NGS-Diagnostik bei COVID-19-Wirten – Genetische Ursache im Zusammenhang mit dem Krankheitsverlauf (COVID-19 NGS)
28. November 2023 aktualisiert von: University Hospital Tuebingen
In dieser Studie (i) das Wirtsgenom zur Identifizierung von Anfälligkeitsregionen für Infektionen, Entzündungen und Wirtsabwehr, (ii) die Wirtsreaktion auf eine Infektion mit dem schweren akuten respiratorischen Syndrom-Corona-Virus-2 (SARS-CoV-2) und (iii ) Virussequenzzusammensetzung zur Definition von Virussequenzen , die zusätzlich zum Metagenom des Rachenabstrichs mit der Schwere der Erkrankung korreliert werden können .
Studienübersicht
Status
Abgeschlossen
Bedingungen
Detaillierte Beschreibung
Ziel dieser Studie ist die Rekrutierung erwachsener Personen mit diagnostisch gesicherter Corona-Virus-Disease-19 (COVID-19) Infektion und mit unterschiedlichen Krankheitsausprägungen, die in die diagnostische oder therapeutische Versorgung am Universitätsklinikum Tübingen (UKT) aufgenommen werden.
Die COVID-19 Next-Generation-Sequencing (NGS)-Studie zielt darauf ab, möglichst viele Patienten in Deutschland abzudecken. Es wird erwartet, dass in Phase 1 (Pilotstudie): 250 Patienten mit unterschiedlichen Krankheitsmanifestationen (extremen Phänotypen) und individuellen Risikofaktoren durch Gesamtgenomanalyse eingeschlossen werden. Phase 2 (Verifizierungsstudie): 1.000 klinisch gut definierte Patienten, um ein breiteres Spektrum an Patienten zu gewährleisten überlappende Phänotypen, um Daten aus der Pilotstudie zu verifizieren.
Phase 3 (Bestätigungsstudie): > 10.000 Patienten zur Leistungssteigerung (voraussichtlich).
Studientyp
Interventionell
Einschreibung (Tatsächlich)
1000
Phase
- Unzutreffend
Kontakte und Standorte
Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.
Studienorte
-
-
-
Tübingen, Deutschland, 72076
- University Hospital Tübingen
-
-
Teilnahmekriterien
Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
18 Jahre und älter (Erwachsene, Älterer Erwachsener)
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Nein
Beschreibung
Einschlusskriterien:
- COVID-19-Infektion bestätigt
- Manifestation der COVID-19-Krankheit
- Alter > 18 Jahre
Ausschlusskriterien:
- Fehlende Einverständniserklärung des Patienten/Erziehungsberechtigten/Angehörigen
Studienplan
Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
- Hauptzweck: Diagnose
- Zuteilung: Nicht randomisiert
- Interventionsmodell: Sequenzielle Zuweisung
- Maskierung: Keine (Offenes Etikett)
Waffen und Interventionen
Teilnehmergruppe / Arm |
Intervention / Behandlung |
|---|---|
|
Sonstiges: Wirtsgenomanalyse
Für 150 Patienten der extremen Phänotypen wird zusätzlich zur Gesamtgenomanalyse bei jedem Patienten auch eine Gesamttranskriptomanalyse durchgeführt; In der Pilotstudie (Phase 1) wird eine DNA-Methylierungsanalyse mit EPIC-Arrays durchgeführt.
Identisch werden in Phase 2 ab Monat 4 WGS, Whole Transcriptome Sequencing (WTS) und Methylierungsdaten der 500 Patienten generiert.
Epigenetische Veränderungen sind bei einer Corona-Infektion wahrscheinlich.
Anschließend werden Genom- und Epigenomdaten mit RNA-Expressionsmustern korreliert.
|
Gesamtgenomanalyse mit Gesamttranskriptomanalyse und Desoxyribonukleinsäure (DNA)-Methylierungsanalyse unter Verwendung von Methylation Beadchip (EPIC)-Arrays
|
|
Sonstiges: Wirtsreaktion auf eine SARS-CoV-2-Infektion
Konzentrieren Sie sich auf die Längsschnittanalyse des TCR-Repertoires von CD4+- und CD8+-T-Zellen aus Blutproben (PBMCs) von klinisch charakterisierten Patienten (n = 24).
Die Bulk-T-Zell-Rezeptor(TCR)-Sequenzierung wird zu verschiedenen Zeitpunkten im Verlauf des Krankheitsverlaufs und der Genesung durchgeführt.
|
Längsschnittanalyse des TCR-Repertoires von Cluster of Differentiation 4+ (CD4+) und CD8+ T-Zellen aus Blutproben (Peripheral Blood Mononuclear Cells, PBMCs) von klinisch charakterisierten Patienten
|
|
Sonstiges: Zusammensetzung der viralen Sequenz
Die virale Zusammensetzung des Severe Acute Respiratory Syndrome-Corona Virus-2 (SARS-CoV-2) wird durch Sequenzierung der nächsten Generation bestimmt (verschiedene Protokolle zur Anreicherung sind verfügbar und werden derzeit getestet, um das Virus aus verschiedenen Isolaten erfolgreich zu analysieren).
Es ist bekannt, dass die SARS-CoV-2-Sequenz jede Sekunde, die von Person zu Person übergeht, mindestens eine Position ändert.
Es wurden zahlreiche Varianten beschrieben, die von 3 verschiedenen Ahnenviren (mit den Namen A, B und C) abstammen und unterschiedliche Verbreitungen in Ostasien, Europäern und Amerikanern widerspiegeln.
Da zu erwarten ist, dass andere (Super-)Infektionen die Schwere der Infektion und den Krankheitsverlauf verstärken können, wird das gesamte Metagenom des Rachens ebenfalls sequenziert und analysiert.
|
Bestimmt durch Sequenzierung der nächsten Generation
|
Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
|
Virale Evolution
Zeitfenster: Tag 1, Tag 3-5, Tag 7-9, 48 Stunden nach Genesung
|
Die Veränderung der genetischen Ausstattung einer Viruspopulation (gemessen in Zahlen), wenn die Viren mutieren und sich im Laufe der Zeit zu verschiedenen Zeitpunkten vermehren
|
Tag 1, Tag 3-5, Tag 7-9, 48 Stunden nach Genesung
|
Sekundäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
|
Immunreaktion
Zeitfenster: Tag 1, Tag 3-5, Tag 7-9, 48 Stunden nach Genesung
|
CD4+ und CD8+ T-Zellen aus Blut (pro µl) zu verschiedenen Zeitpunkten gemessen
|
Tag 1, Tag 3-5, Tag 7-9, 48 Stunden nach Genesung
|
|
Schwere der Erkrankung
Zeitfenster: Tag 1, Tag 3-5, Tag 7-9, 48 Stunden nach Genesung
|
Klinische Einteilung nach Schweregrad:
|
Tag 1, Tag 3-5, Tag 7-9, 48 Stunden nach Genesung
|
Mitarbeiter und Ermittler
Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.
Sponsor
Ermittler
- Studienleiter: Olaf Rieß, Prof. Dr., University Hospital Tübingen
Studienaufzeichnungsdaten
Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.
Haupttermine studieren
Studienbeginn (Tatsächlich)
21. Oktober 2020
Primärer Abschluss (Tatsächlich)
30. April 2023
Studienabschluss (Tatsächlich)
31. August 2023
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
22. April 2020
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
24. April 2020
Zuerst gepostet (Tatsächlich)
28. April 2020
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (Tatsächlich)
29. November 2023
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
28. November 2023
Zuletzt verifiziert
1. November 2023
Mehr Informationen
Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie
Schlüsselwörter
Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen
Andere Studien-ID-Nummern
- COVID-19 NGS
Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)
Planen Sie, individuelle Teilnehmerdaten (IPD) zu teilen?
JA
Beschreibung des IPD-Plans
Die COVID-19 NGS-Studie wird Daten in pseudonymisierter Form an nationale und internationale Datenbanken liefern, die eingerichtet wurden, um die diagnostische Ausbeute durch fortschrittliche Analysewerkzeuge zu erhöhen.
IPD-Sharing-Zeitrahmen
Die Daten werden nach der Analyse und unbegrenzt verfügbar.
IPD-Sharing-Zugriffskriterien
Autorisierte Benutzer innerhalb der teilnehmenden Organisationen.
Art der unterstützenden IPD-Freigabeinformationen
- ANALYTIC_CODE
Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Nein
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
Nein
Diese Informationen wurden ohne Änderungen direkt von der Website clinicaltrials.gov abgerufen. Wenn Sie Ihre Studiendaten ändern, entfernen oder aktualisieren möchten, wenden Sie sich bitte an register@clinicaltrials.gov. Sobald eine Änderung auf clinicaltrials.gov implementiert wird, wird diese automatisch auch auf unserer Website aktualisiert .