SARS-CoV2 (COVID-19) diagnose i menneskeligt spyt af MALDI-TOF MS profilering (CoviDiagMS)
Siden marts 2020 er SARS-CoV2-virus (nCoV19; COVID-19) betragtet som pandemi. Dens høje sprednings- og infektionsrate i den menneskelige befolkning og manglen på effektiv og valideret behandling har fået myndighederne i flere lande til at begrænse deres befolkninger for at bremse spredningen af COVID-19. Som en del af håndteringen af denne sundhedskrise er screening af individer afgørende for at isolere "inficerede tilfælde". Disse screeningstests udføres i øjeblikket på nasopharyngeale podninger ved hjælp af RT-PCR til påvisning af viralt RNA. Selvom disse tests er følsomme og specifikke, forbliver de relativt lange (2-5 timer), dyre og den stærke internationale efterspørgsel efter nukleinekstraktionssæt og enzymer er faktorer, der begrænser implementeringen af udbredt screening (problem med levering af podninger, molekylærbiologiske forbrugsstoffer).
For at forhindre risikoen for mangel på screeningsmidler foreslår vi at udvikle en innovativ alternativ strategi, PCR-fri, baseret på påvisning af specifikke proteinsignaturer i menneskeligt spyt ved MALDI-TOF MS profilering. MALDI-TOF MS profilering er en metode, der anvendes i rutinediagnostik af mikrobiologiske laboratorier til identifikation af mikroorganismer. MALDI-TOF MS-profilering er med succes blevet brugt til at klassificere individer i henhold til deres infektionsstatus (orale patologier) baseret på analysen af deres spyt, men også som et værktøj til identifikation af respiratoriske vira fra cellekultursupernatanter. Derudover har vi ekspertise og færdigheder inden for MALDI-TOF MS-profilering og har implementeret nye strategier for at forbedre kvaliteten af profiler og deres analyse, især i forbindelse med entomologiske og vektoridentifikationsprojekter. Endelig har nyere kinesiske undersøgelser rapporteret, at COVID-19 kunne påvises i spyt ved RT-PCR.
Hovedformålet med denne undersøgelse er at udvikle en test baseret på MALDI-TOF profileringsmetoden til at påvise individer inficeret med SARS-CoV2 fra spytprøve.
Studieoversigt
Status
Status
Betingelser
Betingelser
Intervention / Behandling
Intervention / Behandling
Undersøgelsestype
Undersøgelsestype
Tilmelding (Faktiske)
Tilmelding
Kontakter og lokationer
Studiekontakt
Studiekontakt
- Navn: Lionel ALMERAS, PhD
- E-mail: almeras.lionel@gmail.com
Undersøgelse Kontakt Backup
- Navn: Emilie JAVELLE, MD
- Telefonnummer: +33 491617459
- E-mail: emilie.javelle@intradef.gouv.fr
Studiesteder
-
-
-
Marseille, Frankrig, 13013
- Hôpital d'Instruction des Armées Laveran
-
-
Deltagelseskriterier
Berettigelseskriterier
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
Tager imod sunde frivillige
Prøveudtagningsmetode
Studiebefolkning
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- 18 år;
- screenet for SARS-CoV2 ved RT-PCR fra en nasopharyngeal podning inden for 96 timer før inklusion.
Ekskluderingskriterier:
- Patient indlagt på intensiv behandling;
- Gravid kvinde.
Studieplan
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
Antal grupper/kohorter
Kohorter og interventioner
Gruppe / kohorteGruppe / kohorte |
Intervention / BehandlingIntervention / Behandling |
|---|---|
|
Covid+ indlæggelsesgruppe
Patienter indlagt med SARS-CoV2-infektion
|
Spytprøver udtages regelmæssigt over en periode på op til 30 på hinanden følgende dage.
Deltagerens kliniske data vil blive indsamlet regelmæssigt over en periode på op til 30 på hinanden følgende dage.
|
|
Covid+ ambulant gruppe
Patienter eller pårørende fulgtes ambulant for en SARS-CoV2-infektion
|
Spytprøver udtages regelmæssigt over en periode på op til 30 på hinanden følgende dage.
Deltagerens kliniske data vil blive indsamlet regelmæssigt over en periode på op til 30 på hinanden følgende dage.
|
|
Covid-gruppen
Pårørende, der ikke er inficeret med en SARS-CoV2
|
Spytprøver udtages regelmæssigt over en periode på op til 30 på hinanden følgende dage.
Deltagerens kliniske data vil blive indsamlet regelmæssigt over en periode på op til 30 på hinanden følgende dage.
|
|
Ikke-SARS patologigruppe
Personer, der ikke er inficeret med SARS-CoV2, men med en anden akut og/eller infektiøs ikke-SARS-patologi
|
Spytprøver udtages regelmæssigt over en periode på op til 30 på hinanden følgende dage.
Deltagerens kliniske data vil blive indsamlet regelmæssigt over en periode på op til 30 på hinanden følgende dage.
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Udvikling af en test baseret på MALDI-TOF profileringsmetoden til at påvise individer inficeret med SARS-CoV2 fra spytprøve.
Tidsramme: Dag 30
|
Udviklingen af denne test er baseret på maskinlæringsteknikker, som involverer "træning" af en matematisk model, hvor resultaterne af massespektrometrianalysen af spytprøver og kliniske data vil blive brugt til at bestemme den information, der er nødvendig for at skelne en spytprøve fra en SARS-CoV2-inficeret deltager fra en sund spytprøve.
|
Dag 30
|
Sekundære resultatmål
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Frekvens for korrekt klassificering af testen (MALDI-TOF MS-profilering) fra spytprøve
Tidsramme: Dag 30
|
For hver spytprøve vil status ("korrekt" eller "forkert") for klassificeringen af prøven ("inficeret" eller "ikke inficeret") ved testen (MALDI-TOF MS-profilering) blive bestemt.
Derefter vil satsen for korrekt klassificering blive beregnet.
Testen vil blive betragtet som effektiv, når den har nået en korrekt klassificeringsgrad på mere end 95 %.
|
Dag 30
|
|
Rate for korrekt klassificering ved RT-PCR fra spytprøve
Tidsramme: Dag 30
|
For hver spytprøve vil status ("korrekt" eller "forkert") for klassificeringen af prøven ("inficeret" eller "ikke inficeret") ved RT-PCR blive bestemt.
Derefter vil hastigheden af korrekt klassificering ved RT-PCR blive beregnet.
|
Dag 30
|
|
Identifikation af proteiner, der er specifikke for SARS-CoV2-infektionen
Tidsramme: Dag 30
|
På hver spytprøve vil ekspressionen af proteiner blive bestemt ved hjælp af massespektrometri.
Ved sammenligning mellem SARS-CoV2-inficerede spytprøver og ikke-inficerede spytprøver vil tilstedeværelsen af proteiner, der udtrykkes specifikt i SARS-CoV2-inficerede spytprøver, blive bestemt.
|
Dag 30
|
|
Tilstedeværelse af et positivt anti-SARS-CoV2-antistofrespons ved RT-PCR
Tidsramme: Dag 30
|
På hver SARS-CoV2-inficeret spytprøve vil tilstedeværelsen af anti-SARS-CoV2-antistoffer ved RT-PCR blive bestemt.
|
Dag 30
|
|
Korrelation mellem de identificerede proteinmarkører og deltagernes kliniske forløb.
Tidsramme: Dag 30
|
Hos SARS-CoV2-inficerede deltagere (Covid+ hospitalsindlæggelsesgruppe og Covid+ ambulant gruppe) vil tilstedeværelsen af en sammenhæng mellem tilstedeværelsen af proteiner, der er specifikke for SARS-CoV2-infektionen, og den kliniske udvikling af patienter blive bestemt.
|
Dag 30
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Sponsor
Sponsor
Datoer for undersøgelser
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
Studiestart
Primær færdiggørelse (Faktiske)
Primær færdiggørelse
Studieafslutning (Faktiske)
Studieafslutning
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
Først indsendt
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først opslået (Faktiske)
Først opslået
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
Sidste opdatering sendt
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidst verificeret
Sidst verificeret
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Nøgleord
Andre undersøgelses-id-numre
Andre undersøgelses-id-numre
- 2020-COVID19-15
- 2020-A01249-30 (Anden identifikator: IDRCB)
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .