. Epub 2019 Jul 29.
- Kim K, Park SE, Park JS, Choi JH. Characteristics of plaque lipid-associated macrophages and their possible roles in the pathogenesis of atherosclerosis. Curr Opin Lipidol. 2022 Oct 1;33(5):283-288. doi: 10.1097/MOL.0000000000000842. Epub 2022 Aug 3.
- Chattopadhyay A, Guan P, Majumder S, Kaw K, Zhou Z, Zhang C, Prakash SK, Kaw A, Buja LM, Kwartler CS, Milewicz DM. Preventing Cholesterol-Induced Perk (Protein Kinase RNA-Like Endoplasmic Reticulum Kinase) Signaling in Smooth Muscle Cells Blocks Atherosclerotic Plaque Formation. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2022 Aug;42(8):1005-1022. doi: 10.1161/ATVBAHA.121.317451. Epub 2022 Jun 16.
- Su C, Lu Y, Wang Z, Guo J, Hou Y, Wang X, Qin Z, Gao J, Sun Z, Dai Y, Liu Y, Liu G, Xian X, Cui X, Zhang J, Tang J. Atherosclerosis: The Involvement of Immunity, Cytokines and Cells in Pathogenesis, and Potential Novel Therapeutics. Aging Dis. 2023 Aug 1;14(4):1214-1242. doi: 10.14336/AD.2022.1208.
- Serrano CV Jr, Yoshida VM, Venturinelli ML, D'Amico E, Monteiro HP, Ramires JA, da Luz PL. Effect of simvastatin on monocyte adhesion molecule expression in patients with hypercholesterolemia. Atherosclerosis. 2001 Aug;157(2):505-12. doi: 10.1016/s0021-9150(00)00757-7.
- Serrano CV Jr, de Mattos FR, Pitta FG, Nomura CH, de Lemos J, Ramires JAF, Kalil-Filho R. Association between Neutrophil-Lymphocyte and Platelet-Lymphocyte Ratios and Coronary Artery Calcification Score among Asymptomatic Patients: Data from a Cross-Sectional Study. Mediators Inflamm. 2019 Mar 26;2019:6513847. doi: 10.1155/2019/6513847. eCollection 2019.
- Makover ME, Shapiro MD, Toth PP. There is urgent need to treat atherosclerotic cardiovascular disease risk earlier, more intensively, and with greater precision: A review of current practice and recommendations for improved effectiveness. Am J Prev Cardiol. 2022 Aug 6;12:100371. doi: 10.1016/j.ajpc.2022.100371. eCollection 2022 Dec.
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Arvioitu)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- AteroImunoHIAE
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
IPD-suunnitelman kuvaus
IPD-jakamista tukeva tietotyyppi
- STUDY_PROTOCOL
- MAHLA
- CSR
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Yhdysvalloissa valmistettu ja sieltä viety tuote
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .