SARS-CoV2 (COVID-19) diagnose i menneskelig spytt av MALDI-TOF MS profilering (CoviDiagMS)
Siden mars 2020 er SARS-CoV2-virus (nCoV19; COVID-19) ansett som pandemi. Den høye sprednings- og infeksjonshastigheten i den menneskelige befolkningen og mangelen på effektiv og validert behandling har ført til at myndighetene i flere land har begrenset befolkningen for å bremse spredningen av COVID-19. Som en del av håndteringen av denne helsekrisen er screening av individer avgjørende for å isolere "infiserte tilfeller". Disse screeningtestene utføres for tiden på nasofaryngeale vattpinner ved bruk av RT-PCR for påvisning av viralt RNA. Selv om disse testene er sensitive og spesifikke, forblir de relativt lange (2-5 timer), dyre og den sterke internasjonale etterspørselen etter nukleinekstraksjonssett og enzymer er faktorer som begrenser implementeringen av omfattende screening (problem med forsyning av vattpinner, molekylærbiologiske forbruksvarer).
For å forhindre risikoen for mangel på screeningsmidler, foreslår vi å utvikle en innovativ alternativ strategi, PCR-fri, basert på påvisning av spesifikke proteinsignaturer i menneskelig spytt ved MALDI-TOF MS-profilering. MALDI-TOF MS-profilering er en metode som brukes i rutinediagnostikk av mikrobiologiske laboratorier for identifisering av mikroorganismer. MALDI-TOF MS-profilering har blitt brukt med hell for å klassifisere individer i henhold til deres infeksjonsstatus (orale patologier) basert på analysen av spytt, men også som et verktøy for identifisering av luftveisvirus fra cellekultursupernatanter. I tillegg har vi ekspertise og ferdigheter innen MALDI-TOF MS-profilering og har implementert nye strategier for å forbedre kvaliteten på profilene og deres analyse, spesielt i sammenheng med entomologiske og vektoridentifikasjonsprosjekter. Til slutt har nyere kinesiske studier rapportert at COVID-19 var påviselig i spytt ved RT-PCR.
Hovedmålet med denne studien er å utvikle en test basert på MALDI-TOF profileringsmetoden for å oppdage individer infisert med SARS-CoV2 fra spyttprøve.
Studieoversikt
Status
Status
Forhold
Forhold
Intervensjon / Behandling
Intervensjon / Behandling
Studietype
Studietype
Registrering (Faktiske)
Registrering
Kontakter og plasseringer
Studiekontakt
Studiekontakt
- Navn: Lionel ALMERAS, PhD
- E-post: almeras.lionel@gmail.com
Studer Kontakt Backup
- Navn: Emilie JAVELLE, MD
- Telefonnummer: +33 491617459
- E-post: emilie.javelle@intradef.gouv.fr
Studiesteder
-
-
-
Marseille, Frankrike, 13013
- Hôpital d'Instruction des Armées Laveran
-
-
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
Tar imot friske frivillige
Prøvetakingsmetode
Studiepopulasjon
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
- 18 år gammel;
- screenet for SARS-CoV2 ved RT-PCR fra en nasofaryngeal vattpinne innen 96 timer før inkludering.
Ekskluderingskriterier:
- Pasient innlagt på intensivbehandling;
- Gravid kvinne.
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
Antall grupper / kohorter
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / KohortGruppe / Kohort |
Intervensjon / BehandlingIntervensjon / Behandling |
|---|---|
|
Covid+ sykehusinnleggelsesgruppe
Pasienter innlagt på sykehus med SARS-CoV2-infeksjon
|
Spyttprøver tas regelmessig over en periode på opptil 30 påfølgende dager.
Deltakerens kliniske data vil bli samlet inn regelmessig over en periode på opptil 30 påfølgende dager.
|
|
Covid+ poliklinisk gruppe
Pasienter eller omsorgspersoner fulgte poliklinisk for en SARS-CoV2-infeksjon
|
Spyttprøver tas regelmessig over en periode på opptil 30 påfølgende dager.
Deltakerens kliniske data vil bli samlet inn regelmessig over en periode på opptil 30 påfølgende dager.
|
|
Covid-gruppen
Omsorgspersoner som ikke er infisert med en SARS-CoV2
|
Spyttprøver tas regelmessig over en periode på opptil 30 påfølgende dager.
Deltakerens kliniske data vil bli samlet inn regelmessig over en periode på opptil 30 påfølgende dager.
|
|
Ikke-SARS patologigruppe
Personer som ikke er infisert med SARS-CoV2, men med en annen akutt og/eller smittsom ikke-SARS-patologi
|
Spyttprøver tas regelmessig over en periode på opptil 30 påfølgende dager.
Deltakerens kliniske data vil bli samlet inn regelmessig over en periode på opptil 30 påfølgende dager.
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Utvikling av en test basert på MALDI-TOF profileringsmetoden for å oppdage individer infisert med SARS-CoV2 fra spyttprøve.
Tidsramme: Dag 30
|
Utviklingen av denne testen er basert på maskinlæringsteknikker, som involverer "trening" av en matematisk modell, der resultatene av massespektrometrianalysen av spyttprøver og kliniske data vil bli brukt for å bestemme informasjonen som trengs for å skille en spyttprøve fra en SARS-CoV2-infisert deltaker fra en frisk spyttprøve.
|
Dag 30
|
Sekundære resultatmål
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Rate for korrekt klassifisering av testen (MALDI-TOF MS-profilering) fra spyttprøve
Tidsramme: Dag 30
|
For hver spyttprøve vil statusen ("korrekt" eller "feil") for klassifiseringen av prøven ("infisert" eller "ikke infisert") av testen (MALDI-TOF MS-profilering) bestemmes.
Deretter beregnes graden av korrekt klassifisering.
Testen vil anses som effektiv når den har nådd en korrekt klassifiseringsgrad på mer enn 95 %.
|
Dag 30
|
|
Rate for korrekt klassifisering ved RT-PCR fra spyttprøve
Tidsramme: Dag 30
|
For hver spyttprøve vil statusen ("korrekt" eller "feil") for klassifiseringen av prøven ("infisert" eller "ikke infisert") ved RT-PCR bli bestemt.
Deretter vil graden av korrekt klassifisering ved RT-PCR beregnes.
|
Dag 30
|
|
Identifikasjon av proteiner som er spesifikke for SARS-CoV2-infeksjonen
Tidsramme: Dag 30
|
På hver spyttprøve vil uttrykket av proteiner bli bestemt ved hjelp av massespektrometri.
Ved sammenligning mellom SARS-CoV2-infiserte spyttprøver og ikke-infiserte spyttprøver, vil tilstedeværelsen av proteiner som er spesifikt uttrykt i SARS-CoV2-infiserte spyttprøver bli bestemt.
|
Dag 30
|
|
Tilstedeværelse av en positiv anti-SARS-CoV2-antistoffrespons ved RT-PCR
Tidsramme: Dag 30
|
På hver SARS-CoV2-infisert spyttprøve vil tilstedeværelsen av anti-SARS-CoV2-antistoffer ved RT-PCR bli bestemt.
|
Dag 30
|
|
Korrelasjon mellom de identifiserte proteinmarkørene og det kliniske forløpet til deltakerne.
Tidsramme: Dag 30
|
Hos SARS-CoV2-infiserte deltakere (Covid+ sykehusinnleggelsesgruppe og Covid+ poliklinisk gruppe), vil tilstedeværelsen av en korrelasjon mellom tilstedeværelsen av proteiner som er spesifikke for SARS-CoV2-infeksjonen og den kliniske utviklingen til pasienter bli bestemt.
|
Dag 30
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Sponsor
Sponsor
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
Studiestart
Primær fullføring (Faktiske)
Primær fullføring
Studiet fullført (Faktiske)
Studiet fullført
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Faktiske)
Først lagt ut
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)
Sist oppdatering lagt ut
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Nøkkelord
Andre studie-ID-numre
Andre studie-ID-numre
- 2020-COVID19-15
- 2020-A01249-30 (Annen identifikator: IDRCB)
Plan for individuelle deltakerdata (IPD)
Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .