Szybki Exome do diagnostyki wad wrodzonych u niemowląt do 12. miesiąca życia hospitalizowanych na oddziale intensywnej terapii (REUNIR)
27 listopada 2023 zaktualizowane przez: University Hospital, Montpellier
Wczesna diagnoza wrodzonych wad rozwojowych i podejrzeń chorób genetycznych u noworodków w stanie krytycznym jest niezbędna do zapewnienia odpowiednio dostosowanej opieki, profilaktyki i udzielenia odpowiedniego poradnictwa genetycznego. Jednak etiologie są różne i każda z nich występuje indywidualnie bardzo rzadko. Dzięki technologiom sekwencjonowania nowej generacji ramy czasowe diagnozy drastycznie się skróciły, a badacze zaobserwowali wzrost wydajności diagnozy.
Niniejsze badanie ma na celu ocenę wykonalności szybkiego sekwencjonowania trio egzomu (mniej niż 16 dni między podpisaniem świadomej zgody a konsultacją wyników z rodzicami) u niemowląt w wieku poniżej 12 miesięcy hospitalizowanych na Oddziale Intensywnej Terapii (OIOM).
Przegląd badań
Status
Zakończony
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
To prospektywne badanie jest pierwszym francuskim badaniem mającym na celu ocenę wykonalności szybkiego sekwencjonowania trio eksomu (mniej niż 16 dni między podpisaniem świadomej zgody a konsultacją w celu przedstawienia wyników rodzicom) u 15 niemowląt w wieku poniżej 12 miesięcy hospitalizowanych na oddziale intensywnej terapii Jednostka. Zakwalifikowani pacjenci będą mieli rok badań kontrolnych.
Głównym kryterium oceny jest wydajność wyników eksomu przekazanych rodzinie przed upływem 16 dni. Kryteriami drugorzędowymi oceny są 1/ czas trwania każdego etapu do uzyskania wyników 2/ uzyskanie rozpoznania: identyfikacja etiologii 3/ dostosowanie opieki medycznej, na jakie pozwala rozpoznanie egzomu 4/ ilość krwi niezbędna do ustalenia rozpoznania 5/ czas pobytu w szpitalu oraz liczba konsultacji lekarskich w roku następującym po włączeniu.
Sekwencjonowanie egzomu zostanie przeprowadzone poza zwykle zalecaną analizą klasyczną. Opieka medyczna nie zostanie zmodyfikowana do czasu otrzymania wyników badań exome. Po podpisaniu świadomej zgody próbki krwi niemowlęcia i obojga rodziców zostaną wykorzystane do sekwencjonowania trio eksomu, które obejmuje 3 etapy: etap analityczny (ekstrakcja DNA z próbki krwi i sekwencjonowanie wysokowydajne), etap bioinformatyczny i etap interpretacji .
Badanie obejmuje cztery konsultacje lekarskie:
1/konsultacja z genetykiem w celu włączenia, 2/konsultacja z genetykiem w celu uzyskania wyników eksomu, 3/konsultacja po 3 miesiącach od wyników w celu potwierdzenia wyniku egzomu, 4/konsultacja po roku od włączenia do obserwacja medyczna.
Typ studiów
Obserwacyjny
Zapisy (Rzeczywisty)
45
Kontakty i lokalizacje
Ta sekcja zawiera dane kontaktowe osób prowadzących badanie oraz informacje o tym, gdzie badanie jest przeprowadzane.
Lokalizacje studiów
-
-
Hérault
-
Montpellier, Hérault, Francja, 34295
- Medical genetics Arnaud de Villeneuve
-
-
Kryteria uczestnictwa
Badacze szukają osób, które pasują do określonego opisu, zwanego kryteriami kwalifikacyjnymi. Niektóre przykłady tych kryteriów to ogólny stan zdrowia danej osoby lub wcześniejsze leczenie.
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
3 lata do 2 lata (Dziecko)
Akceptuje zdrowych ochotników
Tak
Metoda próbkowania
Próbka bez prawdopodobieństwa
Badana populacja
Badanie to obejmuje 15 pacjentów i oboje rodziców.
Pacjenci w wieku 12 miesięcy lub mniej, hospitalizowani na OIT z licznymi wrodzonymi wadami rozwojowymi i/lub objawami neurologicznymi
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Niemowlę w wieku poniżej 12 miesięcy hospitalizowane na OIT.
- Niemowlę z mnogimi wrodzonymi wadami rozwojowymi lub objawami neurologicznymi, w przypadku których podejrzewa się pochodzenie genetyczne, ale niezdiagnozowano genetycznie.
- Niemowlę, którego oboje rodzice biologiczni wyrazili zgodę na badanie, analizę genetyczną dla siebie i dziecka.
- Niemowlę i rodzice zarejestrowani we francuskiej służbie zdrowia
Kryteria wyłączenia:
- Brak jednej lub obu próbek rodzicielskich.
- Precyzyjna diagnostyka genetyczna przeprowadzona przed lub po urodzeniu za pomocą badań chromosomalnych (tj. Zespół Downa), Sangera (tj. Zanik rdzenia kręgowego u niemowląt), metylacji (tj. Zespół Pradera-Williego) lub amplifikacji trojaczków (tj. Noworodkowa miotonia Steinerta).
- Silne dowody kliniczne na badania z metylacją chromosomalną (tj. Zespół Downa), Sangera (tj. Zanik rdzenia kręgowego u niemowląt) (tj. Zespół Pradera-Williego) lub amplifikacją trypletową (tj. Noworodkowa miotonia Steinerta).
- Brak możliwości wyrażenia zgody przez jednego lub oboje rodziców
Plan studiów
Ta sekcja zawiera szczegółowe informacje na temat planu badania, w tym sposób zaprojektowania badania i jego pomiary.
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Modele obserwacyjne: Kohorta
- Perspektywy czasowe: Spodziewany
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
15 pacjentów i oboje rodziców.
Pacjenci w wieku do 12 miesięcy hospitalizowani na OIOM-ie z mnogimi wadami wrodzonymi i/lub objawami neurologicznymi.
|
Sekwencjonowanie egzomu wymaga kroków analitycznych, bioinformatycznych i interpretacyjnych.
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Wydajność wyników exome przekazanych rodzinie przed 16 dniami
Ramy czasowe: Maksymalnie 16 dni po włączeniu
|
liczba dni między pobraniem próbki a wynikami
|
Maksymalnie 16 dni po włączeniu
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Czas trwania każdego etapu do uzyskania wyników (etap analityczny, krok bioinformatyczny, krok interpretacji).
Ramy czasowe: Maksymalnie 16 dni po włączeniu
|
liczba dni między pobraniem próbki a wynikami
|
Maksymalnie 16 dni po włączeniu
|
|
Wydajność diagnozy: identyfikacja etiologii
Ramy czasowe: 3 miesiące
|
liczba dni między pobraniem próbki a potwierdzeniem diagnozy
|
3 miesiące
|
|
Dostosowanie opieki medycznej na podstawie diagnozy exome
Ramy czasowe: Maksymalnie 16 dni po włączeniu
|
Wszelkie uzupełnienia lub skreślenia badania diagnostycznego, opieki medycznej specyficznej dla zdiagnozowanej patologii lub badania przesiewowego znanego powikłania
|
Maksymalnie 16 dni po włączeniu
|
|
Ilość krwi niezbędna do postawienia diagnozy
Ramy czasowe: Maksymalnie 16 dni po włączeniu
|
objętość krwi niezbędna do postawienia diagnozy
|
Maksymalnie 16 dni po włączeniu
|
|
Ilość krwi niezbędna do postawienia diagnozy
Ramy czasowe: Maksymalnie 16 dni po włączeniu
|
liczbę próbek niezbędnych do postawienia diagnozy
|
Maksymalnie 16 dni po włączeniu
|
|
czas pobytu w szpitalu w roku następującym po włączeniu
Ramy czasowe: rok po włączeniu
|
liczba dni pobytu w szpitalu w roku
|
rok po włączeniu
|
|
liczba konsultacji lekarskich w roku następującym po włączeniu
Ramy czasowe: rok po włączeniu
|
ilość konsultacji lekarskich w ciągu roku
|
rok po włączeniu
|
Współpracownicy i badacze
Tutaj znajdziesz osoby i organizacje zaangażowane w to badanie.
Sponsor
Śledczy
- Główny śledczy: Marjolaine WILLEMS, Medical genetics Arnaud de Villeneuve
Publikacje i pomocne linki
Osoba odpowiedzialna za wprowadzenie informacji o badaniu dobrowolnie udostępnia te publikacje. Mogą one dotyczyć wszystkiego, co jest związane z badaniem.
Publikacje ogólne
- Acikalin A, Bagir EK, Torun G, Ates BT, Erdogan S, Uguz A, Ergin M, Buyukkurt S, Ozgunen FT, Tunali N, Gumurdulu D. Perinatal autopsy evaluation of 2150 autopsies in the Cukurova region of Turkey. Turk Patoloji Derg. 2014;30(3):189-94. doi: 10.5146/tjpath.2014.01266.
- Baird PA, Anderson TW, Newcombe HB, Lowry RB. Genetic disorders in children and young adults: a population study. Am J Hum Genet. 1988 May;42(5):677-93.
- Bonnet D. [Genetics of congenital heart diseases]. Presse Med. 2017 Jun;46(6 Pt 1):612-619. doi: 10.1016/j.lpm.2017.05.014. Epub 2017 Jun 2. French.
- Dhiman V. Molecular Genetics of Epilepsy: A Clinician's Perspective. Ann Indian Acad Neurol. 2017 Apr-Jun;20(2):96-102. doi: 10.4103/aian.AIAN_447_16.
- Grandemange S, Sanchez E, Louis-Plence P, Tran Mau-Them F, Bessis D, Coubes C, Frouin E, Seyger M, Girard M, Puechberty J, Costes V, Rodiere M, Carbasse A, Jeziorski E, Portales P, Sarrabay G, Mondain M, Jorgensen C, Apparailly F, Hoppenreijs E, Touitou I, Genevieve D. A new autoinflammatory and autoimmune syndrome associated with NLRP1 mutations: NAIAD (NLRP1-associated autoinflammation with arthritis and dyskeratosis). Ann Rheum Dis. 2017 Jul;76(7):1191-1198. doi: 10.1136/annrheumdis-2016-210021. Epub 2016 Dec 13.
- Hack M, Taylor HG, Drotar D, Schluchter M, Cartar L, Andreias L, Wilson-Costello D, Klein N. Chronic conditions, functional limitations, and special health care needs of school-aged children born with extremely low-birth-weight in the 1990s. JAMA. 2005 Jul 20;294(3):318-25. doi: 10.1001/jama.294.3.318.
- McCandless SE, Brunger JW, Cassidy SB. The burden of genetic disease on inpatient care in a children's hospital. Am J Hum Genet. 2004 Jan;74(1):121-7. doi: 10.1086/381053. Epub 2003 Dec 12. Erratum In: Am J Hum Genet. 2004 Apr;74(4):788.
- Musante L, Ropers HH. Genetics of recessive cognitive disorders. Trends Genet. 2014 Jan;30(1):32-9. doi: 10.1016/j.tig.2013.09.008. Epub 2013 Oct 28.
- Pabinger S, Dander A, Fischer M, Snajder R, Sperk M, Efremova M, Krabichler B, Speicher MR, Zschocke J, Trajanoski Z. A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data. Brief Bioinform. 2014 Mar;15(2):256-78. doi: 10.1093/bib/bbs086. Epub 2013 Jan 21.
- Packer JS, Maxwell EK, O'Dushlaine C, Lopez AE, Dewey FE, Chernomorsky R, Baras A, Overton JD, Habegger L, Reid JG. CLAMMS: a scalable algorithm for calling common and rare copy number variants from exome sequencing data. Bioinformatics. 2016 Jan 1;32(1):133-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btv547. Epub 2015 Sep 17.
- Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, Grody WW, Hegde M, Lyon E, Spector E, Voelkerding K, Rehm HL; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015 May;17(5):405-24. doi: 10.1038/gim.2015.30. Epub 2015 Mar 5.
- Van der Auwera GA, Carneiro MO, Hartl C, Poplin R, Del Angel G, Levy-Moonshine A, Jordan T, Shakir K, Roazen D, Thibault J, Banks E, Garimella KV, Altshuler D, Gabriel S, DePristo MA. From FastQ data to high confidence variant calls: the Genome Analysis Toolkit best practices pipeline. Curr Protoc Bioinformatics. 2013;43(1110):11.10.1-11.10.33. doi: 10.1002/0471250953.bi1110s43.
- Vissers LE, Gilissen C, Veltman JA. Genetic studies in intellectual disability and related disorders. Nat Rev Genet. 2016 Jan;17(1):9-18. doi: 10.1038/nrg3999. Epub 2015 Oct 27.
- Zlotogora J, Shalev SA. The consequences of consanguinity on the rates of malformations and major medical conditions at birth and in early childhood in inbred populations. Am J Med Genet A. 2010 Aug;152A(8):2023-8. doi: 10.1002/ajmg.a.33537.
- Cunniff C, Carmack JL, Kirby RS, Fiser DH. Contribution of heritable disorders to mortality in the pediatric intensive care unit. Pediatrics. 1995 May;95(5):678-81.
- FitzPatrick DR, Skeoch CH, Tolmie JL. Genetic aspects of admissions to a paediatric intensive care unit. Arch Dis Child. 1991 May;66(5):639-41. doi: 10.1136/adc.66.5.639.
- Gilissen C, Hoischen A, Brunner HG, Veltman JA. Unlocking Mendelian disease using exome sequencing. Genome Biol. 2011 Sep 14;12(9):228. doi: 10.1186/gb-2011-12-9-228.
- Hildreth A, Wigby K, Chowdhury S, Nahas S, Barea J, Ordonez P, Batalov S, Dimmock D, Kingsmore S; RCIGM Investigators. Rapid whole-genome sequencing identifies a novel homozygous NPC1 variant associated with Niemann-Pick type C1 disease in a 7-week-old male with cholestasis. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2017 Sep 1;3(5):a001966. doi: 10.1101/mcs.a001966. Print 2017 Sep.
- Kingsmore SF, Petrikin J, Willig LK, Guest E. Emergency medical genomes: a breakthrough application of precision medicine. Genome Med. 2015 Jul 30;7(1):82. doi: 10.1186/s13073-015-0201-z. eCollection 2015.
- Lalani SR. Current Genetic Testing Tools in Neonatal Medicine. Pediatr Neonatol. 2017 Apr;58(2):111-121. doi: 10.1016/j.pedneo.2016.07.002. Epub 2016 Sep 28.
- Lee H, Deignan JL, Dorrani N, Strom SP, Kantarci S, Quintero-Rivera F, Das K, Toy T, Harry B, Yourshaw M, Fox M, Fogel BL, Martinez-Agosto JA, Wong DA, Chang VY, Shieh PB, Palmer CG, Dipple KM, Grody WW, Vilain E, Nelson SF. Clinical exome sequencing for genetic identification of rare Mendelian disorders. JAMA. 2014 Nov 12;312(18):1880-7. doi: 10.1001/jama.2014.14604.
- Petrikin JE, Willig LK, Smith LD, Kingsmore SF. Rapid whole genome sequencing and precision neonatology. Semin Perinatol. 2015 Dec;39(8):623-31. doi: 10.1053/j.semperi.2015.09.009. Epub 2015 Oct 29.
- Reardon S. Fast genetic sequencing saves newborn lives. Nature. 2014 Oct 2;514(7520):13-4. doi: 10.1038/514013a. No abstract available.
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- Smith LD, Willig LK, Kingsmore SF. Whole-Exome Sequencing and Whole-Genome Sequencing in Critically Ill Neonates Suspected to Have Single-Gene Disorders. Cold Spring Harb Perspect Med. 2015 Dec 18;6(2):a023168. doi: 10.1101/cshperspect.a023168.
- Soden SE, Saunders CJ, Willig LK, Farrow EG, Smith LD, Petrikin JE, LePichon JB, Miller NA, Thiffault I, Dinwiddie DL, Twist G, Noll A, Heese BA, Zellmer L, Atherton AM, Abdelmoity AT, Safina N, Nyp SS, Zuccarelli B, Larson IA, Modrcin A, Herd S, Creed M, Ye Z, Yuan X, Brodsky RA, Kingsmore SF. Effectiveness of exome and genome sequencing guided by acuity of illness for diagnosis of neurodevelopmental disorders. Sci Transl Med. 2014 Dec 3;6(265):265ra168. doi: 10.1126/scitranslmed.3010076.
- Thevenon J, Duffourd Y, Masurel-Paulet A, Lefebvre M, Feillet F, El Chehadeh-Djebbar S, St-Onge J, Steinmetz A, Huet F, Chouchane M, Darmency-Stamboul V, Callier P, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Riviere JB. Diagnostic odyssey in severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clin Genet. 2016 Jun;89(6):700-7. doi: 10.1111/cge.12732. Epub 2016 Apr 26.
- Willig LK, Petrikin JE, Smith LD, Saunders CJ, Thiffault I, Miller NA, Soden SE, Cakici JA, Herd SM, Twist G, Noll A, Creed M, Alba PM, Carpenter SL, Clements MA, Fischer RT, Hays JA, Kilbride H, McDonough RJ, Rosterman JL, Tsai SL, Zellmer L, Farrow EG, Kingsmore SF. Whole-genome sequencing for identification of Mendelian disorders in critically ill infants: a retrospective analysis of diagnostic and clinical findings. Lancet Respir Med. 2015 May;3(5):377-87. doi: 10.1016/S2213-2600(15)00139-3. Epub 2015 Apr 27.
- Yang Y, Muzny DM, Reid JG, Bainbridge MN, Willis A, Ward PA, Braxton A, Beuten J, Xia F, Niu Z, Hardison M, Person R, Bekheirnia MR, Leduc MS, Kirby A, Pham P, Scull J, Wang M, Ding Y, Plon SE, Lupski JR, Beaudet AL, Gibbs RA, Eng CM. Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med. 2013 Oct 17;369(16):1502-11. doi: 10.1056/NEJMoa1306555. Epub 2013 Oct 2.
Daty zapisu na studia
Daty te śledzą postęp w przesyłaniu rekordów badań i podsumowań wyników do ClinicalTrials.gov. Zapisy badań i zgłoszone wyniki są przeglądane przez National Library of Medicine (NLM), aby upewnić się, że spełniają określone standardy kontroli jakości, zanim zostaną opublikowane na publicznej stronie internetowej.
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
8 kwietnia 2019
Zakończenie podstawowe (Rzeczywisty)
8 czerwca 2022
Ukończenie studiów (Rzeczywisty)
8 czerwca 2022
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
18 stycznia 2019
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
4 lutego 2019
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
5 lutego 2019
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
28 listopada 2023
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
27 listopada 2023
Ostatnia weryfikacja
1 listopada 2023
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- RECHMPL17_0387
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Nie
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Nie
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .