Эта страница была переведена автоматически, точность перевода не гарантируется. Пожалуйста, обратитесь к английской версии для исходного текста.

Диагностика NGS у носителей COVID-19 — генетическая причина, связанная с течением прогрессирования заболевания (COVID-19 NGS)

28 ноября 2023 г. обновлено: University Hospital Tuebingen
В этом исследовании (i) геном хозяина для определения областей восприимчивости к инфекции, воспалению и защите хозяина, (ii) ответ хозяина на инфекцию, вызванную тяжелым острым респираторным синдромом-коронавирусом-2 (SARS-CoV-2), и (iii ) будет проанализирован состав вирусной последовательности для определения вирусных последовательностей, которые могут коррелировать с тяжестью заболевания, в дополнение к метагеному мазка из зева.

Обзор исследования

Статус

Завершенный

Условия

Вмешательство/лечение

Подробное описание

Это исследование направлено на набор взрослых лиц с диагностически подтвержденной инфекцией коронавирусной болезни-19 (COVID-19) и с различными проявлениями заболевания, которые включены в диагностическую или терапевтическую помощь в Университетской больнице Тюбингена (UKT).

Исследование COVID-19 Next-Generation-Sequencing (NGS) направлено на то, чтобы охватить как можно больше пациентов в Германии. Ожидается, что в Фазу 1 (пилотное исследование): 250 пациентов с различными проявлениями заболевания (крайние фенотипы) и индивидуальными факторами риска по полногеномному анализу. Фаза 2 (проверочное исследование): 1000 пациентов с четко определенным клиническим перекрывающиеся фенотипы, чтобы проверить данные пилотного исследования.

Фаза 3 (подтверждающее исследование): > 10 000 пациентов для увеличения мощности (ожидается).

Тип исследования

Интервенционный

Регистрация (Действительный)

1000

Фаза

  • Непригодный

Контакты и местонахождение

В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.

Места учебы

  • Германия
      • Tübingen, Германия, 72076
        • University Hospital Tübingen

Критерии участия

Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.

Критерии приемлемости

Возраст, подходящий для обучения

18 лет и старше (Взрослый, Пожилой взрослый)

Принимает здоровых добровольцев

Нет

Описание

Критерии включения:

  • Заражение COVID-19 подтверждено
  • Проявление заболевания COVID-19
  • Возраст > 18 лет

Критерий исключения:

  • Отсутствие информированного согласия пациента/законного опекуна/родственников

Учебный план

В этом разделе представлена ​​подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.

Как устроено исследование?

Детали дизайна

  • Основная цель: Диагностика
  • Распределение: Нерандомизированный
  • Интервенционная модель: Последовательное назначение
  • Маскировка: Нет (открытая этикетка)

Оружие и интервенции

Группа участников / Армия
Вмешательство/лечение
Другой: Анализ генома хозяина
Для 150 пациентов с крайними фенотипами - дополнительно к полногеномному анализу каждого пациента будет проведен также полнотранскриптомный анализ; Анализ метилирования ДНК с использованием массивов EPIC будет проводиться в пилотном исследовании (фаза 1). Точно так же на этапе 2, начиная с 4-го месяца, будут созданы WGS, секвенирование всего транскриптома (WTS) и данные метилирования 500 пациентов. Эпигенетические изменения, вероятно, произойдут при коронавирусной инфекции. Впоследствии данные генома и эпигенома с паттерном экспрессии РНК будут сопоставлены.
Генетический: Полногеномный анализ
Полногеномный анализ с анализом всего транскриптома и анализом метилирования дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) с использованием массивов Methylation beadchip (EPIC)
Другой: Реакция хозяина на инфекцию SARS-CoV-2
Сосредоточьтесь на продольном анализе репертуара TCR CD4 + и CD8 + T-клеток из образцов крови (PBMC) от клинически охарактеризованных пациентов (n = 24). Секвенирование объемного Т-клеточного рецептора (TCR) будет проводиться в разные моменты времени в ходе прогрессирования заболевания и выздоровления.
Генетический: Репертуар Т-клеточного рецептора (TCR)
Продольный анализ репертуара TCR кластера дифференцировки 4+ (CD4+) и CD8+ Т-клеток из образцов крови (мононуклеарные клетки периферической крови, РВМС) от клинически охарактеризованных пациентов
Другой: Композиция вирусной последовательности
Вирусный состав тяжелого острого респираторного синдрома-коронавируса-2 (SARS-CoV-2) определяется секвенированием нового поколения (доступны различные протоколы для обогащения, и в настоящее время они проходят испытания для успешного анализа вируса из разных изолятов). Известно, что последовательность SARS-CoV-2 каждую секунду меняет как минимум одну позицию, переходя от человека к человеку. Описаны многочисленные варианты, происходящие от 3 разных предковых вирусов (названных А, В и С), отражающие различное распространение в Восточной Азии, европейцах и американцах. Поскольку ожидается, что другие (супер)инфекции могут усилить тяжесть течения инфекции и заболевания, также секвенируется и анализируется весь метагеном горла.
Генетический: Вирусный состав SARS-CoV-2
Определяется секвенированием следующего поколения

Что измеряет исследование?

Первичные показатели результатов

Мера результата
Мера Описание
Временное ограничение
Вирусная эволюция
Временное ограничение: День 1, День 3-5, День 7-9, 48 часов после выздоровления
Изменение генетического состава вирусной популяции (измеряемое числом) по мере того, как вирусы мутируют и размножаются с течением времени в разные моменты времени.
День 1, День 3-5, День 7-9, 48 часов после выздоровления

Вторичные показатели результатов

Мера результата
Мера Описание
Временное ограничение
Иммунная реакция
Временное ограничение: День 1, День 3-5, День 7-9, 48 часов после выздоровления
CD4+ и CD8+ Т-клетки из крови (на мкл) в разные моменты времени, измеренные
День 1, День 3-5, День 7-9, 48 часов после выздоровления
Тяжесть заболевания
Временное ограничение: День 1, День 3-5, День 7-9, 48 часов после выздоровления

Клиническая классификация по степени тяжести:

  • Легкая и неосложненная (легкие симптомы)
  • Умеренная (легкая пневмония)
  • Тяжелая пневмония
  • Критический (острый респираторный дистресс-синдром (ОРДС), сепсис, септический шок) Оценивался в несколько моментов времени
День 1, День 3-5, День 7-9, 48 часов после выздоровления

Соавторы и исследователи

Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.

Спонсор

University Hospital Tuebingen

Следователи

  • Директор по исследованиям: Olaf Rieß, Prof. Dr., University Hospital Tübingen

Даты записи исследования

Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.

Изучение основных дат

Начало исследования (Действительный)

21 октября 2020 г.

Первичное завершение (Действительный)

30 апреля 2023 г.

Завершение исследования (Действительный)

31 августа 2023 г.

Даты регистрации исследования

Первый отправленный

22 апреля 2020 г.

Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества

24 апреля 2020 г.

Первый опубликованный (Действительный)

28 апреля 2020 г.

Обновления учебных записей

Последнее опубликованное обновление (Действительный)

29 ноября 2023 г.

Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества

28 ноября 2023 г.

Последняя проверка

1 ноября 2023 г.

Дополнительная информация

Термины, связанные с этим исследованием

Ключевые слова

Дополнительные соответствующие термины MeSH

Другие идентификационные номера исследования

  • COVID-19 NGS

Планирование данных отдельных участников (IPD)

Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?

ДА

Описание плана IPD

Исследование COVID-19 NGS будет предоставлять данные в псевдонимизированном виде в национальные и международные базы данных, созданные для повышения диагностической отдачи с помощью передовых инструментов анализа.

Сроки обмена IPD

Данные станут доступны после анализа и не ограничены.

Критерии совместного доступа к IPD

Авторизованные пользователи в участвующих организациях.

Совместное использование IPD Поддерживающий тип информации

  • АНАЛИТИЧЕСКИЙ_КОД

Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы

Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.

Нет

Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.

Нет

Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .

Подписаться