- ICH GCP
- Amerikanska kliniska prövningsregistret
- Klinisk prövning NCT03831035
Snabb exom för diagnos av medfödda tillstånd hos spädbarn under 12 månader inlagda på intensivvårdsavdelning (REUNIR)
En tidig diagnos av medfödda missbildningar och misstänkta genetiska tillstånd hos kritiskt sjuka spädbarn är avgörande för att kunna utföra specifik anpassad vård, förebyggande och ge korrekt genetisk rådgivning. Etiologierna är dock olika och var och en av dem är individuellt mycket sällsynta. Tack vare nästa generations sekvenseringsteknologier har tidsramarna för diagnos drastiskt minskat och utredarna har observerat en ökning av diagnosutbytet.
Denna studie syftar till att utvärdera genomförbarheten av snabb trio-exomsekvensering (mindre än 16 dagar mellan undertecknandet av informerat samtycke och konsultationen för resultat till föräldrarna) hos spädbarn under 12 månader inlagda på intensivvårdsavdelning (ICU).
Studieöversikt
Status
Betingelser
Intervention / Behandling
Detaljerad beskrivning
Denna prospektiva studie är den första franska studien som syftar till att utvärdera genomförbarheten av snabb trio exome-sekvensering (mindre än 16 dagar mellan undertecknandet av informerat samtycke och konsultation för resultatpresentation för föräldrarna) hos 15 spädbarn under 12 månaders ålder inlagda på intensivvården Enhet. Inkluderade patienter kommer att ha ett års uppföljningsundersökning.
Det huvudsakliga utvärderingskriteriet är utbytet av exomresultat som ges till familjen före 16 dagar. De sekundära utvärderingskriterierna är 1/ varaktighet av varje steg tills resultatet 2/ diagnos ger : identifiering av etiologi 3/ justering av medicinsk vård som tillåts av exomdiagnosen 4/mängd blod som krävs för att uppnå diagnos 5/ varaktighet av sjukhusvistelse och antal medicinska konsultationer under året efter inkluderingen.
Exome-sekvensering kommer att utföras ovanpå klassisk analys som vanligtvis föreskrivs. Sjukvården kommer inte att ändras förrän exome resultat mottagning. Efter undertecknandet av informerat samtycke kommer blodprover från spädbarnet och båda föräldrarna att användas för trio exome-sekvensering, som inkluderar 3 steg: det analytiska steget (blodprovs-DNA-extraktion och high-throughput-sekvensering), det bioinformatiska steget och tolkningssteget .
Studien omfattar fyra medicinska konsultationer:
1/samråd med en genetiker för inkludering, 2/samråd med en genetiker för att ge exomresultatet, 3/ konsultation vid 3 månader efter resultatet för sanger-bekräftelse av exomeresultatet, 4/ konsultation ett år efter införandet för medicinsk uppföljning.
Studietyp
Inskrivning (Faktisk)
Kontakter och platser
Studieorter
-
-
Hérault
-
Montpellier, Hérault, Frankrike, 34295
- Medical genetics Arnaud de Villeneuve
-
-
Deltagandekriterier
Urvalskriterier
Åldrar som är berättigade till studier
Tar emot friska volontärer
Testmetod
Studera befolkning
Beskrivning
Inklusionskriterier:
- Spädbarn under 12 månader, inlagt på ICU.
- Spädbarn med flera medfödda missbildningar eller neurologiska symtom för vilka man misstänker ett genetiskt ursprung men genetiskt odiagnostiserat.
- Spädbarn för vilket båda biologiska föräldrar har gett samtycke till studien, genetisk analys för sig själva och deras barn.
- Spädbarn och föräldrar registrerade i den franska nationella hälsovården
Exklusions kriterier:
- Frånvaro av ett eller båda föräldrarnas prov.
- Exakt genetisk diagnos ställd pre- eller postnatalt med kromosomala (dvs. Downs syndrom), Sanger (dvs. infantil spinal amyotrofi) metylering (dvs.: Prader-Willis syndrom) eller triplettförstärkning (dvs. neonatal Steinert myotoni).
- Starka kliniska bevis för studier med kromosomal (dvs: Downs syndrom), Sanger (dvs: infantil spinal amyotrofi) metylering (dvs: Prader-Willi syndrom) eller triplettförstärkning (dvs: neonatal Steinert myotoni).
- Omöjlighet för en eller båda föräldrarna att ge sitt samtycke
Studieplan
Hur är studien utformad?
Designdetaljer
- Observationsmodeller: Kohort
- Tidsperspektiv: Blivande
Kohorter och interventioner
Grupp / Kohort |
Intervention / Behandling |
|---|---|
|
15 patienter och båda föräldrarna.
Patienterna är 12 månader eller yngre inlagda på ICU och lider av flera medfödda missbildningar och/eller neurologiska symtom.
|
Exome-sekvensering kräver analytiska, bioinformatiska och tolkningssteg.
|
Vad mäter studien?
Primära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Utbyte av exomresultat som ges till familjen före 16 dagar
Tidsram: Maximalt 16 dagar efter införandet
|
antal dagar mellan provtagning och resultat
|
Maximalt 16 dagar efter införandet
|
Sekundära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Varaktighet för varje steg fram till resultatet (det analytiska steget, det bioinformatiska steget, tolkningssteget).
Tidsram: Maximalt 16 dagar efter införandet
|
antal dagar mellan provtagning och resultat
|
Maximalt 16 dagar efter införandet
|
|
Diagnosutbyte: identifiering av etiologin
Tidsram: 3 månader
|
antal dagar mellan provtagning och diagnostisk bekräftelse
|
3 månader
|
|
Justering av medicinsk vård tillåts av exomediagnosen
Tidsram: Maximalt 16 dagar efter införandet
|
Eventuella tillägg eller raderingar av en diagnostisk undersökning, medicinsk vård specifik för den diagnostiserade patologin eller screening av en känd komplikation
|
Maximalt 16 dagar efter införandet
|
|
Mängd blod som krävs för att få diagnos
Tidsram: Maximalt 16 dagar efter införandet
|
blodvolym som krävs för att få diagnos
|
Maximalt 16 dagar efter införandet
|
|
Mängd blod som krävs för att få diagnos
Tidsram: Maximalt 16 dagar efter införandet
|
antal prover som krävs för att få diagnos
|
Maximalt 16 dagar efter införandet
|
|
sjukhusvistelsens varaktighet året efter inkluderingen
Tidsram: ett år efter införandet
|
antal sjukhusvistelsedagar under året
|
ett år efter införandet
|
|
antal medicinska konsultationer under året efter inkluderingen
Tidsram: ett år efter införandet
|
antal medicinska konsultationer under året
|
ett år efter införandet
|
Samarbetspartners och utredare
Sponsor
Utredare
- Huvudutredare: Marjolaine WILLEMS, Medical genetics Arnaud de Villeneuve
Publikationer och användbara länkar
Allmänna publikationer
- Acikalin A, Bagir EK, Torun G, Ates BT, Erdogan S, Uguz A, Ergin M, Buyukkurt S, Ozgunen FT, Tunali N, Gumurdulu D. Perinatal autopsy evaluation of 2150 autopsies in the Cukurova region of Turkey. Turk Patoloji Derg. 2014;30(3):189-94. doi: 10.5146/tjpath.2014.01266.
- Baird PA, Anderson TW, Newcombe HB, Lowry RB. Genetic disorders in children and young adults: a population study. Am J Hum Genet. 1988 May;42(5):677-93.
- Bonnet D. [Genetics of congenital heart diseases]. Presse Med. 2017 Jun;46(6 Pt 1):612-619. doi: 10.1016/j.lpm.2017.05.014. Epub 2017 Jun 2. French.
- Dhiman V. Molecular Genetics of Epilepsy: A Clinician's Perspective. Ann Indian Acad Neurol. 2017 Apr-Jun;20(2):96-102. doi: 10.4103/aian.AIAN_447_16.
- Grandemange S, Sanchez E, Louis-Plence P, Tran Mau-Them F, Bessis D, Coubes C, Frouin E, Seyger M, Girard M, Puechberty J, Costes V, Rodiere M, Carbasse A, Jeziorski E, Portales P, Sarrabay G, Mondain M, Jorgensen C, Apparailly F, Hoppenreijs E, Touitou I, Genevieve D. A new autoinflammatory and autoimmune syndrome associated with NLRP1 mutations: NAIAD (NLRP1-associated autoinflammation with arthritis and dyskeratosis). Ann Rheum Dis. 2017 Jul;76(7):1191-1198. doi: 10.1136/annrheumdis-2016-210021. Epub 2016 Dec 13.
- Hack M, Taylor HG, Drotar D, Schluchter M, Cartar L, Andreias L, Wilson-Costello D, Klein N. Chronic conditions, functional limitations, and special health care needs of school-aged children born with extremely low-birth-weight in the 1990s. JAMA. 2005 Jul 20;294(3):318-25. doi: 10.1001/jama.294.3.318.
- McCandless SE, Brunger JW, Cassidy SB. The burden of genetic disease on inpatient care in a children's hospital. Am J Hum Genet. 2004 Jan;74(1):121-7. doi: 10.1086/381053. Epub 2003 Dec 12. Erratum In: Am J Hum Genet. 2004 Apr;74(4):788.
- Musante L, Ropers HH. Genetics of recessive cognitive disorders. Trends Genet. 2014 Jan;30(1):32-9. doi: 10.1016/j.tig.2013.09.008. Epub 2013 Oct 28.
- Pabinger S, Dander A, Fischer M, Snajder R, Sperk M, Efremova M, Krabichler B, Speicher MR, Zschocke J, Trajanoski Z. A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data. Brief Bioinform. 2014 Mar;15(2):256-78. doi: 10.1093/bib/bbs086. Epub 2013 Jan 21.
- Packer JS, Maxwell EK, O'Dushlaine C, Lopez AE, Dewey FE, Chernomorsky R, Baras A, Overton JD, Habegger L, Reid JG. CLAMMS: a scalable algorithm for calling common and rare copy number variants from exome sequencing data. Bioinformatics. 2016 Jan 1;32(1):133-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btv547. Epub 2015 Sep 17.
- Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, Grody WW, Hegde M, Lyon E, Spector E, Voelkerding K, Rehm HL; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015 May;17(5):405-24. doi: 10.1038/gim.2015.30. Epub 2015 Mar 5.
- Van der Auwera GA, Carneiro MO, Hartl C, Poplin R, Del Angel G, Levy-Moonshine A, Jordan T, Shakir K, Roazen D, Thibault J, Banks E, Garimella KV, Altshuler D, Gabriel S, DePristo MA. From FastQ data to high confidence variant calls: the Genome Analysis Toolkit best practices pipeline. Curr Protoc Bioinformatics. 2013;43(1110):11.10.1-11.10.33. doi: 10.1002/0471250953.bi1110s43.
- Vissers LE, Gilissen C, Veltman JA. Genetic studies in intellectual disability and related disorders. Nat Rev Genet. 2016 Jan;17(1):9-18. doi: 10.1038/nrg3999. Epub 2015 Oct 27.
- Zlotogora J, Shalev SA. The consequences of consanguinity on the rates of malformations and major medical conditions at birth and in early childhood in inbred populations. Am J Med Genet A. 2010 Aug;152A(8):2023-8. doi: 10.1002/ajmg.a.33537.
- Cunniff C, Carmack JL, Kirby RS, Fiser DH. Contribution of heritable disorders to mortality in the pediatric intensive care unit. Pediatrics. 1995 May;95(5):678-81.
- FitzPatrick DR, Skeoch CH, Tolmie JL. Genetic aspects of admissions to a paediatric intensive care unit. Arch Dis Child. 1991 May;66(5):639-41. doi: 10.1136/adc.66.5.639.
- Gilissen C, Hoischen A, Brunner HG, Veltman JA. Unlocking Mendelian disease using exome sequencing. Genome Biol. 2011 Sep 14;12(9):228. doi: 10.1186/gb-2011-12-9-228.
- Hildreth A, Wigby K, Chowdhury S, Nahas S, Barea J, Ordonez P, Batalov S, Dimmock D, Kingsmore S; RCIGM Investigators. Rapid whole-genome sequencing identifies a novel homozygous NPC1 variant associated with Niemann-Pick type C1 disease in a 7-week-old male with cholestasis. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2017 Sep 1;3(5):a001966. doi: 10.1101/mcs.a001966. Print 2017 Sep.
- Kingsmore SF, Petrikin J, Willig LK, Guest E. Emergency medical genomes: a breakthrough application of precision medicine. Genome Med. 2015 Jul 30;7(1):82. doi: 10.1186/s13073-015-0201-z. eCollection 2015.
- Lalani SR. Current Genetic Testing Tools in Neonatal Medicine. Pediatr Neonatol. 2017 Apr;58(2):111-121. doi: 10.1016/j.pedneo.2016.07.002. Epub 2016 Sep 28.
- Lee H, Deignan JL, Dorrani N, Strom SP, Kantarci S, Quintero-Rivera F, Das K, Toy T, Harry B, Yourshaw M, Fox M, Fogel BL, Martinez-Agosto JA, Wong DA, Chang VY, Shieh PB, Palmer CG, Dipple KM, Grody WW, Vilain E, Nelson SF. Clinical exome sequencing for genetic identification of rare Mendelian disorders. JAMA. 2014 Nov 12;312(18):1880-7. doi: 10.1001/jama.2014.14604.
- Petrikin JE, Willig LK, Smith LD, Kingsmore SF. Rapid whole genome sequencing and precision neonatology. Semin Perinatol. 2015 Dec;39(8):623-31. doi: 10.1053/j.semperi.2015.09.009. Epub 2015 Oct 29.
- Reardon S. Fast genetic sequencing saves newborn lives. Nature. 2014 Oct 2;514(7520):13-4. doi: 10.1038/514013a. No abstract available.
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- Smith LD, Willig LK, Kingsmore SF. Whole-Exome Sequencing and Whole-Genome Sequencing in Critically Ill Neonates Suspected to Have Single-Gene Disorders. Cold Spring Harb Perspect Med. 2015 Dec 18;6(2):a023168. doi: 10.1101/cshperspect.a023168.
- Soden SE, Saunders CJ, Willig LK, Farrow EG, Smith LD, Petrikin JE, LePichon JB, Miller NA, Thiffault I, Dinwiddie DL, Twist G, Noll A, Heese BA, Zellmer L, Atherton AM, Abdelmoity AT, Safina N, Nyp SS, Zuccarelli B, Larson IA, Modrcin A, Herd S, Creed M, Ye Z, Yuan X, Brodsky RA, Kingsmore SF. Effectiveness of exome and genome sequencing guided by acuity of illness for diagnosis of neurodevelopmental disorders. Sci Transl Med. 2014 Dec 3;6(265):265ra168. doi: 10.1126/scitranslmed.3010076.
- Thevenon J, Duffourd Y, Masurel-Paulet A, Lefebvre M, Feillet F, El Chehadeh-Djebbar S, St-Onge J, Steinmetz A, Huet F, Chouchane M, Darmency-Stamboul V, Callier P, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Riviere JB. Diagnostic odyssey in severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clin Genet. 2016 Jun;89(6):700-7. doi: 10.1111/cge.12732. Epub 2016 Apr 26.
- Willig LK, Petrikin JE, Smith LD, Saunders CJ, Thiffault I, Miller NA, Soden SE, Cakici JA, Herd SM, Twist G, Noll A, Creed M, Alba PM, Carpenter SL, Clements MA, Fischer RT, Hays JA, Kilbride H, McDonough RJ, Rosterman JL, Tsai SL, Zellmer L, Farrow EG, Kingsmore SF. Whole-genome sequencing for identification of Mendelian disorders in critically ill infants: a retrospective analysis of diagnostic and clinical findings. Lancet Respir Med. 2015 May;3(5):377-87. doi: 10.1016/S2213-2600(15)00139-3. Epub 2015 Apr 27.
- Yang Y, Muzny DM, Reid JG, Bainbridge MN, Willis A, Ward PA, Braxton A, Beuten J, Xia F, Niu Z, Hardison M, Person R, Bekheirnia MR, Leduc MS, Kirby A, Pham P, Scull J, Wang M, Ding Y, Plon SE, Lupski JR, Beaudet AL, Gibbs RA, Eng CM. Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med. 2013 Oct 17;369(16):1502-11. doi: 10.1056/NEJMoa1306555. Epub 2013 Oct 2.
Studieavstämningsdatum
Studera stora datum
Studiestart (Faktisk)
Primärt slutförande (Faktisk)
Avslutad studie (Faktisk)
Studieregistreringsdatum
Först inskickad
Först inskickad som uppfyllde QC-kriterierna
Första postat (Faktisk)
Uppdateringar av studier
Senaste uppdatering publicerad (Faktisk)
Senaste inskickade uppdateringen som uppfyllde QC-kriterierna
Senast verifierad
Mer information
Termer relaterade till denna studie
Ytterligare relevanta MeSH-villkor
Andra studie-ID-nummer
- RECHMPL17_0387
Läkemedels- och apparatinformation, studiedokument
Studerar en amerikansk FDA-reglerad läkemedelsprodukt
Studerar en amerikansk FDA-reglerad produktprodukt
Denna information hämtades direkt från webbplatsen clinicaltrials.gov utan några ändringar. Om du har några önskemål om att ändra, ta bort eller uppdatera dina studieuppgifter, vänligen kontakta register@clinicaltrials.gov. Så snart en ändring har implementerats på clinicaltrials.gov, kommer denna att uppdateras automatiskt även på vår webbplats .