Detección de HCC usando cambios de metilación de ADN en ctDNA

hepatitis crónica B

Este grupo incluirá 50 sujetos con hepatitis B y los diagnósticos se basarán en la guía práctica de la AASLD.

Prueba de diagnóstico: Metilación de ctDNA y su correlación con el desarrollo y predicción de HCC

Se recolectarán muestras de sangre de pacientes con HCC, individuos sanos e individuos con hepatitis B, y se extraerá el ADN de las PBMC y el ADN tumoral circulante se someterá a conversión de bisulfito. El ADN del ADN de PBMC se analizará con cebadores desarrollados para los genes AHNAK-STAP1. Las muestras de plasma se someterán al kit de conversión de bisulfito y extracción directa de ADN EZ y se amplificarán con cebadores desarrollados para amplificar las regiones objetivo. El ADN se utilizará para la posterior amplificación por PCR con un cebador específico para generar un amplicón de PCR para la secuenciación mediante un procedimiento de doble PCR. El producto de la reacción de PCR se someterá a la secuenciación indexada de próxima generación de MiSeq que nos permitirá cuantificar el nivel de metilación del ADN.

Casos de CHC

Prueba de diagnóstico: Metilación de ctDNA y su correlación con el desarrollo y predicción de HCC

Se recolectarán muestras de sangre de pacientes con HCC, individuos sanos e individuos con hepatitis B, y se extraerá el ADN de las PBMC y el ADN tumoral circulante se someterá a conversión de bisulfito. El ADN del ADN de PBMC se analizará con cebadores desarrollados para los genes AHNAK-STAP1. Las muestras de plasma se someterán al kit de conversión de bisulfito y extracción directa de ADN EZ y se amplificarán con cebadores desarrollados para amplificar las regiones objetivo. El ADN se utilizará para la posterior amplificación por PCR con un cebador específico para generar un amplicón de PCR para la secuenciación mediante un procedimiento de doble PCR. El producto de la reacción de PCR se someterá a la secuenciación indexada de próxima generación de MiSeq que nos permitirá cuantificar el nivel de metilación del ADN.

Saludable

Este grupo incluirá 50 controles apareados por sexo y edad saludables.

Prueba de diagnóstico: Metilación de ctDNA y su correlación con el desarrollo y predicción de HCC

Se recolectarán muestras de sangre de pacientes con HCC, individuos sanos e individuos con hepatitis B, y se extraerá el ADN de las PBMC y el ADN tumoral circulante se someterá a conversión de bisulfito. El ADN del ADN de PBMC se analizará con cebadores desarrollados para los genes AHNAK-STAP1. Las muestras de plasma se someterán al kit de conversión de bisulfito y extracción directa de ADN EZ y se amplificarán con cebadores desarrollados para amplificar las regiones objetivo. El ADN se utilizará para la posterior amplificación por PCR con un cebador específico para generar un amplicón de PCR para la secuenciación mediante un procedimiento de doble PCR. El producto de la reacción de PCR se someterá a la secuenciación indexada de próxima generación de MiSeq que nos permitirá cuantificar el nivel de metilación del ADN.

Cálculo de puntuaciones M y puntuaciones de probabilidad HCC

Normalizamos los valores medios de metilación (rango 0-100) para 'HCC-detect' (detección de carcinoma hepatocelular) y 'HCC-spec' (especificidad de carcinoma hepatocelular). La 'detección de HCC' se deriva de las regiones CHFR, VASH2, CCNJ y GRID2IP, con el objetivo de identificar ampliamente el HCC. El rango teórico es de -6,6438 a 8,6438, observándose de -3,541 a 7,65; puntuaciones más altas indican una mayor probabilidad de CHC. 'HCC-spec', que se centra en la región F12, diferencia el CHC de otros 31 cánceres y células normales, con un rango teórico de -3,3219 a 6,64385 (observado de -3,3219 a 6,6297). Las puntuaciones más altas significan una mayor especificidad del CHC. Ambas puntuaciones, modeladas mediante regresión logística en Prism, predicen la probabilidad de CHC, vinculando puntuaciones más altas con una mayor probabilidad o especificidad de CHC.