Ohutsuolen avanteen ja paksusuolen ulosteiden mikrobien monimuotoisuus
sunnuntai 10. helmikuuta 2019 päivittänyt: Xinhua Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine
Lyhytsuolen oireyhtymää sairastavien lasten ohutsuolen avannevesien ja paksusuolen ulosteiden suoliston mikrobien monimuotoisuus
Useat tutkimukset viittaavat siihen, että dysbakterioosia esiintyi yleensä potilailla, joilla on suolen vajaatoiminta (IF).
Kuitenkin eroja mikrobiotan monimuotoisuudessa ohutsuolen avannevesien ja paksusuolen ulosteissa tutkittiin harvoin.
Näin ollen tämän tutkimuksen tarkoituksena on tutkia ohutsuolen avanneen ja paksusuolen mikrobiotakoostumuksia ja eroja lasten IF-potilailla.
Ulostenäytteet IF-potilailta.
Jokainen potilas sai fistulin sulkemisen keskukseemme ja ulostenäytteet sekä ohutsuolen avanneesta että paksusuolesta kerättiin.
Ulosteen mikrobikoostumukset määritettiin suuren suorituskyvyn sekvensoinnilla.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Tuntematon
Ehdot
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Odotettu)
60
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskelupaikat
-
-
-
Shanghai, Kiina
- Rekrytointi
- Shanghai Xinhua Hospital, affiliated to Shanghai Jiao Tong University, School of Medicine
-
Ottaa yhteyttä:
- Wei Cai, MD, PhD
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
1 kuukausi - 3 vuotta (Lapsi)
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Joo
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Kaikki
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Sairaalapotilaat
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Potilaat, joilla on suolen vajaatoiminta. Potilaat sietoivat hyvin parenteraalista ja enteraalista ravintoa. Enteraalisen ravinnon osuus on yli 80 %.
Uloste pidettiin alle 50 ml/kg/vrk. Komplikaatioita ei ilmennyt ainakaan viikkoon.
Poissulkemiskriteerit:
- Potilaat ovat pääasiassa riippuvaisia parenteraalisesta ravinnosta. Oireita kuten kuume, vatsan turvotus ja ripuli. Komplikaatiot, kuten parenteraaliseen ravitsemukseen liittyvä maksasairaus, keuhkokuume ja katetriin liittyvä infektio.
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
|---|
|
Suoliston avannelähtö
Ei interventioita.
|
|
Paksusuolen ulosteet
Ei interventioita.
|
|
Terve ohjaus
Ei interventioita.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Mikrobiootan monimuotoisuus ja koostumus selvitetty 16s rRNA-sekvensoinnilla
Aikaikkuna: 1) Näytteenotto: päivää ennen kuin potilaat kotiutetaan sairaalasta; 2) DNA:n uuttaminen: viikon sisällä näytteiden keräämisestä; 3) Sekvensointi ja tietojen analysointi: kuukauden sisällä DNA-uutteen ottamisesta
|
Suoliston mikrobiotan DNA uutetaan.
Sitten puhdistetut DNA-amplikonit yhdistetään ekvimolaariseen ja parilliseen päähän sekvensoituun (2 x 250) Illumina MiSeq -alustalla.
Raw Fastq-tiedostot demultipleksoidaan ja laatusuodatetaan QIIME:llä (versio 1.17).
Toiminnalliset taksonomiset yksiköt (OTU) klusteroidaan seuraavaksi 97 %:n samankaltaisuuden rajalla käyttämällä UPARSE-versiota 7.1 (http://drive5.com/
uparse/) ja kimeeriset sekvenssit tunnistetaan ja poistetaan UCHIME:n avulla (http://drive5.com/index.htm).
Kunkin 16S-rRNA-geenisekvenssin fylogeneettinen kuuluvuus analysoidaan RDP-luokittajalla (http://rdp.cme.msu.edu/)
silva (SSU117/119)16S rRNA:ta vastaan.
Nyyhkynindeksiä ja Chao-indeksiä käytetään arvioimaan mikrobiston monimuotoisuutta.
Mikrobiootan koostumus tunnistetaan eri tasoilla, mukaan lukien suvun, perheen ja suvun tasoilla.
|
1) Näytteenotto: päivää ennen kuin potilaat kotiutetaan sairaalasta; 2) DNA:n uuttaminen: viikon sisällä näytteiden keräämisestä; 3) Sekvensointi ja tietojen analysointi: kuukauden sisällä DNA-uutteen ottamisesta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Arrieta MC, Stiemsma LT, Amenyogbe N, Brown EM, Finlay B. The intestinal microbiome in early life: health and disease. Front Immunol. 2014 Sep 5;5:427. doi: 10.3389/fimmu.2014.00427. eCollection 2014.
- Booijink CC, El-Aidy S, Rajilic-Stojanovic M, Heilig HG, Troost FJ, Smidt H, Kleerebezem M, De Vos WM, Zoetendal EG. High temporal and inter-individual variation detected in the human ileal microbiota. Environ Microbiol. 2010 Dec;12(12):3213-27. doi: 10.1111/j.1462-2920.2010.02294.x.
- Barrett E, Guinane CM, Ryan CA, Dempsey EM, Murphy BP, O'Toole PW, Fitzgerald GF, Cotter PD, Ross RP, Stanton C. Microbiota diversity and stability of the preterm neonatal ileum and colon of two infants. Microbiologyopen. 2013 Apr;2(2):215-25. doi: 10.1002/mbo3.64. Epub 2013 Jan 24.
- Huang Y, Guo F, Li Y, Wang J, Li J. Fecal microbiota signatures of adult patients with different types of short bowel syndrome. J Gastroenterol Hepatol. 2017 Dec;32(12):1949-1957. doi: 10.1111/jgh.13806.
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Tiistai 1. marraskuuta 2016
Ensisijainen valmistuminen (Odotettu)
Sunnuntai 15. joulukuuta 2019
Opintojen valmistuminen (Odotettu)
Maanantai 1. kesäkuuta 2020
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Perjantai 15. kesäkuuta 2018
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Torstai 5. heinäkuuta 2018
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Keskiviikko 18. heinäkuuta 2018
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Perjantai 15. helmikuuta 2019
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Sunnuntai 10. helmikuuta 2019
Viimeksi vahvistettu
Keskiviikko 1. marraskuuta 2017
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muut tutkimustunnusnumerot
- ShanghaiXinhua
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .