Hurtigt eksom til diagnosticering af medfødte tilstande hos spædbørn under 12 måneder indlagt på intensivafdeling (REUNIR)
27. november 2023 opdateret af: University Hospital, Montpellier
En tidlig diagnose af medfødte misdannelser og formodede genetiske tilstande hos kritisk syge spædbørn er afgørende for at udføre specifik tilpasset pleje, forebyggelse og give korrekt genetisk rådgivning. Ætiologier er dog forskellige, og hver af dem er individuelt meget sjældne. Takket være næste generations sekventeringsteknologier er tidsrammer for diagnose faldet drastisk, og efterforskerne har observeret en stigning i diagnoseudbytte.
Denne undersøgelse har til formål at evaluere gennemførligheden af hurtig trio exome-sekventering (mindre end 16 dage mellem underskrift af informeret samtykke og konsultationen for resultater til forældrene) hos spædbørn under 12 måneder indlagt på intensiv afdeling (ICU).
Studieoversigt
Status
Afsluttet
Betingelser
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
Denne prospektive undersøgelse er den første franske undersøgelse, der har til formål at evaluere gennemførligheden af hurtig trio exome-sekventering (mindre end 16 dage mellem underskrift af informeret samtykke og konsultation med henblik på præsentation af resultater for forældrene) hos 15 spædbørn under 12 måneder indlagt på intensivafdelingen Enhed. Inkluderede patienter vil have et års opfølgende undersøgelse.
Det vigtigste evalueringskriterium er udbyttet af exome-resultater givet til familien inden 16 dage. De sekundære evalueringskriterier er 1/ varighed af hvert trin, indtil resultaterne 2/ diagnose giver: identifikation af ætiologien 3/ justering af medicinsk behandling tilladt af exome-diagnosen 4/mængde blod, der er nødvendig for at opnå diagnosen 5/ varighed af hospitalsophold og antal lægekonsultationer i året efter inklusion.
Exome-sekventering vil blive udført oven på klassisk analyse, der normalt foreskrives. Medicinsk behandling vil ikke blive ændret før modtagelse af exome-resultater. Efter underskrift af informeret samtykke vil blodprøver af spædbarnet og begge forældre blive brugt til trio exome sekventering, som omfatter 3 trin: det analytiske trin (blodprøve DNA ekstraktion og high-throughput sekventering), det bioinformatiske trin og fortolkningstrinnet .
Undersøgelsen omfatter fire lægekonsultationer:
1/konsultation med en genetiker for inklusion, 2/konsultation med en genetiker for at give exome-resultaterne, 3/ konsultation 3 måneder efter resultaterne for sanger-bekræftelse af exome-resultatet, 4/ konsultation et år efter inklusion for medicinsk opfølgning.
Undersøgelsestype
Observationel
Tilmelding (Faktiske)
45
Kontakter og lokationer
Dette afsnit indeholder kontaktoplysninger for dem, der udfører undersøgelsen, og oplysninger om, hvor denne undersøgelse udføres.
Studiesteder
-
-
Hérault
-
Montpellier, Hérault, Frankrig, 34295
- Medical genetics Arnaud de Villeneuve
-
-
Deltagelseskriterier
Forskere leder efter personer, der passer til en bestemt beskrivelse, kaldet berettigelseskriterier. Nogle eksempler på disse kriterier er en persons generelle helbredstilstand eller tidligere behandlinger.
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
3 år til 2 år (Barn)
Tager imod sunde frivillige
Ja
Prøveudtagningsmetode
Ikke-sandsynlighedsprøve
Studiebefolkning
Denne undersøgelse omfatter 15 patienter og begge forældre.
Patienterne er i alderen 12 måneder eller under indlagt på intensivafdelingen og lider af flere medfødte misdannelser og/eller neurologiske symptomer
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- Spædbarn under 12 måneder, indlagt på intensivafdelingen.
- Spædbarn med flere medfødte misdannelser eller neurologiske symptomer, for hvilke der er mistanke om genetisk oprindelse, men som ikke er genetisk diagnosticeret.
- Spædbarn, for hvem begge biologiske forældre har givet samtykke til undersøgelsen, genetisk analyse for sig selv og deres barn.
- Spædbørn og forældre registreret i det franske sundhedsvæsen
Ekskluderingskriterier:
- Fravær af en eller begge forældreprøve.
- Præcis genetisk diagnose foretaget præ- eller postnatalt med kromosomale (dvs.: Downs syndrom), Sanger (dvs.: infantil spinal amyotrofi) methylering (dvs.: Prader-Willi syndrom) eller triplet amplifikation (dvs.: neonatal Steinert myotoni).
- Stærk klinisk evidens for en med kromosomal (dvs.: Downs syndrom), Sanger (dvs.: infantil spinal amyotrofi) methylering (dvs.: Prader-Willi syndrom) eller triplet amplifikation (dvs.: neonatal Steinert myotoni) undersøgelser.
- Umulighed for en eller begge forældre at give sit samtykke
Studieplan
Dette afsnit indeholder detaljer om studieplanen, herunder hvordan undersøgelsen er designet, og hvad undersøgelsen måler.
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
- Observationsmodeller: Kohorte
- Tidsperspektiver: Fremadrettet
Kohorter og interventioner
Gruppe / kohorte |
Intervention / Behandling |
|---|---|
|
15 patienter og begge forældre.
Patienterne er i alderen 12 måneder eller under indlagt på intensivafdelingen og lider af flere medfødte misdannelser og/eller neurologiske symptomer.
|
Exome-sekventering kræver analytiske, bioinformatiske og fortolkningstrin.
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Udbytte af exome-resultater givet til familien inden 16 dage
Tidsramme: 16 dage maksimalt efter optagelse
|
antal dage mellem prøvetagning og resultater
|
16 dage maksimalt efter optagelse
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Varighed af hvert trin indtil resultaterne (det analytiske trin, det bioinformatiske trin, fortolkningstrinnet).
Tidsramme: 16 dage maksimalt efter optagelse
|
antal dage mellem prøvetagning og resultater
|
16 dage maksimalt efter optagelse
|
|
Diagnoseudbytte: identifikation af ætiologien
Tidsramme: 3 måneder
|
antal dage mellem prøvetagning og diagnostisk bekræftelse
|
3 måneder
|
|
Justering af lægebehandling tilladt af exome-diagnosen
Tidsramme: 16 dage maksimalt efter optagelse
|
Eventuelle tilføjelser eller sletninger af en diagnostisk undersøgelse, medicinsk behandling specifik for den diagnosticerede patologi eller screening af en kendt komplikation
|
16 dage maksimalt efter optagelse
|
|
Den mængde blod, der er nødvendig for at stille diagnosen
Tidsramme: 16 dage maksimalt efter optagelse
|
nødvendige blodvolumen for at stille diagnosen
|
16 dage maksimalt efter optagelse
|
|
Den mængde blod, der er nødvendig for at stille diagnosen
Tidsramme: 16 dage maksimalt efter optagelse
|
antal prøver, der er nødvendige for at stille diagnosen
|
16 dage maksimalt efter optagelse
|
|
varighed af hospitalsophold i året efter inklusion
Tidsramme: et år efter optagelsen
|
antal dages hospitalsophold i året
|
et år efter optagelsen
|
|
antal lægekonsultationer i året efter inklusion
Tidsramme: et år efter optagelsen
|
antal lægekonsultationer i året
|
et år efter optagelsen
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Det er her, du vil finde personer og organisationer, der er involveret i denne undersøgelse.
Sponsor
Efterforskere
- Ledende efterforsker: Marjolaine WILLEMS, Medical genetics Arnaud de Villeneuve
Publikationer og nyttige links
Den person, der er ansvarlig for at indtaste oplysninger om undersøgelsen, leverer frivilligt disse publikationer. Disse kan handle om alt relateret til undersøgelsen.
Generelle publikationer
- Acikalin A, Bagir EK, Torun G, Ates BT, Erdogan S, Uguz A, Ergin M, Buyukkurt S, Ozgunen FT, Tunali N, Gumurdulu D. Perinatal autopsy evaluation of 2150 autopsies in the Cukurova region of Turkey. Turk Patoloji Derg. 2014;30(3):189-94. doi: 10.5146/tjpath.2014.01266.
- Baird PA, Anderson TW, Newcombe HB, Lowry RB. Genetic disorders in children and young adults: a population study. Am J Hum Genet. 1988 May;42(5):677-93.
- Bonnet D. [Genetics of congenital heart diseases]. Presse Med. 2017 Jun;46(6 Pt 1):612-619. doi: 10.1016/j.lpm.2017.05.014. Epub 2017 Jun 2. French.
- Dhiman V. Molecular Genetics of Epilepsy: A Clinician's Perspective. Ann Indian Acad Neurol. 2017 Apr-Jun;20(2):96-102. doi: 10.4103/aian.AIAN_447_16.
- Grandemange S, Sanchez E, Louis-Plence P, Tran Mau-Them F, Bessis D, Coubes C, Frouin E, Seyger M, Girard M, Puechberty J, Costes V, Rodiere M, Carbasse A, Jeziorski E, Portales P, Sarrabay G, Mondain M, Jorgensen C, Apparailly F, Hoppenreijs E, Touitou I, Genevieve D. A new autoinflammatory and autoimmune syndrome associated with NLRP1 mutations: NAIAD (NLRP1-associated autoinflammation with arthritis and dyskeratosis). Ann Rheum Dis. 2017 Jul;76(7):1191-1198. doi: 10.1136/annrheumdis-2016-210021. Epub 2016 Dec 13.
- Hack M, Taylor HG, Drotar D, Schluchter M, Cartar L, Andreias L, Wilson-Costello D, Klein N. Chronic conditions, functional limitations, and special health care needs of school-aged children born with extremely low-birth-weight in the 1990s. JAMA. 2005 Jul 20;294(3):318-25. doi: 10.1001/jama.294.3.318.
- McCandless SE, Brunger JW, Cassidy SB. The burden of genetic disease on inpatient care in a children's hospital. Am J Hum Genet. 2004 Jan;74(1):121-7. doi: 10.1086/381053. Epub 2003 Dec 12. Erratum In: Am J Hum Genet. 2004 Apr;74(4):788.
- Musante L, Ropers HH. Genetics of recessive cognitive disorders. Trends Genet. 2014 Jan;30(1):32-9. doi: 10.1016/j.tig.2013.09.008. Epub 2013 Oct 28.
- Pabinger S, Dander A, Fischer M, Snajder R, Sperk M, Efremova M, Krabichler B, Speicher MR, Zschocke J, Trajanoski Z. A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data. Brief Bioinform. 2014 Mar;15(2):256-78. doi: 10.1093/bib/bbs086. Epub 2013 Jan 21.
- Packer JS, Maxwell EK, O'Dushlaine C, Lopez AE, Dewey FE, Chernomorsky R, Baras A, Overton JD, Habegger L, Reid JG. CLAMMS: a scalable algorithm for calling common and rare copy number variants from exome sequencing data. Bioinformatics. 2016 Jan 1;32(1):133-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btv547. Epub 2015 Sep 17.
- Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, Grody WW, Hegde M, Lyon E, Spector E, Voelkerding K, Rehm HL; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015 May;17(5):405-24. doi: 10.1038/gim.2015.30. Epub 2015 Mar 5.
- Van der Auwera GA, Carneiro MO, Hartl C, Poplin R, Del Angel G, Levy-Moonshine A, Jordan T, Shakir K, Roazen D, Thibault J, Banks E, Garimella KV, Altshuler D, Gabriel S, DePristo MA. From FastQ data to high confidence variant calls: the Genome Analysis Toolkit best practices pipeline. Curr Protoc Bioinformatics. 2013;43(1110):11.10.1-11.10.33. doi: 10.1002/0471250953.bi1110s43.
- Vissers LE, Gilissen C, Veltman JA. Genetic studies in intellectual disability and related disorders. Nat Rev Genet. 2016 Jan;17(1):9-18. doi: 10.1038/nrg3999. Epub 2015 Oct 27.
- Zlotogora J, Shalev SA. The consequences of consanguinity on the rates of malformations and major medical conditions at birth and in early childhood in inbred populations. Am J Med Genet A. 2010 Aug;152A(8):2023-8. doi: 10.1002/ajmg.a.33537.
- Cunniff C, Carmack JL, Kirby RS, Fiser DH. Contribution of heritable disorders to mortality in the pediatric intensive care unit. Pediatrics. 1995 May;95(5):678-81.
- FitzPatrick DR, Skeoch CH, Tolmie JL. Genetic aspects of admissions to a paediatric intensive care unit. Arch Dis Child. 1991 May;66(5):639-41. doi: 10.1136/adc.66.5.639.
- Gilissen C, Hoischen A, Brunner HG, Veltman JA. Unlocking Mendelian disease using exome sequencing. Genome Biol. 2011 Sep 14;12(9):228. doi: 10.1186/gb-2011-12-9-228.
- Hildreth A, Wigby K, Chowdhury S, Nahas S, Barea J, Ordonez P, Batalov S, Dimmock D, Kingsmore S; RCIGM Investigators. Rapid whole-genome sequencing identifies a novel homozygous NPC1 variant associated with Niemann-Pick type C1 disease in a 7-week-old male with cholestasis. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2017 Sep 1;3(5):a001966. doi: 10.1101/mcs.a001966. Print 2017 Sep.
- Kingsmore SF, Petrikin J, Willig LK, Guest E. Emergency medical genomes: a breakthrough application of precision medicine. Genome Med. 2015 Jul 30;7(1):82. doi: 10.1186/s13073-015-0201-z. eCollection 2015.
- Lalani SR. Current Genetic Testing Tools in Neonatal Medicine. Pediatr Neonatol. 2017 Apr;58(2):111-121. doi: 10.1016/j.pedneo.2016.07.002. Epub 2016 Sep 28.
- Lee H, Deignan JL, Dorrani N, Strom SP, Kantarci S, Quintero-Rivera F, Das K, Toy T, Harry B, Yourshaw M, Fox M, Fogel BL, Martinez-Agosto JA, Wong DA, Chang VY, Shieh PB, Palmer CG, Dipple KM, Grody WW, Vilain E, Nelson SF. Clinical exome sequencing for genetic identification of rare Mendelian disorders. JAMA. 2014 Nov 12;312(18):1880-7. doi: 10.1001/jama.2014.14604.
- Petrikin JE, Willig LK, Smith LD, Kingsmore SF. Rapid whole genome sequencing and precision neonatology. Semin Perinatol. 2015 Dec;39(8):623-31. doi: 10.1053/j.semperi.2015.09.009. Epub 2015 Oct 29.
- Reardon S. Fast genetic sequencing saves newborn lives. Nature. 2014 Oct 2;514(7520):13-4. doi: 10.1038/514013a. No abstract available.
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- Smith LD, Willig LK, Kingsmore SF. Whole-Exome Sequencing and Whole-Genome Sequencing in Critically Ill Neonates Suspected to Have Single-Gene Disorders. Cold Spring Harb Perspect Med. 2015 Dec 18;6(2):a023168. doi: 10.1101/cshperspect.a023168.
- Soden SE, Saunders CJ, Willig LK, Farrow EG, Smith LD, Petrikin JE, LePichon JB, Miller NA, Thiffault I, Dinwiddie DL, Twist G, Noll A, Heese BA, Zellmer L, Atherton AM, Abdelmoity AT, Safina N, Nyp SS, Zuccarelli B, Larson IA, Modrcin A, Herd S, Creed M, Ye Z, Yuan X, Brodsky RA, Kingsmore SF. Effectiveness of exome and genome sequencing guided by acuity of illness for diagnosis of neurodevelopmental disorders. Sci Transl Med. 2014 Dec 3;6(265):265ra168. doi: 10.1126/scitranslmed.3010076.
- Thevenon J, Duffourd Y, Masurel-Paulet A, Lefebvre M, Feillet F, El Chehadeh-Djebbar S, St-Onge J, Steinmetz A, Huet F, Chouchane M, Darmency-Stamboul V, Callier P, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Riviere JB. Diagnostic odyssey in severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clin Genet. 2016 Jun;89(6):700-7. doi: 10.1111/cge.12732. Epub 2016 Apr 26.
- Willig LK, Petrikin JE, Smith LD, Saunders CJ, Thiffault I, Miller NA, Soden SE, Cakici JA, Herd SM, Twist G, Noll A, Creed M, Alba PM, Carpenter SL, Clements MA, Fischer RT, Hays JA, Kilbride H, McDonough RJ, Rosterman JL, Tsai SL, Zellmer L, Farrow EG, Kingsmore SF. Whole-genome sequencing for identification of Mendelian disorders in critically ill infants: a retrospective analysis of diagnostic and clinical findings. Lancet Respir Med. 2015 May;3(5):377-87. doi: 10.1016/S2213-2600(15)00139-3. Epub 2015 Apr 27.
- Yang Y, Muzny DM, Reid JG, Bainbridge MN, Willis A, Ward PA, Braxton A, Beuten J, Xia F, Niu Z, Hardison M, Person R, Bekheirnia MR, Leduc MS, Kirby A, Pham P, Scull J, Wang M, Ding Y, Plon SE, Lupski JR, Beaudet AL, Gibbs RA, Eng CM. Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med. 2013 Oct 17;369(16):1502-11. doi: 10.1056/NEJMoa1306555. Epub 2013 Oct 2.
Datoer for undersøgelser
Disse datoer sporer fremskridtene for indsendelser af undersøgelsesrekord og resumeresultater til ClinicalTrials.gov. Studieregistreringer og rapporterede resultater gennemgås af National Library of Medicine (NLM) for at sikre, at de opfylder specifikke kvalitetskontrolstandarder, før de offentliggøres på den offentlige hjemmeside.
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
8. april 2019
Primær færdiggørelse (Faktiske)
8. juni 2022
Studieafslutning (Faktiske)
8. juni 2022
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
18. januar 2019
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
4. februar 2019
Først opslået (Faktiske)
5. februar 2019
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
28. november 2023
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
27. november 2023
Sidst verificeret
1. november 2023
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- RECHMPL17_0387
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Ingen
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Ingen
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .
Kliniske forsøg med Spædbarn, Nyfødt, Sygdomme
-
Michael HoelscherClinton Health Access Initiative Inc.; Instituto Nacional de Saúde (INS)... og andre samarbejdspartnereAfsluttetHIV, Neonatal HIV Early-Infant-Diagnose (EID), Point-of-Care Testing (PoC)Mozambique, Tanzania