Diagnostic NGS chez les hôtes COVID-19 - Cause génétique liée au cours de la progression de la maladie (COVID-19 NGS)
28 novembre 2023 mis à jour par: University Hospital Tuebingen
Dans cette étude (i) le génome de l'hôte pour identifier les régions de susceptibilité à l'infection, à l'inflammation et à la défense de l'hôte, (ii) la réponse de l'hôte à l'infection par le syndrome respiratoire aigu sévère-Corona-Virus-2 (SARS-CoV-2), et (iii ) la composition des séquences virales pour définir les séquences virales qui peuvent être corrélées à la gravité de la maladie en plus du métagénome du prélèvement de gorge seront analysées .
Aperçu de l'étude
Statut
Complété
Les conditions
Description détaillée
Cette étude vise à recruter des personnes adultes atteintes d'une infection à Corona-Virus-Maladie-19 (COVID-19) confirmée par un diagnostic et présentant différentes manifestations de la maladie qui sont incluses dans les soins diagnostiques ou thérapeutiques à l'hôpital universitaire de Tübingen (UKT).
L'étude COVID-19 Next-Generation-Sequencing (NGS) vise à couvrir autant de patients que possible en Allemagne. Il est prévu d'inclure dans la phase 1 (étude pilote) : 250 patients présentant différentes manifestations de la maladie (phénotypes extrêmes) et des facteurs de risque individuels par analyse du génome entier Phase 2 (étude de vérification) : 1 000 patients cliniquement bien définis pour assurer un éventail plus large de phénotypes qui se chevauchent, pour vérifier les données de l'étude pilote.
Phase 3 (étude de confirmation) : > 10 000 patients pour augmenter la puissance (prévue).
Type d'étude
Interventionnel
Inscription (Réel)
1000
Phase
- N'est pas applicable
Contacts et emplacements
Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.
Lieux d'étude
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Tübingen, Allemagne, 72076
- University Hospital Tübingen
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Critères de participation
Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
18 ans et plus (Adulte, Adulte plus âgé)
Accepte les volontaires sains
Non
La description
Critère d'intégration:
- Infection au COVID-19 confirmée
- Manifestation de la maladie COVID-19
- Âge > 18 ans
Critère d'exclusion:
- Absence de consentement éclairé du patient/tuteur légal/parents
Plan d'étude
Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Objectif principal: Diagnostique
- Répartition: Non randomisé
- Modèle interventionnel: Affectation séquentielle
- Masquage: Aucun (étiquette ouverte)
Armes et Interventions
Groupe de participants / Bras |
Intervention / Traitement |
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Autre: Analyse du génome de l'hôte
Pour 150 patients des phénotypes extrêmes - en complément de l'analyse du génome entier de chaque patient, l'analyse du transcriptome entier sera également effectuée ; L'analyse de la méthylation de l'ADN à l'aide de puces EPIC sera effectuée dans l'étude pilote (phase 1).
De manière identique, en phase 2 à partir du mois 4, seront générées les données WGS, Whole transcriptome sequencing (WTS) et de méthylation des 500 patients.
Des changements épigénétiques sont susceptibles de se produire lors d'une infection à Corona.
Par la suite, les données du génome et de l'épigénome avec le modèle d'expression de l'ARN seront corrélées.
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Analyse du génome entier avec analyse du transcriptome entier et analyse de la méthylation de l'acide désoxyribonucléique (ADN) à l'aide de matrices de puces de méthylation (EPIC)
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Autre: Réponse de l'hôte à l'infection par le SARS-CoV-2
Focus sur l'analyse longitudinale du répertoire TCR des lymphocytes T CD4+ et CD8+ à partir d'échantillons sanguins (PBMC) de patients cliniquement caractérisés (n = 24).
Le séquençage du récepteur des lymphocytes T en vrac (TCR) sera effectué à différents moments au cours de la progression et de la guérison de la maladie.
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Analyse longitudinale du répertoire TCR du cluster de différenciation 4+ (CD4+) et des lymphocytes T CD8+ à partir d'échantillons de sang (cellules mononucléaires du sang périphérique, PBMC) de patients cliniquement caractérisés
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Autre: Composition de la séquence virale
La composition virale du syndrome respiratoire aigu sévère-virus corona-2 (SARS-CoV-2) est déterminée par séquençage de nouvelle génération (différents protocoles d'enrichissement sont disponibles et sont actuellement testés pour analyser avec succès le virus à partir de différents isolats).
On sait que la séquence du SRAS-CoV-2 change d'au moins une position chaque seconde en passant d'une personne à l'autre.
De nombreuses variantes ont été décrites dérivant de 3 virus ancestraux différents (nommés A, B et C) reflétant des distributions différentes en Asie de l'Est, Européens et Américains.
Alors qu'il est prévu que d'autres (super)infections puissent aggraver la gravité de l'infection et de l'évolution de la maladie, l'ensemble du métagénome de la gorge est également séquencé et analysé.
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Déterminé par le séquençage de nouvelle génération
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Évolution virale
Délai: Jour 1, Jour 3-5, Jour 7-9, 48 heures après la récupération
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Modification de la composition génétique d'une population virale (mesurée en nombre) à mesure que les virus mutent et se multiplient au fil du temps à différents moments
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Jour 1, Jour 3-5, Jour 7-9, 48 heures après la récupération
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Réponse immunitaire
Délai: Jour 1, Jour 3-5, Jour 7-9, 48 heures après la récupération
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Cellules T CD4+ et CD8+ du sang (par µl) à différents moments mesurés
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Jour 1, Jour 3-5, Jour 7-9, 48 heures après la récupération
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Gravité de la maladie
Délai: Jour 1, Jour 3-5, Jour 7-9, 48 heures après la récupération
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Classification clinique selon la gravité :
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Jour 1, Jour 3-5, Jour 7-9, 48 heures après la récupération
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Collaborateurs et enquêteurs
C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.
Parrainer
Les enquêteurs
- Directeur d'études: Olaf Rieß, Prof. Dr., University Hospital Tübingen
Dates d'enregistrement des études
Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
21 octobre 2020
Achèvement primaire (Réel)
30 avril 2023
Achèvement de l'étude (Réel)
31 août 2023
Dates d'inscription aux études
Première soumission
22 avril 2020
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
24 avril 2020
Première publication (Réel)
28 avril 2020
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
29 novembre 2023
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
28 novembre 2023
Dernière vérification
1 novembre 2023
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Mots clés
Termes MeSH pertinents supplémentaires
- Processus pathologiques
- Infections à coronavirus
- Infections à Coronaviridae
- Infections à Nidovirales
- Infections par virus à ARN
- Maladies virales
- Infections
- Infections des voies respiratoires
- Maladies des voies respiratoires
- Pneumonie virale
- Pneumonie
- Maladies pulmonaires
- Attributs de la maladie
- COVID-19 [feminine]
- Évolution de la maladie
Autres numéros d'identification d'étude
- COVID-19 NGS
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?
OUI
Description du régime IPD
L'étude COVID-19 NGS fournira des données de manière pseudonymisée aux bases de données nationales et internationales mises en place pour augmenter le rendement du diagnostic grâce à des outils d'analyse avancés.
Délai de partage IPD
Les données deviendront disponibles après analyse et illimitées.
Critères d'accès au partage IPD
Utilisateurs autorisés au sein des organisations participantes.
Type d'informations de prise en charge du partage d'IPD
- ANALYTIC_CODE
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Non
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
Non
Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .