Nopea exome synnynnäisten sairauksien diagnosointiin alle 12 kuukauden ikäisillä vauvoilla, jotka ovat sairaalahoidossa tehohoitoyksikössä (REUNIR)
maanantai 27. marraskuuta 2023 päivittänyt: University Hospital, Montpellier
Synnynnäisten epämuodostumien ja epäiltyjen geneettisten tilojen varhainen diagnoosi kriittisesti sairailla vauvoilla on välttämätöntä erityisen mukautetun hoidon, ennaltaehkäisyn ja asianmukaisen geneettisen neuvonnan suorittamiseksi. Etiologiat ovat kuitenkin erilaisia, ja jokainen niistä on yksilöllisesti erittäin harvinainen. Uuden sukupolven sekvensointitekniikoiden ansiosta diagnoosien aikakehykset ovat lyhentyneet dramaattisesti, ja tutkijat ovat havainneet diagnoosien lisääntyneen.
Tämän tutkimuksen tarkoituksena on arvioida nopean trio-eksomin sekvensoinnin (alle 16 päivää tietoisen suostumuksen allekirjoittamisen ja vanhemmille saatujen tulosten kuulemisen välillä) toteutettavuutta alle 12 kuukauden ikäisillä vauvoilla, jotka ovat sairaalahoidossa tehohoitoyksikössä (ICU).
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Valmis
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Tämä prospektiivinen tutkimus on ensimmäinen ranskalainen tutkimus, jonka tavoitteena on arvioida nopean trio-eksomin sekvensoinnin toteutettavuutta (alle 16 päivää tietoisen suostumuksen allekirjoittamisen ja tulosten esittämisen vanhemmille kuulemisen välillä) 15 alle 12 kuukauden ikäisellä vauvalla, jotka ovat sairaalahoidossa tehohoidossa. Yksikkö. Mukana oleville potilaille tehdään vuoden seurantatutkimus.
Pääasiallinen arviointikriteeri on perheelle ennen 16 päivää annettujen eksomien tulosten tuotto. Toissijaiset arviointikriteerit ovat 1/ kunkin vaiheen kesto tuloksiin asti 2/ diagnoosi tuottaa : etiologian tunnistaminen 3/ eksomidiagnoosin salliman sairaanhoidon säätö 4/diagnoosin saavuttamiseen tarvittava veren määrä 5/ sairaalahoidon kesto ja lääketieteellisten käyntien määrä sisällyttämistä seuraavan vuoden aikana.
Exome-sekvensointi suoritetaan tavallisesti määrätyn klassisen analyysin lisäksi. Sairaanhoitoon ei tehdä muutoksia ennen kuin exome-tulokset on vastaanotettu. Tietoisen suostumuksen allekirjoittamisen jälkeen lapsen ja molempien vanhempien verinäytteitä käytetään trio-eksomin sekvensointiin, joka sisältää 3 vaihetta: analyyttisen vaiheen (verinäytteen DNA:n erottaminen ja suuren suorituskyvyn sekvensointi), bioinformaattisen vaiheen ja tulkintavaiheen. .
Tutkimus sisältää neljä lääketieteellistä konsultaatiota:
1/konsultaatio geneetikon kanssa sisällyttämistä varten, 2/konsultaatio geneetikon kanssa eksomin tulosten antamiseksi, 3/ konsultaatio 3 kuukauden kuluttua tuloksista eksomin tuloksen vahvistamiseksi, 4/ konsultaatio vuoden kuluttua sisällyttämisestä lääketieteellinen seuranta.
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Todellinen)
45
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskelupaikat
-
-
Hérault
-
Montpellier, Hérault, Ranska, 34295
- Medical genetics Arnaud de Villeneuve
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
3 vuotta - 2 vuotta (Lapsi)
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Joo
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Tässä tutkimuksessa on mukana 15 potilasta ja molemmat vanhemmat.
Potilaat ovat 12 kuukauden ikäisiä tai alle sairaalahoidossa teho-osastolla ja kärsivät useista synnynnäisistä epämuodostumista ja/tai neurologisista oireista
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Alle 12 kuukauden ikäinen vauva, sairaalahoidossa teho-osastolla.
- Vauva, jolla on useita synnynnäisiä epämuodostumia tai neurologisia oireita, joiden geneettistä alkuperää epäillään, mutta joita ei ole diagnosoitu geneettisesti.
- Vauva, jolle molemmat biologiset vanhemmat ovat antaneet suostumuksensa tutkimukseen, geneettiseen analyysiin itselleen ja lapselleen.
- Vauva ja vanhemmat rekisteröity Ranskan kansalliseen terveydenhuoltoon
Poissulkemiskriteerit:
- Toisen tai molempien vanhempainnäytteen puuttuminen.
- Tarkka geneettinen diagnoosi, joka on tehty pre- tai postnataalisesti kromosomaalisilla (eli Downin oireyhtymä), Sanger- (eli: infantiili spinaalinen amyotrofia) metylaatiolla (eli: Prader-Willin oireyhtymä) tai kolmoisamplifikaatiolla (eli vastasyntyneen Steinert-myotonia) tutkimuksilla.
- Vahvaa kliinistä näyttöä kromosomaalisista (eli Downin oireyhtymä), Sangerin (eli: infantiili spinaalin amyotrofia) metylaatiosta (eli Prader-Willin oireyhtymä) tai kolmoisamplifikaatiosta (eli vastasyntyneen Steinert myotonia) tehdyistä tutkimuksista.
- Yhden tai molempien vanhempien mahdottomuus antaa suostumustaan
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Havaintomallit: Kohortti
- Aikanäkymät: Tulevaisuuden
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
15 potilasta ja molemmat vanhemmat.
Potilaat ovat 12 kuukauden ikäisiä tai alle sairaalahoidossa teho-osastolla ja kärsivät useista synnynnäisistä epämuodostumista ja/tai neurologisista oireista.
|
Exome-sekvensointi vaatii analyyttisiä, bioinformatiikan ja tulkintavaiheita.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Exome-tulosten tuotto perheelle ennen 16 päivää
Aikaikkuna: Enintään 16 päivää sisällyttämisen jälkeen
|
päivien lukumäärä näytteenoton ja tulosten välillä
|
Enintään 16 päivää sisällyttämisen jälkeen
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Kunkin vaiheen kesto tuloksiin (analyyttinen vaihe, bioinformaattinen vaihe, tulkintavaihe).
Aikaikkuna: Enintään 16 päivää sisällyttämisen jälkeen
|
päivien lukumäärä näytteenoton ja tulosten välillä
|
Enintään 16 päivää sisällyttämisen jälkeen
|
|
Diagnoositulos: etiologian tunnistaminen
Aikaikkuna: 3 kuukautta
|
päivien lukumäärä näytteenoton ja diagnostisen vahvistuksen välillä
|
3 kuukautta
|
|
Exome-diagnoosin sallima sairaanhoidon säätö
Aikaikkuna: Enintään 16 päivää sisällyttämisen jälkeen
|
Mahdolliset lisäykset tai poistot diagnostiseen tutkimukseen, diagnosoituun patologiaan liittyvään lääketieteelliseen hoitoon tai tunnetun komplikaation seulomiseen
|
Enintään 16 päivää sisällyttämisen jälkeen
|
|
Diagnoosin tekemiseen tarvittava veren määrä
Aikaikkuna: Enintään 16 päivää sisällyttämisen jälkeen
|
diagnoosin saavuttamiseksi tarvittava veren määrä
|
Enintään 16 päivää sisällyttämisen jälkeen
|
|
Diagnoosin tekemiseen tarvittava veren määrä
Aikaikkuna: Enintään 16 päivää sisällyttämisen jälkeen
|
diagnoosin saamiseen tarvittava määrä näytteitä
|
Enintään 16 päivää sisällyttämisen jälkeen
|
|
sairaalahoidon kesto sisällyttämistä seuraavan vuoden aikana
Aikaikkuna: vuosi sisällyttämisen jälkeen
|
sairaalassaolopäivien määrä vuodessa
|
vuosi sisällyttämisen jälkeen
|
|
lääketieteellisten käyntien määrä sisällyttämistä seuraavan vuoden aikana
Aikaikkuna: vuosi sisällyttämisen jälkeen
|
lääkärikäyntien määrä vuoden aikana
|
vuosi sisällyttämisen jälkeen
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Tutkijat
- Päätutkija: Marjolaine WILLEMS, Medical genetics Arnaud de Villeneuve
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Acikalin A, Bagir EK, Torun G, Ates BT, Erdogan S, Uguz A, Ergin M, Buyukkurt S, Ozgunen FT, Tunali N, Gumurdulu D. Perinatal autopsy evaluation of 2150 autopsies in the Cukurova region of Turkey. Turk Patoloji Derg. 2014;30(3):189-94. doi: 10.5146/tjpath.2014.01266.
- Baird PA, Anderson TW, Newcombe HB, Lowry RB. Genetic disorders in children and young adults: a population study. Am J Hum Genet. 1988 May;42(5):677-93.
- Bonnet D. [Genetics of congenital heart diseases]. Presse Med. 2017 Jun;46(6 Pt 1):612-619. doi: 10.1016/j.lpm.2017.05.014. Epub 2017 Jun 2. French.
- Dhiman V. Molecular Genetics of Epilepsy: A Clinician's Perspective. Ann Indian Acad Neurol. 2017 Apr-Jun;20(2):96-102. doi: 10.4103/aian.AIAN_447_16.
- Grandemange S, Sanchez E, Louis-Plence P, Tran Mau-Them F, Bessis D, Coubes C, Frouin E, Seyger M, Girard M, Puechberty J, Costes V, Rodiere M, Carbasse A, Jeziorski E, Portales P, Sarrabay G, Mondain M, Jorgensen C, Apparailly F, Hoppenreijs E, Touitou I, Genevieve D. A new autoinflammatory and autoimmune syndrome associated with NLRP1 mutations: NAIAD (NLRP1-associated autoinflammation with arthritis and dyskeratosis). Ann Rheum Dis. 2017 Jul;76(7):1191-1198. doi: 10.1136/annrheumdis-2016-210021. Epub 2016 Dec 13.
- Hack M, Taylor HG, Drotar D, Schluchter M, Cartar L, Andreias L, Wilson-Costello D, Klein N. Chronic conditions, functional limitations, and special health care needs of school-aged children born with extremely low-birth-weight in the 1990s. JAMA. 2005 Jul 20;294(3):318-25. doi: 10.1001/jama.294.3.318.
- McCandless SE, Brunger JW, Cassidy SB. The burden of genetic disease on inpatient care in a children's hospital. Am J Hum Genet. 2004 Jan;74(1):121-7. doi: 10.1086/381053. Epub 2003 Dec 12. Erratum In: Am J Hum Genet. 2004 Apr;74(4):788.
- Musante L, Ropers HH. Genetics of recessive cognitive disorders. Trends Genet. 2014 Jan;30(1):32-9. doi: 10.1016/j.tig.2013.09.008. Epub 2013 Oct 28.
- Pabinger S, Dander A, Fischer M, Snajder R, Sperk M, Efremova M, Krabichler B, Speicher MR, Zschocke J, Trajanoski Z. A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data. Brief Bioinform. 2014 Mar;15(2):256-78. doi: 10.1093/bib/bbs086. Epub 2013 Jan 21.
- Packer JS, Maxwell EK, O'Dushlaine C, Lopez AE, Dewey FE, Chernomorsky R, Baras A, Overton JD, Habegger L, Reid JG. CLAMMS: a scalable algorithm for calling common and rare copy number variants from exome sequencing data. Bioinformatics. 2016 Jan 1;32(1):133-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btv547. Epub 2015 Sep 17.
- Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, Grody WW, Hegde M, Lyon E, Spector E, Voelkerding K, Rehm HL; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015 May;17(5):405-24. doi: 10.1038/gim.2015.30. Epub 2015 Mar 5.
- Van der Auwera GA, Carneiro MO, Hartl C, Poplin R, Del Angel G, Levy-Moonshine A, Jordan T, Shakir K, Roazen D, Thibault J, Banks E, Garimella KV, Altshuler D, Gabriel S, DePristo MA. From FastQ data to high confidence variant calls: the Genome Analysis Toolkit best practices pipeline. Curr Protoc Bioinformatics. 2013;43(1110):11.10.1-11.10.33. doi: 10.1002/0471250953.bi1110s43.
- Vissers LE, Gilissen C, Veltman JA. Genetic studies in intellectual disability and related disorders. Nat Rev Genet. 2016 Jan;17(1):9-18. doi: 10.1038/nrg3999. Epub 2015 Oct 27.
- Zlotogora J, Shalev SA. The consequences of consanguinity on the rates of malformations and major medical conditions at birth and in early childhood in inbred populations. Am J Med Genet A. 2010 Aug;152A(8):2023-8. doi: 10.1002/ajmg.a.33537.
- Cunniff C, Carmack JL, Kirby RS, Fiser DH. Contribution of heritable disorders to mortality in the pediatric intensive care unit. Pediatrics. 1995 May;95(5):678-81.
- FitzPatrick DR, Skeoch CH, Tolmie JL. Genetic aspects of admissions to a paediatric intensive care unit. Arch Dis Child. 1991 May;66(5):639-41. doi: 10.1136/adc.66.5.639.
- Gilissen C, Hoischen A, Brunner HG, Veltman JA. Unlocking Mendelian disease using exome sequencing. Genome Biol. 2011 Sep 14;12(9):228. doi: 10.1186/gb-2011-12-9-228.
- Hildreth A, Wigby K, Chowdhury S, Nahas S, Barea J, Ordonez P, Batalov S, Dimmock D, Kingsmore S; RCIGM Investigators. Rapid whole-genome sequencing identifies a novel homozygous NPC1 variant associated with Niemann-Pick type C1 disease in a 7-week-old male with cholestasis. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2017 Sep 1;3(5):a001966. doi: 10.1101/mcs.a001966. Print 2017 Sep.
- Kingsmore SF, Petrikin J, Willig LK, Guest E. Emergency medical genomes: a breakthrough application of precision medicine. Genome Med. 2015 Jul 30;7(1):82. doi: 10.1186/s13073-015-0201-z. eCollection 2015.
- Lalani SR. Current Genetic Testing Tools in Neonatal Medicine. Pediatr Neonatol. 2017 Apr;58(2):111-121. doi: 10.1016/j.pedneo.2016.07.002. Epub 2016 Sep 28.
- Lee H, Deignan JL, Dorrani N, Strom SP, Kantarci S, Quintero-Rivera F, Das K, Toy T, Harry B, Yourshaw M, Fox M, Fogel BL, Martinez-Agosto JA, Wong DA, Chang VY, Shieh PB, Palmer CG, Dipple KM, Grody WW, Vilain E, Nelson SF. Clinical exome sequencing for genetic identification of rare Mendelian disorders. JAMA. 2014 Nov 12;312(18):1880-7. doi: 10.1001/jama.2014.14604.
- Petrikin JE, Willig LK, Smith LD, Kingsmore SF. Rapid whole genome sequencing and precision neonatology. Semin Perinatol. 2015 Dec;39(8):623-31. doi: 10.1053/j.semperi.2015.09.009. Epub 2015 Oct 29.
- Reardon S. Fast genetic sequencing saves newborn lives. Nature. 2014 Oct 2;514(7520):13-4. doi: 10.1038/514013a. No abstract available.
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- Smith LD, Willig LK, Kingsmore SF. Whole-Exome Sequencing and Whole-Genome Sequencing in Critically Ill Neonates Suspected to Have Single-Gene Disorders. Cold Spring Harb Perspect Med. 2015 Dec 18;6(2):a023168. doi: 10.1101/cshperspect.a023168.
- Soden SE, Saunders CJ, Willig LK, Farrow EG, Smith LD, Petrikin JE, LePichon JB, Miller NA, Thiffault I, Dinwiddie DL, Twist G, Noll A, Heese BA, Zellmer L, Atherton AM, Abdelmoity AT, Safina N, Nyp SS, Zuccarelli B, Larson IA, Modrcin A, Herd S, Creed M, Ye Z, Yuan X, Brodsky RA, Kingsmore SF. Effectiveness of exome and genome sequencing guided by acuity of illness for diagnosis of neurodevelopmental disorders. Sci Transl Med. 2014 Dec 3;6(265):265ra168. doi: 10.1126/scitranslmed.3010076.
- Thevenon J, Duffourd Y, Masurel-Paulet A, Lefebvre M, Feillet F, El Chehadeh-Djebbar S, St-Onge J, Steinmetz A, Huet F, Chouchane M, Darmency-Stamboul V, Callier P, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Riviere JB. Diagnostic odyssey in severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clin Genet. 2016 Jun;89(6):700-7. doi: 10.1111/cge.12732. Epub 2016 Apr 26.
- Willig LK, Petrikin JE, Smith LD, Saunders CJ, Thiffault I, Miller NA, Soden SE, Cakici JA, Herd SM, Twist G, Noll A, Creed M, Alba PM, Carpenter SL, Clements MA, Fischer RT, Hays JA, Kilbride H, McDonough RJ, Rosterman JL, Tsai SL, Zellmer L, Farrow EG, Kingsmore SF. Whole-genome sequencing for identification of Mendelian disorders in critically ill infants: a retrospective analysis of diagnostic and clinical findings. Lancet Respir Med. 2015 May;3(5):377-87. doi: 10.1016/S2213-2600(15)00139-3. Epub 2015 Apr 27.
- Yang Y, Muzny DM, Reid JG, Bainbridge MN, Willis A, Ward PA, Braxton A, Beuten J, Xia F, Niu Z, Hardison M, Person R, Bekheirnia MR, Leduc MS, Kirby A, Pham P, Scull J, Wang M, Ding Y, Plon SE, Lupski JR, Beaudet AL, Gibbs RA, Eng CM. Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med. 2013 Oct 17;369(16):1502-11. doi: 10.1056/NEJMoa1306555. Epub 2013 Oct 2.
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Maanantai 8. huhtikuuta 2019
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Keskiviikko 8. kesäkuuta 2022
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Keskiviikko 8. kesäkuuta 2022
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Perjantai 18. tammikuuta 2019
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Maanantai 4. helmikuuta 2019
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tiistai 5. helmikuuta 2019
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Tiistai 28. marraskuuta 2023
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Maanantai 27. marraskuuta 2023
Viimeksi vahvistettu
Keskiviikko 1. marraskuuta 2023
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- RECHMPL17_0387
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .