NGS-diagnostik hos COVID-19-værter - genetisk årsag relateret til sygdomsforløbet (COVID-19 NGS)
28. november 2023 opdateret af: University Hospital Tuebingen
I denne undersøgelse (i) værtsgenomet til at identificere modtagelighedsområder for infektion, inflammation og værtsforsvar, (ii) værtsrespons på alvorligt akut respiratorisk syndrom-Corona-Virus-2 (SARS-CoV-2) infektion, og (iii) ) viral sekvenssammensætning til at definere virale sekvenser , som kan være korreleret med sygdommens sværhedsgrad ud over metagenomet af halspodningen , vil blive analyseret .
Studieoversigt
Status
Afsluttet
Betingelser
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
Denne undersøgelse har til formål at rekruttere voksne personer med diagnostisk bekræftet Corona-Virus-sygdom-19 (COVID-19) infektion og med forskellige sygdomsmanifestationer, som er inkluderet i diagnostisk eller terapeutisk behandling på Universitetshospitalet Tübingen (UKT).
COVID-19 Next-Generation-Sequencing (NGS) undersøgelsen har til formål at dække så mange patienter i Tyskland som muligt. Det forventes at inkludere i fase 1 (pilotstudie): 250 patienter med forskellige sygdomsmanifestationer (ekstreme fænotyper) og individuelle risikofaktorer ved helgenomanalyse. Fase 2 (verifikationsstudie): 1.000 klinisk veldefinerede patienter for at sikre en bredere vifte af overlappende fænotyper for at verificere data fra pilotstudiet.
Fase 3 (bekræftelsesstudie): > 10.000 patienter for at øge kraften (forventet).
Undersøgelsestype
Interventionel
Tilmelding (Faktiske)
1000
Fase
- Ikke anvendelig
Kontakter og lokationer
Dette afsnit indeholder kontaktoplysninger for dem, der udfører undersøgelsen, og oplysninger om, hvor denne undersøgelse udføres.
Studiesteder
-
-
-
Tübingen, Tyskland, 72076
- University Hospital Tübingen
-
-
Deltagelseskriterier
Forskere leder efter personer, der passer til en bestemt beskrivelse, kaldet berettigelseskriterier. Nogle eksempler på disse kriterier er en persons generelle helbredstilstand eller tidligere behandlinger.
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
18 år og ældre (Voksen, Ældre voksen)
Tager imod sunde frivillige
Ingen
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- COVID-19 infektion bekræftet
- COVID-19 sygdomsmanifestation
- Alder > 18 år
Ekskluderingskriterier:
- Manglende informeret samtykke fra patient/ værge/ pårørende
Studieplan
Dette afsnit indeholder detaljer om studieplanen, herunder hvordan undersøgelsen er designet, og hvad undersøgelsen måler.
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
- Primært formål: Diagnostisk
- Tildeling: Ikke-randomiseret
- Interventionel model: Sekventiel tildeling
- Maskning: Ingen (Åben etiket)
Våben og indgreb
Deltagergruppe / Arm |
Intervention / Behandling |
|---|---|
|
Andet: Værtsgenomanalyse
For 150 patienter fra de ekstreme fænotyper - komplementært til Whole Genome Analysis af hver patient vil også Whole Transcriptome udføre Analyse; DNA-methyleringsanalyse ved hjælp af EPIC-arrays vil blive udført i pilotstudiet (fase 1).
På samme måde vil der i fase 2, startende fra måned 4, blive genereret WGS, Whole transcriptome sequencing (WTS) og methyleringsdata for de 500 patienter.
Epigenetiske ændringer vil sandsynligvis forekomme ved Corona-infektion.
Efterfølgende vil genom- og epigenomdata med RNA-ekspressionsmønster blive korreleret.
|
Helgenomanalyse med hel transkriptomanalyse og deoxyribonukleinsyre (DNA) methyleringsanalyse ved hjælp af Methylation beadchip (EPIC) arrays
|
|
Andet: Værtsreaktion på SARS-CoV-2-infektion
Fokus på longitudinel analyse af TCR-repertoire af CD4+ og CD8+ T-celler fra blodprøver (PBMC'er) fra klinisk karakteriserede patienter (n = 24).
Bulk-T-celle receptor (TCR) sekventering vil blive udført på forskellige tidspunkter i løbet af sygdomsprogression og helbredelse.
|
Longitudinel analyse af TCR-repertoire af Cluster of Differentiation 4+ (CD4+) og CD8+ T-celler fra blodprøver (Peripheral Blood Mononuclear Cells, PBMC'er) fra klinisk karakteriserede patienter
|
|
Andet: Viral sekvenssammensætning
Det alvorlige akutte respiratoriske syndrom-Corona Virus-2 (SARS-CoV-2) virale sammensætning bestemmes ved næste generations sekventering (forskellige protokoller til berigelse er tilgængelige, og testes i øjeblikket for at kunne analysere virus fra forskellige isolater med succes).
Det er kendt, at SARS-CoV-2-sekvensen ændrer sig mindst én position hvert sekund fra person til person.
Talrige varianter er blevet beskrevet, der stammer fra 3 forskellige forfædres vira (navngivet A, B og C), der afspejler forskellige distributioner i Østasien, europæere og amerikanere.
Ved det forventes, at andre (super)infektioner kan øge sværhedsgraden af infektionen og sygdomsforløbet, bliver hele metagenomet i halsen også sekventeret og analyseret.
|
Bestemt af næste generations sekventering
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Viral evolution
Tidsramme: Dag 1, dag 3-5, dag 7-9, 48 timer efter bedring
|
Ændringen i den genetiske sammensætning af en viruspopulation (målt i antal), når vira muterer og formerer sig over tid på forskellige tidspunkter
|
Dag 1, dag 3-5, dag 7-9, 48 timer efter bedring
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Immunrespons
Tidsramme: Dag 1, dag 3-5, dag 7-9, 48 timer efter bedring
|
CD4+ og CD8+ T-celler fra blod (pr. µl) på forskellige tidspunkter målt
|
Dag 1, dag 3-5, dag 7-9, 48 timer efter bedring
|
|
Sygdommens sværhedsgrad
Tidsramme: Dag 1, dag 3-5, dag 7-9, 48 timer efter bedring
|
Klinisk klassificering efter sværhedsgrad:
|
Dag 1, dag 3-5, dag 7-9, 48 timer efter bedring
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Det er her, du vil finde personer og organisationer, der er involveret i denne undersøgelse.
Sponsor
Efterforskere
- Studieleder: Olaf Rieß, Prof. Dr., University Hospital Tübingen
Datoer for undersøgelser
Disse datoer sporer fremskridtene for indsendelser af undersøgelsesrekord og resumeresultater til ClinicalTrials.gov. Studieregistreringer og rapporterede resultater gennemgås af National Library of Medicine (NLM) for at sikre, at de opfylder specifikke kvalitetskontrolstandarder, før de offentliggøres på den offentlige hjemmeside.
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
21. oktober 2020
Primær færdiggørelse (Faktiske)
30. april 2023
Studieafslutning (Faktiske)
31. august 2023
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
22. april 2020
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
24. april 2020
Først opslået (Faktiske)
28. april 2020
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
29. november 2023
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
28. november 2023
Sidst verificeret
1. november 2023
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Nøgleord
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- COVID-19 NGS
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
JA
IPD-planbeskrivelse
COVID-19 NGS-undersøgelsen vil levere data på en pseudonymiseret måde til nationale og internationale databaser, der er oprettet for at øge det diagnostiske udbytte gennem avancerede analyseværktøjer.
IPD-delingstidsramme
Data vil blive tilgængelige efter analyse og ubegrænset.
IPD-delingsadgangskriterier
Autoriserede brugere i de deltagende organisationer.
IPD-deling Understøttende informationstype
- ANALYTIC_CODE
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Ingen
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Ingen
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .