NGS-diagnostiikka COVID-19-isännissä – geneettinen syy, joka liittyy taudin etenemiseen (COVID-19 NGS)
tiistai 28. marraskuuta 2023 päivittänyt: University Hospital Tuebingen
Tässä tutkimuksessa (i) isäntägenomi infektion, tulehduksen ja isäntäpuolustuksen herkkyysalueiden tunnistamiseksi, (ii) isännän vaste vakavalle akuutille hengitystieoireyhtymä-Corona-virus-2 (SARS-CoV-2) -infektiolle ja (iii) ) virussekvenssikoostumus analysoidaan virussekvenssejä , jotka voivat korreloida sairauden vaikeusasteen kanssa kurkkupuikkonäytteen metagenomin lisäksi .
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Valmis
Ehdot
Yksityiskohtainen kuvaus
Tämän tutkimuksen tavoitteena on saada mukaan aikuisia, joilla on diagnostisesti varmistettu koronavirustauti-19 (COVID-19) -infektio ja joilla on erilaisia taudin ilmenemismuotoja ja jotka kuuluvat Tübingenin yliopistollisen sairaalan (UKT) diagnostiseen tai terapeuttiseen hoitoon.
COVID-19 Next-Generation-Sequencing (NGS) -tutkimuksen tavoitteena on kattaa mahdollisimman monet potilaat Saksassa. Sen odotetaan sisältävän vaiheeseen 1 (pilottitutkimus): 250 potilasta, joilla on erilaisia taudin ilmenemismuotoja (äärimmäisiä fenotyyppejä) ja yksittäisiä riskitekijöitä koko genomianalyysin perusteella. Vaihe 2 (varmennustutkimus): 1 000 kliinisesti tarkasti määriteltyä potilasta laajemman valikoiman varmistamiseksi päällekkäisiä fenotyyppejä pilottitutkimuksen tietojen tarkistamiseksi.
Vaihe 3 (vahvistustutkimus): > 10 000 potilasta tehon lisäämiseksi (odotettu).
Opintotyyppi
Interventio
Ilmoittautuminen (Todellinen)
1000
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskelupaikat
-
-
-
Tübingen, Saksa, 72076
- University Hospital Tübingen
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
18 vuotta ja vanhemmat (Aikuinen, Vanhempi Aikuinen)
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Ei
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- COVID-19-tartunta vahvistettu
- COVID-19-taudin ilmentymä
- Ikä > 18 vuotta
Poissulkemiskriteerit:
- Potilaan/laillisen huoltajan/sukulaisten tietoinen suostumus puuttuu
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: Diagnostiikka
- Jako: Ei satunnaistettu
- Inventiomalli: Peräkkäinen tehtävä
- Naamiointi: Ei mitään (avoin tarra)
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Muut: Isännän genomianalyysi
150 potilaalle äärimmäisistä fenotyypeistä - täydentää jokaisen potilaan koko genomianalyysiä, myös koko transkriptomi suorittaa analyysin; Pilottitutkimuksessa (vaihe 1) suoritetaan DNA-metylaatioanalyysi EPIC-ryhmiä käyttäen.
Samoin vaiheessa 2 kuukaudesta 4 alkaen luodaan WGS-, WTS- ja metylaatiotiedot 500 potilaasta.
Koronatartunnan yhteydessä tapahtuu todennäköisesti epigeneettisiä muutoksia.
Myöhemmin genomi- ja epigenomidata RNA-ekspressiomallin kanssa korreloidaan.
|
Koko genomianalyysi koko transkriptomianalyysillä ja deoksiribonukleiinihapon (DNA) metylaatioanalyysillä Methylation beadchip (EPIC) -järjestelmillä
|
|
Muut: Isännän vastaus SARS-CoV-2-infektioon
Keskity kliinisesti karakterisoitujen potilaiden (n = 24) verinäytteistä (PBMC:t) otettujen CD4+- ja CD8+-T-solujen TCR-valikoiman pitkittäisanalyysiin.
Bulkki-T-solureseptorin (TCR) sekvensointi suoritetaan eri ajankohtina taudin etenemisen ja toipumisen aikana.
|
Kliinisesti karakterisoitujen potilaiden verinäytteistä (perifeeriset veren mononukleaariset solut, PBMC:t) erilaistumisklusterin 4+ (CD4+) ja CD8+ T-solujen TCR-valikoiman pitkittäisanalyysi
|
|
Muut: Virussekvenssin koostumus
Vaikea akuutti hengitystieoireyhtymä-Corona Virus-2 (SARS-CoV-2) -viruskoostumus määritetään seuraavan sukupolven sekvensoinnilla (eri rikastamisprotokollat ovat saatavilla, ja niitä testataan parhaillaan viruksen analysoimiseksi eri isolaateista).
Tiedetään, että SARS-CoV-2-sekvenssi muuttaa vähintään yhtä sijaintia joka sekunti ihmisestä toiseen.
On kuvattu lukuisia muunnelmia, jotka ovat peräisin kolmesta erilaisesta esi-isän viruksesta (nimeltään A, B ja C), jotka kuvastavat erilaisia jakaumia Itä-Aasiassa, eurooppalaisissa ja amerikkalaisissa.
On odotettavissa, että muut (super)infektiot voivat lisätä infektion vakavuutta ja taudin kulkua, ja myös kurkun koko metagenomi sekvensoidaan ja analysoidaan.
|
Määritetty seuraavan sukupolven sekvensoinnilla
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Viruksen evoluutio
Aikaikkuna: Päivä 1, päivä 3-5, päivä 7-9, 48 tuntia toipumisen jälkeen
|
Muutos viruspopulaation geneettisessä koostumuksessa (lukuina mitattuna), kun virukset mutatoituvat ja lisääntyvät ajan myötä eri ajankohtina
|
Päivä 1, päivä 3-5, päivä 7-9, 48 tuntia toipumisen jälkeen
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Immuunivaste
Aikaikkuna: Päivä 1, päivä 3-5, päivä 7-9, 48 tuntia toipumisen jälkeen
|
CD4+- ja CD8+ T-solut verestä (per µl) mitattuna eri ajankohtina
|
Päivä 1, päivä 3-5, päivä 7-9, 48 tuntia toipumisen jälkeen
|
|
Sairauden vakavuus
Aikaikkuna: Päivä 1, päivä 3-5, päivä 7-9, 48 tuntia toipumisen jälkeen
|
Kliininen luokitus vaikeusasteen mukaan:
|
Päivä 1, päivä 3-5, päivä 7-9, 48 tuntia toipumisen jälkeen
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Tutkijat
- Opintojohtaja: Olaf Rieß, Prof. Dr., University Hospital Tübingen
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Keskiviikko 21. lokakuuta 2020
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Sunnuntai 30. huhtikuuta 2023
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Torstai 31. elokuuta 2023
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Keskiviikko 22. huhtikuuta 2020
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Perjantai 24. huhtikuuta 2020
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tiistai 28. huhtikuuta 2020
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Keskiviikko 29. marraskuuta 2023
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Tiistai 28. marraskuuta 2023
Viimeksi vahvistettu
Keskiviikko 1. marraskuuta 2023
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- COVID-19 NGS
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
JOO
IPD-suunnitelman kuvaus
COVID-19 NGS -tutkimus toimittaa tietoja pseudonyymisillä kansallisiin ja kansainvälisiin tietokantoihin, jotka on perustettu lisäämään diagnostista saantoa kehittyneiden analyysityökalujen avulla.
IPD-jaon aikakehys
Tiedot tulevat saataville analyysin jälkeen ja rajattomasti.
IPD-jaon käyttöoikeuskriteerit
Valtuutetut käyttäjät osallistuvissa organisaatioissa.
IPD-jakamista tukeva tietotyyppi
- ANALYTIC_CODE
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .