Rask eksom for diagnose av medfødte tilstander hos spedbarn under 12 måneder innlagt på intensivavdeling (REUNIR)
27. november 2023 oppdatert av: University Hospital, Montpellier
En tidlig diagnose av medfødte misdannelser og mistenkte genetiske tilstander hos kritisk syke spedbarn er avgjørende for å utføre spesifikk tilpasset omsorg, forebygging og gi riktig genetisk rådgivning. Etiologier er imidlertid forskjellige, og hver av dem er individuelt svært sjeldne. Takket være neste generasjons sekvenseringsteknologier har tidsrammer for diagnose blitt drastisk redusert og etterforskerne har observert en økning i diagnoseutbytte.
Denne studien tar sikte på å evaluere gjennomførbarheten av rask trio-eksome-sekvensering (mindre enn 16 dager mellom underskrift av informert samtykke og konsultasjon for resultater til foreldrene) hos spedbarn under 12 måneder innlagt på intensivavdeling (ICU).
Studieoversikt
Status
Fullført
Intervensjon / Behandling
Detaljert beskrivelse
Denne prospektive studien er den første franske studien som tar sikte på å evaluere gjennomførbarheten av rask trio-eksome-sekvensering (mindre enn 16 dager mellom underskrift av informert samtykke og konsultasjon for resultatpresentasjon for foreldrene) hos 15 spedbarn under 12 måneder innlagt på intensivavdelingen Enhet. Inkluderte pasienter vil ha et års oppfølgingsundersøkelse.
Hovedevalueringskriteriet er utbyttet av exome-resultater gitt til familien før 16 dager. De sekundære evalueringskriteriene er 1/ varighet av hvert trinn til resultatene 2/ diagnose gir: identifisering av etiologi 3/ justering av medisinsk behandling tillatt av eksomdiagnosen 4/mengde blod som er nødvendig for å oppnå diagnose 5/ varighet av sykehusopphold og antall medisinske konsultasjoner i året etter inkludering.
Eksomsekvensering vil bli utført på toppen av klassisk analyse som vanligvis er foreskrevet. Medisinsk behandling vil ikke bli endret før eksome resultater mottak. Etter signatur av informert samtykke vil blodprøver av spedbarnet og begge foreldrene bli brukt til trio-eksome-sekvensering, som inkluderer 3 trinn: det analytiske trinnet (blodprøve-DNA-ekstraksjon og høy-gjennomstrømningssekvensering), det bioinformatiske trinnet og tolkningstrinnet .
Studien inkluderer fire medisinske konsultasjoner:
1/konsultasjon med genetiker for inkludering, 2/konsultasjon med genetiker for å gi exome-resultatene, 3/ konsultasjon 3 måneder etter resultatene for sanger-bekreftelsen av exome-resultatet, 4/ konsultasjon ett år etter inkluderingen for medisinsk oppfølging.
Studietype
Observasjonsmessig
Registrering (Faktiske)
45
Kontakter og plasseringer
Denne delen inneholder kontaktinformasjon for de som utfører studien, og informasjon om hvor denne studien blir utført.
Studiesteder
-
-
Hérault
-
Montpellier, Hérault, Frankrike, 34295
- Medical genetics Arnaud de Villeneuve
-
-
Deltakelseskriterier
Forskere ser etter personer som passer til en bestemt beskrivelse, kalt kvalifikasjonskriterier. Noen eksempler på disse kriteriene er en persons generelle helsetilstand eller tidligere behandlinger.
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
3 år til 2 år (Barn)
Tar imot friske frivillige
Ja
Prøvetakingsmetode
Ikke-sannsynlighetsprøve
Studiepopulasjon
Denne studien inkluderer 15 pasienter og begge foreldrene.
Pasientene er i alderen 12 måneder eller under innlagt på intensivavdelingen og lider av flere medfødte misdannelser og/eller nevrologiske symptomer
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
- Spedbarn under 12 måneder, innlagt på intensivavdelingen.
- Spedbarn med flere medfødte misdannelser eller nevrologiske symptomer der det er mistanke om genetisk opprinnelse, men som ikke er genetisk diagnostisert.
- Spedbarn som begge biologiske foreldre har gitt samtykke til studien, genetisk analyse for seg selv og barnet deres.
- Spedbarn og foreldre registrert i den franske nasjonale helsetjenesten
Ekskluderingskriterier:
- Fravær av en eller begge foreldreprøven.
- Nøyaktig genetisk diagnose gjort pre- eller postnatalt med kromosomale (dvs.: Downs syndrom), Sanger (dvs.: infantil spinal amyotrofi) metylering (dvs.: Prader-Willi syndrom) eller triplettforsterkning (dvs.: neonatal Steinert myotoni).
- Sterke kliniske bevis for studier med kromosomal (dvs. Downs syndrom), Sanger (dvs. infantil spinal amyotrofi) metylering (dvs. Prader-Willi syndrom) eller triplettamplifikasjon (dvs. neonatal Steinert myotoni).
- Umulig for en eller begge foreldre å gi sitt samtykke
Studieplan
Denne delen gir detaljer om studieplanen, inkludert hvordan studien er utformet og hva studien måler.
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
- Observasjonsmodeller: Kohort
- Tidsperspektiver: Potensielle
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / Kohort |
Intervensjon / Behandling |
|---|---|
|
15 pasienter og begge foreldrene.
Pasientene er i alderen 12 måneder eller under innlagt på intensivavdelingen og lider av flere medfødte misdannelser og/eller nevrologiske symptomer.
|
Eksomsekvensering krever analytiske, bioinformatiske og tolkningstrinn.
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Utbytte av exome-resultater gitt til familien før 16 dager
Tidsramme: 16 dager maksimalt etter inkludering
|
antall dager mellom prøven og resultatene
|
16 dager maksimalt etter inkludering
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Varighet av hvert trinn frem til resultatene (det analytiske trinnet, det bioinformatiske trinnet, tolkningstrinnet).
Tidsramme: 16 dager maksimalt etter inkludering
|
antall dager mellom prøven og resultatene
|
16 dager maksimalt etter inkludering
|
|
Diagnoseutbytte: identifikasjon av etiologien
Tidsramme: 3 måneder
|
antall dager mellom prøvetaking og diagnostisk bekreftelse
|
3 måneder
|
|
Justering av medisinsk behandling tillatt av eksomdiagnosen
Tidsramme: 16 dager maksimalt etter inkludering
|
Eventuelle tillegg eller slettinger av en diagnostisk undersøkelse, medisinsk behandling spesifikk for den diagnostiserte patologien eller screening av en kjent komplikasjon
|
16 dager maksimalt etter inkludering
|
|
Mengde blod som er nødvendig for å oppnå diagnose
Tidsramme: 16 dager maksimalt etter inkludering
|
blodvolum som er nødvendig for å oppnå diagnose
|
16 dager maksimalt etter inkludering
|
|
Mengde blod som er nødvendig for å oppnå diagnose
Tidsramme: 16 dager maksimalt etter inkludering
|
antall prøver som er nødvendig for å oppnå diagnose
|
16 dager maksimalt etter inkludering
|
|
varighet av sykehusopphold i året etter inkludering
Tidsramme: et år etter inkludering
|
antall dager sykehusopphold i året
|
et år etter inkludering
|
|
antall medisinske konsultasjoner i året etter inkludering
Tidsramme: et år etter inkludering
|
antall medisinske konsultasjoner i året
|
et år etter inkludering
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Det er her du vil finne personer og organisasjoner som er involvert i denne studien.
Sponsor
Etterforskere
- Hovedetterforsker: Marjolaine WILLEMS, Medical genetics Arnaud de Villeneuve
Publikasjoner og nyttige lenker
Den som er ansvarlig for å legge inn informasjon om studien leverer frivillig disse publikasjonene. Disse kan handle om alt relatert til studiet.
Generelle publikasjoner
- Acikalin A, Bagir EK, Torun G, Ates BT, Erdogan S, Uguz A, Ergin M, Buyukkurt S, Ozgunen FT, Tunali N, Gumurdulu D. Perinatal autopsy evaluation of 2150 autopsies in the Cukurova region of Turkey. Turk Patoloji Derg. 2014;30(3):189-94. doi: 10.5146/tjpath.2014.01266.
- Baird PA, Anderson TW, Newcombe HB, Lowry RB. Genetic disorders in children and young adults: a population study. Am J Hum Genet. 1988 May;42(5):677-93.
- Bonnet D. [Genetics of congenital heart diseases]. Presse Med. 2017 Jun;46(6 Pt 1):612-619. doi: 10.1016/j.lpm.2017.05.014. Epub 2017 Jun 2. French.
- Dhiman V. Molecular Genetics of Epilepsy: A Clinician's Perspective. Ann Indian Acad Neurol. 2017 Apr-Jun;20(2):96-102. doi: 10.4103/aian.AIAN_447_16.
- Grandemange S, Sanchez E, Louis-Plence P, Tran Mau-Them F, Bessis D, Coubes C, Frouin E, Seyger M, Girard M, Puechberty J, Costes V, Rodiere M, Carbasse A, Jeziorski E, Portales P, Sarrabay G, Mondain M, Jorgensen C, Apparailly F, Hoppenreijs E, Touitou I, Genevieve D. A new autoinflammatory and autoimmune syndrome associated with NLRP1 mutations: NAIAD (NLRP1-associated autoinflammation with arthritis and dyskeratosis). Ann Rheum Dis. 2017 Jul;76(7):1191-1198. doi: 10.1136/annrheumdis-2016-210021. Epub 2016 Dec 13.
- Hack M, Taylor HG, Drotar D, Schluchter M, Cartar L, Andreias L, Wilson-Costello D, Klein N. Chronic conditions, functional limitations, and special health care needs of school-aged children born with extremely low-birth-weight in the 1990s. JAMA. 2005 Jul 20;294(3):318-25. doi: 10.1001/jama.294.3.318.
- McCandless SE, Brunger JW, Cassidy SB. The burden of genetic disease on inpatient care in a children's hospital. Am J Hum Genet. 2004 Jan;74(1):121-7. doi: 10.1086/381053. Epub 2003 Dec 12. Erratum In: Am J Hum Genet. 2004 Apr;74(4):788.
- Musante L, Ropers HH. Genetics of recessive cognitive disorders. Trends Genet. 2014 Jan;30(1):32-9. doi: 10.1016/j.tig.2013.09.008. Epub 2013 Oct 28.
- Pabinger S, Dander A, Fischer M, Snajder R, Sperk M, Efremova M, Krabichler B, Speicher MR, Zschocke J, Trajanoski Z. A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data. Brief Bioinform. 2014 Mar;15(2):256-78. doi: 10.1093/bib/bbs086. Epub 2013 Jan 21.
- Packer JS, Maxwell EK, O'Dushlaine C, Lopez AE, Dewey FE, Chernomorsky R, Baras A, Overton JD, Habegger L, Reid JG. CLAMMS: a scalable algorithm for calling common and rare copy number variants from exome sequencing data. Bioinformatics. 2016 Jan 1;32(1):133-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btv547. Epub 2015 Sep 17.
- Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, Grody WW, Hegde M, Lyon E, Spector E, Voelkerding K, Rehm HL; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015 May;17(5):405-24. doi: 10.1038/gim.2015.30. Epub 2015 Mar 5.
- Van der Auwera GA, Carneiro MO, Hartl C, Poplin R, Del Angel G, Levy-Moonshine A, Jordan T, Shakir K, Roazen D, Thibault J, Banks E, Garimella KV, Altshuler D, Gabriel S, DePristo MA. From FastQ data to high confidence variant calls: the Genome Analysis Toolkit best practices pipeline. Curr Protoc Bioinformatics. 2013;43(1110):11.10.1-11.10.33. doi: 10.1002/0471250953.bi1110s43.
- Vissers LE, Gilissen C, Veltman JA. Genetic studies in intellectual disability and related disorders. Nat Rev Genet. 2016 Jan;17(1):9-18. doi: 10.1038/nrg3999. Epub 2015 Oct 27.
- Zlotogora J, Shalev SA. The consequences of consanguinity on the rates of malformations and major medical conditions at birth and in early childhood in inbred populations. Am J Med Genet A. 2010 Aug;152A(8):2023-8. doi: 10.1002/ajmg.a.33537.
- Cunniff C, Carmack JL, Kirby RS, Fiser DH. Contribution of heritable disorders to mortality in the pediatric intensive care unit. Pediatrics. 1995 May;95(5):678-81.
- FitzPatrick DR, Skeoch CH, Tolmie JL. Genetic aspects of admissions to a paediatric intensive care unit. Arch Dis Child. 1991 May;66(5):639-41. doi: 10.1136/adc.66.5.639.
- Gilissen C, Hoischen A, Brunner HG, Veltman JA. Unlocking Mendelian disease using exome sequencing. Genome Biol. 2011 Sep 14;12(9):228. doi: 10.1186/gb-2011-12-9-228.
- Hildreth A, Wigby K, Chowdhury S, Nahas S, Barea J, Ordonez P, Batalov S, Dimmock D, Kingsmore S; RCIGM Investigators. Rapid whole-genome sequencing identifies a novel homozygous NPC1 variant associated with Niemann-Pick type C1 disease in a 7-week-old male with cholestasis. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2017 Sep 1;3(5):a001966. doi: 10.1101/mcs.a001966. Print 2017 Sep.
- Kingsmore SF, Petrikin J, Willig LK, Guest E. Emergency medical genomes: a breakthrough application of precision medicine. Genome Med. 2015 Jul 30;7(1):82. doi: 10.1186/s13073-015-0201-z. eCollection 2015.
- Lalani SR. Current Genetic Testing Tools in Neonatal Medicine. Pediatr Neonatol. 2017 Apr;58(2):111-121. doi: 10.1016/j.pedneo.2016.07.002. Epub 2016 Sep 28.
- Lee H, Deignan JL, Dorrani N, Strom SP, Kantarci S, Quintero-Rivera F, Das K, Toy T, Harry B, Yourshaw M, Fox M, Fogel BL, Martinez-Agosto JA, Wong DA, Chang VY, Shieh PB, Palmer CG, Dipple KM, Grody WW, Vilain E, Nelson SF. Clinical exome sequencing for genetic identification of rare Mendelian disorders. JAMA. 2014 Nov 12;312(18):1880-7. doi: 10.1001/jama.2014.14604.
- Petrikin JE, Willig LK, Smith LD, Kingsmore SF. Rapid whole genome sequencing and precision neonatology. Semin Perinatol. 2015 Dec;39(8):623-31. doi: 10.1053/j.semperi.2015.09.009. Epub 2015 Oct 29.
- Reardon S. Fast genetic sequencing saves newborn lives. Nature. 2014 Oct 2;514(7520):13-4. doi: 10.1038/514013a. No abstract available.
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- Smith LD, Willig LK, Kingsmore SF. Whole-Exome Sequencing and Whole-Genome Sequencing in Critically Ill Neonates Suspected to Have Single-Gene Disorders. Cold Spring Harb Perspect Med. 2015 Dec 18;6(2):a023168. doi: 10.1101/cshperspect.a023168.
- Soden SE, Saunders CJ, Willig LK, Farrow EG, Smith LD, Petrikin JE, LePichon JB, Miller NA, Thiffault I, Dinwiddie DL, Twist G, Noll A, Heese BA, Zellmer L, Atherton AM, Abdelmoity AT, Safina N, Nyp SS, Zuccarelli B, Larson IA, Modrcin A, Herd S, Creed M, Ye Z, Yuan X, Brodsky RA, Kingsmore SF. Effectiveness of exome and genome sequencing guided by acuity of illness for diagnosis of neurodevelopmental disorders. Sci Transl Med. 2014 Dec 3;6(265):265ra168. doi: 10.1126/scitranslmed.3010076.
- Thevenon J, Duffourd Y, Masurel-Paulet A, Lefebvre M, Feillet F, El Chehadeh-Djebbar S, St-Onge J, Steinmetz A, Huet F, Chouchane M, Darmency-Stamboul V, Callier P, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Riviere JB. Diagnostic odyssey in severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clin Genet. 2016 Jun;89(6):700-7. doi: 10.1111/cge.12732. Epub 2016 Apr 26.
- Willig LK, Petrikin JE, Smith LD, Saunders CJ, Thiffault I, Miller NA, Soden SE, Cakici JA, Herd SM, Twist G, Noll A, Creed M, Alba PM, Carpenter SL, Clements MA, Fischer RT, Hays JA, Kilbride H, McDonough RJ, Rosterman JL, Tsai SL, Zellmer L, Farrow EG, Kingsmore SF. Whole-genome sequencing for identification of Mendelian disorders in critically ill infants: a retrospective analysis of diagnostic and clinical findings. Lancet Respir Med. 2015 May;3(5):377-87. doi: 10.1016/S2213-2600(15)00139-3. Epub 2015 Apr 27.
- Yang Y, Muzny DM, Reid JG, Bainbridge MN, Willis A, Ward PA, Braxton A, Beuten J, Xia F, Niu Z, Hardison M, Person R, Bekheirnia MR, Leduc MS, Kirby A, Pham P, Scull J, Wang M, Ding Y, Plon SE, Lupski JR, Beaudet AL, Gibbs RA, Eng CM. Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med. 2013 Oct 17;369(16):1502-11. doi: 10.1056/NEJMoa1306555. Epub 2013 Oct 2.
Studierekorddatoer
Disse datoene sporer fremdriften for innsending av studieposter og sammendragsresultater til ClinicalTrials.gov. Studieposter og rapporterte resultater gjennomgås av National Library of Medicine (NLM) for å sikre at de oppfyller spesifikke kvalitetskontrollstandarder før de legges ut på det offentlige nettstedet.
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
8. april 2019
Primær fullføring (Faktiske)
8. juni 2022
Studiet fullført (Faktiske)
8. juni 2022
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
18. januar 2019
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
4. februar 2019
Først lagt ut (Faktiske)
5. februar 2019
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)
28. november 2023
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
27. november 2023
Sist bekreftet
1. november 2023
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
- RECHMPL17_0387
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Nei
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Nei
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .