- ICH GCP
- Register voor klinische proeven in de VS.
- Klinische proef NCT03831035
Fast Exome voor diagnose van aangeboren aandoeningen bij baby's jonger dan 12 maanden die in het ziekenhuis zijn opgenomen op de intensive care (REUNIR)
Een vroege diagnose van aangeboren misvormingen en vermoedelijke genetische aandoeningen bij ernstig zieke baby's is essentieel om specifieke aangepaste zorg, preventie en goede erfelijkheidsadvisering uit te voeren. Er zijn echter verschillende etiologieën en elk afzonderlijk is zeer zeldzaam. Dankzij sequencing-technologieën van de volgende generatie zijn de diagnosetermijnen drastisch verkort en hebben de onderzoekers een toename van de diagnose-opbrengsten waargenomen.
Deze studie heeft tot doel de haalbaarheid te evalueren van snelle trio-exome-sequencing (minder dan 16 dagen tussen de handtekening van de geïnformeerde toestemming en het overleg voor resultaten aan de ouders) bij baby's jonger dan 12 maanden die in het ziekenhuis op de Intensive Care (ICU) zijn opgenomen.
Studie Overzicht
Toestand
Conditie
Interventie / Behandeling
Gedetailleerde beschrijving
Deze prospectieve studie is de eerste Franse studie die gericht is op het evalueren van de haalbaarheid van snelle trio-exome-sequencing (minder dan 16 dagen tussen handtekening met geïnformeerde toestemming en raadpleging voor de presentatie van de resultaten aan de ouders) bij 15 baby's jonger dan 12 maanden die in het ziekenhuis zijn opgenomen op de Intensive Care Eenheid. Geïncludeerde patiënten zullen een jaar lang vervolgonderzoek ondergaan.
Het belangrijkste evaluatiecriterium is de opbrengst van exome-resultaten die vóór 16 dagen aan de familie worden gegeven. De secundaire evaluatiecriteria zijn 1/ duur van elke stap tot de resultaten 2/ resultaat van de diagnose: identificatie van de etiologie 3/ aanpassing van de medische zorg toegestaan door de exome-diagnose 4/hoeveelheid bloed die nodig is om de diagnose te stellen 5/ duur van het ziekenhuisverblijf en aantal medische consultaties in het jaar na opname.
Exome-sequencing zal worden uitgevoerd bovenop de klassieke analyse die gewoonlijk wordt voorgeschreven. De medische zorg zal niet worden gewijzigd tot de ontvangst van de uitslag van het exome. Na ondertekening van geïnformeerde toestemming zullen bloedmonsters van het kind en beide ouders worden gebruikt voor trio exome-sequencing, die 3 stappen omvat: de analytische stap (bloedmonster-DNA-extractie en high-throughput sequencing), de bioinformatische stap en de interpretatiestap .
De studie omvat vier medische raadplegingen:
1/overleg met een geneticus voor opname, 2/overleg met een geneticus om de exoomuitslag te geven, 3/overleg 3 maanden na de uitslag voor de sanger-bevestiging van de exoomuitslag, 4/overleg een jaar na de inclusie voor medische opvolging.
Studietype
Inschrijving (Werkelijk)
Contacten en locaties
Studie Locaties
-
-
Hérault
-
Montpellier, Hérault, Frankrijk, 34295
- Medical genetics Arnaud de Villeneuve
-
-
Deelname Criteria
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
Accepteert gezonde vrijwilligers
Bemonsteringsmethode
Studie Bevolking
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Zuigeling jonger dan 12 maanden, opgenomen in het ziekenhuis op de IC.
- Zuigeling met meerdere aangeboren misvormingen of neurologische symptomen waarvan een genetische oorsprong wordt vermoed, maar die genetisch niet is gediagnosticeerd.
- Zuigeling van wie beide biologische ouders toestemming hebben gegeven voor de studie, genetische analyse voor henzelf en hun kind.
- Baby en ouders geregistreerd bij de Franse nationale gezondheidsdienst
Uitsluitingscriteria:
- Afwezigheid van een of beide ouders.
- Nauwkeurige genetische diagnose pre- of postnataal gemaakt met chromosomale (d.w.z. Downsyndroom), Sanger (d.w.z. infantiele spinale amyotrofie) methylatie- (d.w.z. Prader-Willi-syndroom) of triplet-amplificatie (d.w.z. neonatale Steinert-myotonie).
- Sterk klinisch bewijs voor een onderzoek met chromosomale (d.w.z. Downsyndroom), Sanger (d.w.z. infantiele spinale amyotrofie) methylatie- (d.w.z. Prader-Willi-syndroom) of tripletamplificatie- (d.w.z. neonatale Steinert-myotonie).
- Onmogelijkheid voor een of beide ouders om toestemming te geven
Studie plan
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
- Observatiemodellen: Cohort
- Tijdsperspectieven: Prospectief
Cohorten en interventies
Groep / Cohort |
Interventie / Behandeling |
---|---|
15 patiënten en beide ouders.
De patiënten van 12 maanden of jonger zijn opgenomen op de IC en lijden aan meerdere aangeboren misvormingen en/of neurologische symptomen.
|
Exome-sequencing vereist analytische, bio-informatische en interpretatiestappen.
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
---|---|---|
Opbrengst van exome-resultaten die vóór 16 dagen aan de familie zijn gegeven
Tijdsspanne: Maximaal 16 dagen na opname
|
aantal dagen tussen het verzamelen van het monster en de resultaten
|
Maximaal 16 dagen na opname
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
---|---|---|
Duur van elke stap tot de resultaten (de analytische stap, de bioinformatische stap, de interpretatiestap).
Tijdsspanne: Maximaal 16 dagen na opname
|
aantal dagen tussen het verzamelen van het monster en de resultaten
|
Maximaal 16 dagen na opname
|
Diagnose opbrengst: identificatie van de etiologie
Tijdsspanne: 3 maanden
|
aantal dagen tussen het verzamelen van het monster en de diagnostische bevestiging
|
3 maanden
|
Aanpassing van medische zorg toegestaan door de exome-diagnose
Tijdsspanne: Maximaal 16 dagen na opname
|
Eventuele toevoegingen of weglatingen van een diagnostisch onderzoek, medische zorg die specifiek is voor de gediagnosticeerde pathologie of screening van een bekende complicatie
|
Maximaal 16 dagen na opname
|
Hoeveelheid bloed die nodig is om de diagnose te stellen
Tijdsspanne: Maximaal 16 dagen na opname
|
bloedvolume dat nodig is om de diagnose te stellen
|
Maximaal 16 dagen na opname
|
Hoeveelheid bloed die nodig is om de diagnose te stellen
Tijdsspanne: Maximaal 16 dagen na opname
|
aantal monsters dat nodig is om de diagnose te stellen
|
Maximaal 16 dagen na opname
|
duur van het ziekenhuisverblijf in het jaar na opname
Tijdsspanne: een jaar na opname
|
aantal dagen ziekenhuisopname in het jaar
|
een jaar na opname
|
aantal medische consultaties in het jaar na opname
Tijdsspanne: een jaar na opname
|
aantal medische consultaties in het jaar
|
een jaar na opname
|
Medewerkers en onderzoekers
Sponsor
Onderzoekers
- Hoofdonderzoeker: Marjolaine WILLEMS, Medical genetics Arnaud de Villeneuve
Publicaties en nuttige links
Algemene publicaties
- Acikalin A, Bagir EK, Torun G, Ates BT, Erdogan S, Uguz A, Ergin M, Buyukkurt S, Ozgunen FT, Tunali N, Gumurdulu D. Perinatal autopsy evaluation of 2150 autopsies in the Cukurova region of Turkey. Turk Patoloji Derg. 2014;30(3):189-94. doi: 10.5146/tjpath.2014.01266.
- Baird PA, Anderson TW, Newcombe HB, Lowry RB. Genetic disorders in children and young adults: a population study. Am J Hum Genet. 1988 May;42(5):677-93.
- Bonnet D. [Genetics of congenital heart diseases]. Presse Med. 2017 Jun;46(6 Pt 1):612-619. doi: 10.1016/j.lpm.2017.05.014. Epub 2017 Jun 2. French.
- Dhiman V. Molecular Genetics of Epilepsy: A Clinician's Perspective. Ann Indian Acad Neurol. 2017 Apr-Jun;20(2):96-102. doi: 10.4103/aian.AIAN_447_16.
- Grandemange S, Sanchez E, Louis-Plence P, Tran Mau-Them F, Bessis D, Coubes C, Frouin E, Seyger M, Girard M, Puechberty J, Costes V, Rodiere M, Carbasse A, Jeziorski E, Portales P, Sarrabay G, Mondain M, Jorgensen C, Apparailly F, Hoppenreijs E, Touitou I, Genevieve D. A new autoinflammatory and autoimmune syndrome associated with NLRP1 mutations: NAIAD (NLRP1-associated autoinflammation with arthritis and dyskeratosis). Ann Rheum Dis. 2017 Jul;76(7):1191-1198. doi: 10.1136/annrheumdis-2016-210021. Epub 2016 Dec 13.
- Hack M, Taylor HG, Drotar D, Schluchter M, Cartar L, Andreias L, Wilson-Costello D, Klein N. Chronic conditions, functional limitations, and special health care needs of school-aged children born with extremely low-birth-weight in the 1990s. JAMA. 2005 Jul 20;294(3):318-25. doi: 10.1001/jama.294.3.318.
- McCandless SE, Brunger JW, Cassidy SB. The burden of genetic disease on inpatient care in a children's hospital. Am J Hum Genet. 2004 Jan;74(1):121-7. doi: 10.1086/381053. Epub 2003 Dec 12. Erratum In: Am J Hum Genet. 2004 Apr;74(4):788.
- Musante L, Ropers HH. Genetics of recessive cognitive disorders. Trends Genet. 2014 Jan;30(1):32-9. doi: 10.1016/j.tig.2013.09.008. Epub 2013 Oct 28.
- Pabinger S, Dander A, Fischer M, Snajder R, Sperk M, Efremova M, Krabichler B, Speicher MR, Zschocke J, Trajanoski Z. A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data. Brief Bioinform. 2014 Mar;15(2):256-78. doi: 10.1093/bib/bbs086. Epub 2013 Jan 21.
- Packer JS, Maxwell EK, O'Dushlaine C, Lopez AE, Dewey FE, Chernomorsky R, Baras A, Overton JD, Habegger L, Reid JG. CLAMMS: a scalable algorithm for calling common and rare copy number variants from exome sequencing data. Bioinformatics. 2016 Jan 1;32(1):133-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btv547. Epub 2015 Sep 17.
- Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, Grody WW, Hegde M, Lyon E, Spector E, Voelkerding K, Rehm HL; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015 May;17(5):405-24. doi: 10.1038/gim.2015.30. Epub 2015 Mar 5.
- Van der Auwera GA, Carneiro MO, Hartl C, Poplin R, Del Angel G, Levy-Moonshine A, Jordan T, Shakir K, Roazen D, Thibault J, Banks E, Garimella KV, Altshuler D, Gabriel S, DePristo MA. From FastQ data to high confidence variant calls: the Genome Analysis Toolkit best practices pipeline. Curr Protoc Bioinformatics. 2013;43(1110):11.10.1-11.10.33. doi: 10.1002/0471250953.bi1110s43.
- Vissers LE, Gilissen C, Veltman JA. Genetic studies in intellectual disability and related disorders. Nat Rev Genet. 2016 Jan;17(1):9-18. doi: 10.1038/nrg3999. Epub 2015 Oct 27.
- Zlotogora J, Shalev SA. The consequences of consanguinity on the rates of malformations and major medical conditions at birth and in early childhood in inbred populations. Am J Med Genet A. 2010 Aug;152A(8):2023-8. doi: 10.1002/ajmg.a.33537.
- Cunniff C, Carmack JL, Kirby RS, Fiser DH. Contribution of heritable disorders to mortality in the pediatric intensive care unit. Pediatrics. 1995 May;95(5):678-81.
- FitzPatrick DR, Skeoch CH, Tolmie JL. Genetic aspects of admissions to a paediatric intensive care unit. Arch Dis Child. 1991 May;66(5):639-41. doi: 10.1136/adc.66.5.639.
- Gilissen C, Hoischen A, Brunner HG, Veltman JA. Unlocking Mendelian disease using exome sequencing. Genome Biol. 2011 Sep 14;12(9):228. doi: 10.1186/gb-2011-12-9-228.
- Hildreth A, Wigby K, Chowdhury S, Nahas S, Barea J, Ordonez P, Batalov S, Dimmock D, Kingsmore S; RCIGM Investigators. Rapid whole-genome sequencing identifies a novel homozygous NPC1 variant associated with Niemann-Pick type C1 disease in a 7-week-old male with cholestasis. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2017 Sep 1;3(5):a001966. doi: 10.1101/mcs.a001966. Print 2017 Sep.
- Kingsmore SF, Petrikin J, Willig LK, Guest E. Emergency medical genomes: a breakthrough application of precision medicine. Genome Med. 2015 Jul 30;7(1):82. doi: 10.1186/s13073-015-0201-z. eCollection 2015.
- Lalani SR. Current Genetic Testing Tools in Neonatal Medicine. Pediatr Neonatol. 2017 Apr;58(2):111-121. doi: 10.1016/j.pedneo.2016.07.002. Epub 2016 Sep 28.
- Lee H, Deignan JL, Dorrani N, Strom SP, Kantarci S, Quintero-Rivera F, Das K, Toy T, Harry B, Yourshaw M, Fox M, Fogel BL, Martinez-Agosto JA, Wong DA, Chang VY, Shieh PB, Palmer CG, Dipple KM, Grody WW, Vilain E, Nelson SF. Clinical exome sequencing for genetic identification of rare Mendelian disorders. JAMA. 2014 Nov 12;312(18):1880-7. doi: 10.1001/jama.2014.14604.
- Petrikin JE, Willig LK, Smith LD, Kingsmore SF. Rapid whole genome sequencing and precision neonatology. Semin Perinatol. 2015 Dec;39(8):623-31. doi: 10.1053/j.semperi.2015.09.009. Epub 2015 Oct 29.
- Reardon S. Fast genetic sequencing saves newborn lives. Nature. 2014 Oct 2;514(7520):13-4. doi: 10.1038/514013a. No abstract available.
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- Smith LD, Willig LK, Kingsmore SF. Whole-Exome Sequencing and Whole-Genome Sequencing in Critically Ill Neonates Suspected to Have Single-Gene Disorders. Cold Spring Harb Perspect Med. 2015 Dec 18;6(2):a023168. doi: 10.1101/cshperspect.a023168.
- Soden SE, Saunders CJ, Willig LK, Farrow EG, Smith LD, Petrikin JE, LePichon JB, Miller NA, Thiffault I, Dinwiddie DL, Twist G, Noll A, Heese BA, Zellmer L, Atherton AM, Abdelmoity AT, Safina N, Nyp SS, Zuccarelli B, Larson IA, Modrcin A, Herd S, Creed M, Ye Z, Yuan X, Brodsky RA, Kingsmore SF. Effectiveness of exome and genome sequencing guided by acuity of illness for diagnosis of neurodevelopmental disorders. Sci Transl Med. 2014 Dec 3;6(265):265ra168. doi: 10.1126/scitranslmed.3010076.
- Thevenon J, Duffourd Y, Masurel-Paulet A, Lefebvre M, Feillet F, El Chehadeh-Djebbar S, St-Onge J, Steinmetz A, Huet F, Chouchane M, Darmency-Stamboul V, Callier P, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Riviere JB. Diagnostic odyssey in severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clin Genet. 2016 Jun;89(6):700-7. doi: 10.1111/cge.12732. Epub 2016 Apr 26.
- Willig LK, Petrikin JE, Smith LD, Saunders CJ, Thiffault I, Miller NA, Soden SE, Cakici JA, Herd SM, Twist G, Noll A, Creed M, Alba PM, Carpenter SL, Clements MA, Fischer RT, Hays JA, Kilbride H, McDonough RJ, Rosterman JL, Tsai SL, Zellmer L, Farrow EG, Kingsmore SF. Whole-genome sequencing for identification of Mendelian disorders in critically ill infants: a retrospective analysis of diagnostic and clinical findings. Lancet Respir Med. 2015 May;3(5):377-87. doi: 10.1016/S2213-2600(15)00139-3. Epub 2015 Apr 27.
- Yang Y, Muzny DM, Reid JG, Bainbridge MN, Willis A, Ward PA, Braxton A, Beuten J, Xia F, Niu Z, Hardison M, Person R, Bekheirnia MR, Leduc MS, Kirby A, Pham P, Scull J, Wang M, Ding Y, Plon SE, Lupski JR, Beaudet AL, Gibbs RA, Eng CM. Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med. 2013 Oct 17;369(16):1502-11. doi: 10.1056/NEJMoa1306555. Epub 2013 Oct 2.
Studie record data
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
Primaire voltooiing (Werkelijk)
Studie voltooiing (Werkelijk)
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
Eerst geplaatst (Werkelijk)
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
Laatst geverifieerd
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Trefwoorden
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- RECHMPL17_0387
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .
Klinische onderzoeken op Baby, pasgeborene, ziekten
-
Société des Produits Nestlé (SPN)VoltooidInfant Term GeboorteSaoedi-Arabië, Verenigde Arabische Emiraten
-
Société des Produits Nestlé (SPN)Voltooid
-
Duke UniversityUniversity of South Florida; Children's Hospital Los AngelesVoltooidInfant Immunity Response en immunoglobuline-diversiteitVerenigde Staten
-
Children's Hospital Medical Center, CincinnatiEvery Child Succeeds; de Cavel Family SIDS FoundationVoltooidKinderboek vergelijken met brochures voor voorlichting over veilig slapen in een huisbezoekprogrammaSudden Infant Death Syndrome (SIDS)Verenigde Staten
-
Michael HoelscherClinton Health Access Initiative Inc.; Instituto Nacional de Saúde (INS), Ministério... en andere medewerkersActief, niet wervendHiv, neonatale hiv Early-Infant-Diagnosis (EID), Point-of-Care Testing (PoC)Mozambique, Tanzania
-
University of PennsylvaniaVoltooidPatiënten met primaire of secundaire diagnose Code of Intrntl Classification of Diseases, 9th Revision, (ICD-9-CM) 410 (Behalve wanneer het 5e cijfer 2 was)Verenigde Staten
-
TakedaVoltooidInfant Respiratory Distress Syndroom | Niet-invasieve beademingsondersteuningDuitsland
-
Kamuzu University of Health SciencesVoltooidInfant bacteriële meningitisMalawi