重症监护室住院 12 个月以下婴儿先天性疾病的快速外显子组诊断 (REUNIR)
2023年11月27日 更新者：University Hospital, Montpellier
早期诊断危重婴儿的先天性畸形和疑似遗传病症对于进行特定的适应性护理、预防和提供适当的遗传咨询至关重要。 然而，病因多种多样，每一种都非常罕见。 得益于下一代测序技术，诊断时间框架已大大缩短，研究人员观察到诊断率有所提高。
本研究旨在评估在重症监护病房 (ICU) 住院的 12 个月以下婴儿进行快速三重外显子组测序（从签署知情同意书到向父母咨询结果之间的时间少于 16 天）的可行性。
研究概览
详细说明
这项前瞻性研究是法国第一项旨在评估在重症监护室住院的 15 名 12 个月以下婴儿进行快速三重外显子组测序（从签署知情同意书到向父母咨询结果的时间少于 16 天）的可行性的研究单元。 纳入的患者将接受一年的随访检查。
主要评价标准是16天前给家属的外显子组结果的得率。 次要评估标准是 1/ 直到结果的每个步骤的持续时间 2/ 诊断结果：病因学的鉴定 3/ 外显子组诊断允许的医疗护理调整 4/ 实现诊断所需的血液量 5/ 住院时间和纳入后一年内的医疗咨询次数。
外显子组测序将在通常规定的经典分析之上进行。 在收到外显子组结果之前，不会修改医疗服务。 签署知情同意书后，婴儿和父母双方的血液样本将被用于三重外显子组测序，包括3个步骤：分析步骤（血液样本DNA提取和高通量测序）、生物信息学步骤和解释步骤.
该研究包括四次医疗咨询：
1/咨询遗传学家纳入，2/咨询遗传学家给出外显子组结果，3/结果后3个月咨询外显子组结果的sanger-确认，4/纳入后一年咨询用于医疗跟进。
研究类型
观察性的
注册 (实际的)
45
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
学习联系方式
- 姓名：Marjolaine WILLEMS, MD
- 电话号码：+33467336564
- 邮箱：m-willems@chu-montpellier.fr
研究联系人备份
- 姓名：Mouna BARAT, PharmD, PhD
- 电话号码：0467336152
- 邮箱：mouna.barat@inserm.fr
学习地点
-
-
Hérault
-
Montpellier、Hérault、法国、34295
- Medical genetics Arnaud de Villeneuve
-
-
参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
1年 至 4个月 (孩子)
接受健康志愿者
是的
取样方法
非概率样本
研究人群
这项研究包括 15 名患者和父母双方。
患有多种先天性畸形和/或神经系统症状的患者年龄在 12 个月或未在 ICU 住院
描述
纳入标准：
- 未满 12 个月的婴儿，在加护病房住院。
- 患有多种先天性畸形或神经系统症状的婴儿，疑似遗传起源但未通过遗传学诊断。
- 亲生父母均已同意为自己和孩子进行研究、基因分析的婴儿。
- 婴儿和父母在法国国民健康服务中心注册
排除标准：
- 缺少一个或两个亲本样本。
- 通过染色体（即：唐氏综合症）、Sanger（即：婴儿脊髓性肌萎缩症）甲基化（即：Prader-Willi 综合征）或三联体扩增（即：新生儿 Steinert 肌强直）研究在产前或产后进行精确的基因诊断。
- 染色体（即：唐氏综合症）、Sanger（即：婴儿脊髓性肌萎缩症）甲基化（即：Prader-Willi 综合征）或三联体扩增（即：新生儿 Steinert 肌强直）研究的有力临床证据。
- 父母一方或双方不可能同意
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
- 观测模型：队列
- 时间观点：预期
队列和干预
团体/队列 |
干预/治疗 |
|---|---|
|
15 名患者和父母双方。
这些患者年满 12 个月或在 ICU 住院期间患有多种先天性畸形和/或神经系统症状。
|
外显子组测序需要分析、生物信息学和解释步骤。
|
研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
|
16天前提供给家人的外显子组结果的产量
大体时间：纳入后最多 16 天
|
收集样本和结果之间的天数
|
纳入后最多 16 天
|
次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
|
每个步骤的持续时间直到结果（分析步骤、生物信息学步骤、解释步骤）。
大体时间：纳入后最多 16 天
|
收集样本和结果之间的天数
|
纳入后最多 16 天
|
|
诊断率：病因鉴定
大体时间：3个月
|
收集样本和诊断确认之间的天数
|
3个月
|
|
外显子组诊断允许的医疗调整
大体时间：纳入后最多 16 天
|
诊断检查的任何添加或删除、针对已诊断病理的医疗护理或已知并发症的筛查
|
纳入后最多 16 天
|
|
诊断所需的血液量
大体时间：纳入后最多 16 天
|
诊断所需的血容量
|
纳入后最多 16 天
|
|
诊断所需的血液量
大体时间：纳入后最多 16 天
|
实现诊断所需的样本数量
|
纳入后最多 16 天
|
|
入组后一年的住院时间
大体时间：加入后一年
|
当年住院天数
|
加入后一年
|
|
纳入后一年内的医疗咨询次数
大体时间：加入后一年
|
年就诊次数
|
加入后一年
|
合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
调查人员
- 首席研究员：Marjolaine WILLEMS、Medical genetics Arnaud de Villeneuve
出版物和有用的链接
负责输入研究信息的人员自愿提供这些出版物。这些可能与研究有关。
一般刊物
- Acikalin A, Bagir EK, Torun G, Ates BT, Erdogan S, Uguz A, Ergin M, Buyukkurt S, Ozgunen FT, Tunali N, Gumurdulu D. Perinatal autopsy evaluation of 2150 autopsies in the Cukurova region of Turkey. Turk Patoloji Derg. 2014;30(3):189-94. doi: 10.5146/tjpath.2014.01266.
- Baird PA, Anderson TW, Newcombe HB, Lowry RB. Genetic disorders in children and young adults: a population study. Am J Hum Genet. 1988 May;42(5):677-93.
- Bonnet D. [Genetics of congenital heart diseases]. Presse Med. 2017 Jun;46(6 Pt 1):612-619. doi: 10.1016/j.lpm.2017.05.014. Epub 2017 Jun 2. French.
- Dhiman V. Molecular Genetics of Epilepsy: A Clinician's Perspective. Ann Indian Acad Neurol. 2017 Apr-Jun;20(2):96-102. doi: 10.4103/aian.AIAN_447_16.
- Grandemange S, Sanchez E, Louis-Plence P, Tran Mau-Them F, Bessis D, Coubes C, Frouin E, Seyger M, Girard M, Puechberty J, Costes V, Rodiere M, Carbasse A, Jeziorski E, Portales P, Sarrabay G, Mondain M, Jorgensen C, Apparailly F, Hoppenreijs E, Touitou I, Genevieve D. A new autoinflammatory and autoimmune syndrome associated with NLRP1 mutations: NAIAD (NLRP1-associated autoinflammation with arthritis and dyskeratosis). Ann Rheum Dis. 2017 Jul;76(7):1191-1198. doi: 10.1136/annrheumdis-2016-210021. Epub 2016 Dec 13.
- Hack M, Taylor HG, Drotar D, Schluchter M, Cartar L, Andreias L, Wilson-Costello D, Klein N. Chronic conditions, functional limitations, and special health care needs of school-aged children born with extremely low-birth-weight in the 1990s. JAMA. 2005 Jul 20;294(3):318-25. doi: 10.1001/jama.294.3.318.
- McCandless SE, Brunger JW, Cassidy SB. The burden of genetic disease on inpatient care in a children's hospital. Am J Hum Genet. 2004 Jan;74(1):121-7. doi: 10.1086/381053. Epub 2003 Dec 12. Erratum In: Am J Hum Genet. 2004 Apr;74(4):788.
- Musante L, Ropers HH. Genetics of recessive cognitive disorders. Trends Genet. 2014 Jan;30(1):32-9. doi: 10.1016/j.tig.2013.09.008. Epub 2013 Oct 28.
- Pabinger S, Dander A, Fischer M, Snajder R, Sperk M, Efremova M, Krabichler B, Speicher MR, Zschocke J, Trajanoski Z. A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data. Brief Bioinform. 2014 Mar;15(2):256-78. doi: 10.1093/bib/bbs086. Epub 2013 Jan 21.
- Packer JS, Maxwell EK, O'Dushlaine C, Lopez AE, Dewey FE, Chernomorsky R, Baras A, Overton JD, Habegger L, Reid JG. CLAMMS: a scalable algorithm for calling common and rare copy number variants from exome sequencing data. Bioinformatics. 2016 Jan 1;32(1):133-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btv547. Epub 2015 Sep 17.
- Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, Grody WW, Hegde M, Lyon E, Spector E, Voelkerding K, Rehm HL; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015 May;17(5):405-24. doi: 10.1038/gim.2015.30. Epub 2015 Mar 5.
- Van der Auwera GA, Carneiro MO, Hartl C, Poplin R, Del Angel G, Levy-Moonshine A, Jordan T, Shakir K, Roazen D, Thibault J, Banks E, Garimella KV, Altshuler D, Gabriel S, DePristo MA. From FastQ data to high confidence variant calls: the Genome Analysis Toolkit best practices pipeline. Curr Protoc Bioinformatics. 2013;43(1110):11.10.1-11.10.33. doi: 10.1002/0471250953.bi1110s43.
- Vissers LE, Gilissen C, Veltman JA. Genetic studies in intellectual disability and related disorders. Nat Rev Genet. 2016 Jan;17(1):9-18. doi: 10.1038/nrg3999. Epub 2015 Oct 27.
- Zlotogora J, Shalev SA. The consequences of consanguinity on the rates of malformations and major medical conditions at birth and in early childhood in inbred populations. Am J Med Genet A. 2010 Aug;152A(8):2023-8. doi: 10.1002/ajmg.a.33537.
- Cunniff C, Carmack JL, Kirby RS, Fiser DH. Contribution of heritable disorders to mortality in the pediatric intensive care unit. Pediatrics. 1995 May;95(5):678-81.
- FitzPatrick DR, Skeoch CH, Tolmie JL. Genetic aspects of admissions to a paediatric intensive care unit. Arch Dis Child. 1991 May;66(5):639-41. doi: 10.1136/adc.66.5.639.
- Gilissen C, Hoischen A, Brunner HG, Veltman JA. Unlocking Mendelian disease using exome sequencing. Genome Biol. 2011 Sep 14;12(9):228. doi: 10.1186/gb-2011-12-9-228.
- Hildreth A, Wigby K, Chowdhury S, Nahas S, Barea J, Ordonez P, Batalov S, Dimmock D, Kingsmore S; RCIGM Investigators. Rapid whole-genome sequencing identifies a novel homozygous NPC1 variant associated with Niemann-Pick type C1 disease in a 7-week-old male with cholestasis. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2017 Sep 1;3(5):a001966. doi: 10.1101/mcs.a001966. Print 2017 Sep.
- Kingsmore SF, Petrikin J, Willig LK, Guest E. Emergency medical genomes: a breakthrough application of precision medicine. Genome Med. 2015 Jul 30;7(1):82. doi: 10.1186/s13073-015-0201-z. eCollection 2015.
- Lalani SR. Current Genetic Testing Tools in Neonatal Medicine. Pediatr Neonatol. 2017 Apr;58(2):111-121. doi: 10.1016/j.pedneo.2016.07.002. Epub 2016 Sep 28.
- Lee H, Deignan JL, Dorrani N, Strom SP, Kantarci S, Quintero-Rivera F, Das K, Toy T, Harry B, Yourshaw M, Fox M, Fogel BL, Martinez-Agosto JA, Wong DA, Chang VY, Shieh PB, Palmer CG, Dipple KM, Grody WW, Vilain E, Nelson SF. Clinical exome sequencing for genetic identification of rare Mendelian disorders. JAMA. 2014 Nov 12;312(18):1880-7. doi: 10.1001/jama.2014.14604.
- Petrikin JE, Willig LK, Smith LD, Kingsmore SF. Rapid whole genome sequencing and precision neonatology. Semin Perinatol. 2015 Dec;39(8):623-31. doi: 10.1053/j.semperi.2015.09.009. Epub 2015 Oct 29.
- Reardon S. Fast genetic sequencing saves newborn lives. Nature. 2014 Oct 2;514(7520):13-4. doi: 10.1038/514013a. No abstract available.
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- Smith LD, Willig LK, Kingsmore SF. Whole-Exome Sequencing and Whole-Genome Sequencing in Critically Ill Neonates Suspected to Have Single-Gene Disorders. Cold Spring Harb Perspect Med. 2015 Dec 18;6(2):a023168. doi: 10.1101/cshperspect.a023168.
- Soden SE, Saunders CJ, Willig LK, Farrow EG, Smith LD, Petrikin JE, LePichon JB, Miller NA, Thiffault I, Dinwiddie DL, Twist G, Noll A, Heese BA, Zellmer L, Atherton AM, Abdelmoity AT, Safina N, Nyp SS, Zuccarelli B, Larson IA, Modrcin A, Herd S, Creed M, Ye Z, Yuan X, Brodsky RA, Kingsmore SF. Effectiveness of exome and genome sequencing guided by acuity of illness for diagnosis of neurodevelopmental disorders. Sci Transl Med. 2014 Dec 3;6(265):265ra168. doi: 10.1126/scitranslmed.3010076.
- Thevenon J, Duffourd Y, Masurel-Paulet A, Lefebvre M, Feillet F, El Chehadeh-Djebbar S, St-Onge J, Steinmetz A, Huet F, Chouchane M, Darmency-Stamboul V, Callier P, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Riviere JB. Diagnostic odyssey in severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clin Genet. 2016 Jun;89(6):700-7. doi: 10.1111/cge.12732. Epub 2016 Apr 26.
- Willig LK, Petrikin JE, Smith LD, Saunders CJ, Thiffault I, Miller NA, Soden SE, Cakici JA, Herd SM, Twist G, Noll A, Creed M, Alba PM, Carpenter SL, Clements MA, Fischer RT, Hays JA, Kilbride H, McDonough RJ, Rosterman JL, Tsai SL, Zellmer L, Farrow EG, Kingsmore SF. Whole-genome sequencing for identification of Mendelian disorders in critically ill infants: a retrospective analysis of diagnostic and clinical findings. Lancet Respir Med. 2015 May;3(5):377-87. doi: 10.1016/S2213-2600(15)00139-3. Epub 2015 Apr 27.
- Yang Y, Muzny DM, Reid JG, Bainbridge MN, Willis A, Ward PA, Braxton A, Beuten J, Xia F, Niu Z, Hardison M, Person R, Bekheirnia MR, Leduc MS, Kirby A, Pham P, Scull J, Wang M, Ding Y, Plon SE, Lupski JR, Beaudet AL, Gibbs RA, Eng CM. Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med. 2013 Oct 17;369(16):1502-11. doi: 10.1056/NEJMoa1306555. Epub 2013 Oct 2.
研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2019年4月8日
初级完成 (实际的)
2022年6月8日
研究完成 (实际的)
2022年6月8日
研究注册日期
首次提交
2019年1月18日
首先提交符合 QC 标准的
2019年2月4日
首次发布 (实际的)
2019年2月5日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2023年11月28日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2023年11月27日
最后验证
2023年11月1日
更多信息
此信息直接从 clinicaltrials.gov 网站检索，没有任何更改。如果您有任何更改、删除或更新研究详细信息的请求，请联系 register@clinicaltrials.gov. clinicaltrials.gov 上实施更改，我们的网站上也会自动更新.