Diagnóstico NGS en huéspedes de COVID-19: causa genética relacionada con el curso de la progresión de la enfermedad (COVID-19 NGS)
28 de noviembre de 2023 actualizado por: University Hospital Tuebingen
En este estudio (i) el genoma del huésped para identificar las regiones de susceptibilidad a la infección, la inflamación y la defensa del huésped, (ii) la respuesta del huésped a la infección por el Síndrome Respiratorio Agudo Severo-Corona-Virus-2 (SARS-CoV-2) y (iii) ) se analizará la composición de la secuencia viral para definir las secuencias virales que pueden estar correlacionadas con la gravedad de la enfermedad además del metagenoma del frotis faríngeo .
Descripción general del estudio
Estado
Terminado
Condiciones
Descripción detallada
Este estudio tiene como objetivo reclutar personas adultas con infección por Corona-Virus-Enfermedad-19 (COVID-19) confirmada por diagnóstico y con diferentes manifestaciones de la enfermedad que están incluidas en la atención diagnóstica o terapéutica en el Hospital Universitario de Tübingen (UKT).
El estudio COVID-19 Next-Generation-Sequencing (NGS) tiene como objetivo cubrir la mayor cantidad posible de pacientes en Alemania. Se espera incluir en la Fase 1 (estudio piloto): 250 pacientes con diferentes manifestaciones de la enfermedad (fenotipos extremos) y factores de riesgo individuales por análisis de genoma completo Fase 2 (estudio de verificación): 1.000 pacientes clínicamente bien definidos para garantizar una gama más amplia de fenotipos superpuestos, para verificar los datos del estudio piloto.
Fase 3 (estudio de confirmación): > 10.000 pacientes para aumentar la potencia (previsto).
Tipo de estudio
Intervencionista
Inscripción (Actual)
1000
Fase
- No aplica
Contactos y Ubicaciones
Esta sección proporciona los datos de contacto de quienes realizan el estudio e información sobre dónde se lleva a cabo este estudio.
Ubicaciones de estudio
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Tübingen, Alemania, 72076
- University Hospital Tübingen
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Criterios de participación
Los investigadores buscan personas que se ajusten a una determinada descripción, denominada criterio de elegibilidad. Algunos ejemplos de estos criterios son el estado de salud general de una persona o tratamientos previos.
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
18 años y mayores (Adulto, Adulto Mayor)
Acepta Voluntarios Saludables
No
Descripción
Criterios de inclusión:
- Infección por COVID-19 confirmada
- Manifestación de la enfermedad COVID-19
- Edad > 18 años
Criterio de exclusión:
- Falta consentimiento informado del paciente/tutor legal/familiares
Plan de estudios
Esta sección proporciona detalles del plan de estudio, incluido cómo está diseñado el estudio y qué mide el estudio.
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Propósito principal: Diagnóstico
- Asignación: No aleatorizado
- Modelo Intervencionista: Asignación Secuencial
- Enmascaramiento: Ninguno (etiqueta abierta)
Armas e Intervenciones
Grupo de participantes/brazo |
Intervención / Tratamiento |
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Otro: Análisis del genoma del huésped
Para 150 pacientes de los fenotipos extremos, complementarios al análisis del genoma completo de cada paciente, también se realizará el análisis del transcriptoma completo; En el estudio piloto (fase 1) se realizará un análisis de metilación del ADN utilizando matrices EPIC.
De igual forma, en la fase 2 a partir del mes 4 se generarán WGS, Whole transcriptome sequencing (WTS) y datos de metilación de los 500 pacientes.
Es probable que se produzcan cambios epigenéticos tras la infección por Corona.
Posteriormente, se correlacionarán los datos del genoma y epigenoma con el patrón de expresión de ARN.
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Análisis de genoma completo con análisis de transcriptoma completo y análisis de metilación del ácido desoxirribonucleico (ADN) mediante matrices de microesferas de metilación (EPIC)
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Otro: Respuesta del huésped a la infección por SARS-CoV-2
Concéntrese en el análisis longitudinal del repertorio TCR de células T CD4+ y CD8+ de muestras de sangre (PBMC) de pacientes clínicamente caracterizados (n = 24).
La secuenciación del receptor de células T (TCR) a granel se realizará en diferentes momentos durante el curso de la progresión y la recuperación de la enfermedad.
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Análisis longitudinal del repertorio de TCR de grupos de diferenciación 4+ (CD4+) y células T CD8+ de muestras de sangre (células mononucleares de sangre periférica, PBMC) de pacientes clínicamente caracterizados
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Otro: Composición de la secuencia viral
La composición viral del Síndrome Respiratorio Agudo Severo-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) se determina mediante la secuenciación de próxima generación (hay diferentes protocolos de enriquecimiento disponibles y actualmente se están probando para analizar con éxito el virus de diferentes aislados).
Se sabe que la secuencia del SARS-CoV-2 está cambiando al menos una posición cada segundo al pasar de persona a persona.
Se han descrito numerosas variantes derivadas de 3 virus ancestrales diferentes (llamados A, B y C) que reflejan diferentes distribuciones en el este de Asia, Europa y América.
Dado que se anticipa que otras (super)infecciones pueden aumentar la gravedad de la infección y el curso de la enfermedad, también se está secuenciando y analizando todo el metagenoma de la garganta.
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Determinado por la secuenciación de próxima generación
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Evolución viral
Periodo de tiempo: Día 1, Día 3-5, Día 7-9, 48 horas después de la recuperación
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El cambio en la composición genética de una población de virus (medida en números) a medida que los virus mutan y se multiplican con el tiempo en diferentes momentos.
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Día 1, Día 3-5, Día 7-9, 48 horas después de la recuperación
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Respuesta inmune
Periodo de tiempo: Día 1, Día 3-5, Día 7-9, 48 horas después de la recuperación
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Células T CD4+ y CD8+ de la sangre (por µl) en diferentes puntos de tiempo medidos
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Día 1, Día 3-5, Día 7-9, 48 horas después de la recuperación
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Gravedad de la enfermedad
Periodo de tiempo: Día 1, Día 3-5, Día 7-9, 48 horas después de la recuperación
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Clasificación clínica según la gravedad:
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Día 1, Día 3-5, Día 7-9, 48 horas después de la recuperación
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Colaboradores e Investigadores
Aquí es donde encontrará personas y organizaciones involucradas en este estudio.
Patrocinador
Investigadores
- Director de estudio: Olaf Rieß, Prof. Dr., University Hospital Tübingen
Fechas de registro del estudio
Estas fechas rastrean el progreso del registro del estudio y los envíos de resultados resumidos a ClinicalTrials.gov. Los registros del estudio y los resultados informados son revisados por la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) para asegurarse de que cumplan con los estándares de control de calidad específicos antes de publicarlos en el sitio web público.
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
21 de octubre de 2020
Finalización primaria (Actual)
30 de abril de 2023
Finalización del estudio (Actual)
31 de agosto de 2023
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
22 de abril de 2020
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
24 de abril de 2020
Publicado por primera vez (Actual)
28 de abril de 2020
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
29 de noviembre de 2023
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
28 de noviembre de 2023
Última verificación
1 de noviembre de 2023
Más información
Términos relacionados con este estudio
Palabras clave
Términos MeSH relevantes adicionales
- Procesos Patológicos
- Infecciones por coronavirus
- Infecciones por coronaviridae
- Infecciones por Nidovirales
- Infecciones por virus de ARN
- Enfermedades virales
- Infecciones
- Infecciones del Tracto Respiratorio
- Enfermedades de las vías respiratorias
- Neumonía Viral
- Neumonía
- Enfermedades pulmonares
- Atributos de la enfermedad
- COVID-19
- Enfermedad progresiva
Otros números de identificación del estudio
- COVID-19 NGS
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
¿Planea compartir datos de participantes individuales (IPD)?
SÍ
Descripción del plan IPD
El estudio COVID-19 NGS proporcionará datos de forma seudonimizada a bases de datos nacionales e internacionales creadas para aumentar el rendimiento del diagnóstico a través de herramientas de análisis avanzadas.
Marco de tiempo para compartir IPD
Los datos estarán disponibles después del análisis y serán ilimitados.
Criterios de acceso compartido de IPD
Usuarios autorizados dentro de las organizaciones participantes.
Tipo de información de apoyo para compartir IPD
- CÓDIGO_ANALÍTICO
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
No
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
No
Esta información se obtuvo directamente del sitio web clinicaltrials.gov sin cambios. Si tiene alguna solicitud para cambiar, eliminar o actualizar los detalles de su estudio, comuníquese con register@clinicaltrials.gov. Tan pronto como se implemente un cambio en clinicaltrials.gov, también se actualizará automáticamente en nuestro sitio web. .