Rychlý exom pro diagnostiku vrozených stavů u kojenců mladších 12 měsíců hospitalizovaných na jednotce intenzivní péče (REUNIR)
27. listopadu 2023 aktualizováno: University Hospital, Montpellier
Včasná diagnostika vrozených malformací a suspektních genetických stavů u kriticky nemocných kojenců je nezbytná pro provádění specifické přizpůsobené péče, prevence a poskytování řádného genetického poradenství. Etiologie jsou však různé a každá z nich je individuálně velmi vzácná. Díky sekvenačním technologiím nové generace se časové rámce diagnózy drasticky zkrátily a vyšetřovatelé pozorovali zvýšení výtěžků diagnózy.
Tato studie si klade za cíl vyhodnotit proveditelnost rychlého trio exomového sekvenování (méně než 16 dní mezi podpisem informovaného souhlasu a konzultací s rodiči o výsledcích) u kojenců mladších 12 měsíců hospitalizovaných na jednotce intenzivní péče (JIP).
Přehled studie
Postavení
Dokončeno
Podmínky
Intervence / Léčba
Detailní popis
Tato prospektivní studie je první francouzskou studií, jejímž cílem je vyhodnotit proveditelnost rychlého trio exomového sekvenování (méně než 16 dnů mezi podpisem informovaného souhlasu a konzultací pro prezentaci výsledků rodičům) u 15 kojenců mladších 12 měsíců hospitalizovaných na jednotce intenzivní péče. Jednotka. Zařazení pacienti budou mít roční kontrolní vyšetření.
Hlavním hodnotícím kritériem je výtěžnost výsledků exomu poskytnutých rodině před 16. dnem. Sekundární hodnotící kritéria jsou 1/ trvání každého kroku až do výsledků 2/ výtěžek diagnózy: identifikace etiologie 3/ úprava lékařské péče umožněná exomovou diagnózou 4/množství krve potřebné k dosažení diagnózy 5/ délka pobytu v nemocnici a počet lékařských konzultací v roce následujícím po zařazení.
Sekvenování exomů bude provedeno nad rámec běžně předepsané klasické analýzy. Lékařská péče nebude změněna, dokud nebudou přijaty výsledky exomu. Po podpisu informovaného souhlasu budou vzorky krve kojence a obou rodičů použity pro trio exomové sekvenování, které zahrnuje 3 kroky: analytický krok (extrakce DNA krevního vzorku a vysoce výkonné sekvenování), bioinformatický krok a krok interpretace .
Studie zahrnuje čtyři lékařské konzultace:
1/konzultaci s genetikem pro zařazení, 2/konzultaci s genetikem k podání výsledků exomu, 3/ konzultace za 3 měsíce po výsledcích pro sanger-potvrzení výsledku exomu, 4/ konzultace za rok po zařazení do lékařské sledování.
Typ studie
Pozorovací
Zápis (Aktuální)
45
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní místa
-
-
Hérault
-
Montpellier, Hérault, Francie, 34295
- Medical genetics Arnaud de Villeneuve
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
3 roky až 2 roky (Dítě)
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ano
Metoda odběru vzorků
Vzorek nepravděpodobnosti
Studijní populace
Tato studie zahrnuje 15 pacientů a oba rodiče.
Pacienti jsou ve věku 12 měsíců nebo nejsou hospitalizováni na JIP a trpí mnohočetnými vrozenými malformacemi a/nebo neurologickými příznaky
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Kojenec ve věku do 12 měsíců, hospitalizován na JIP.
- Kojenec s mnohočetnými vrozenými malformacemi nebo neurologickými příznaky, u nichž je podezření na genetický původ, ale není geneticky diagnostikován.
- Kojenec, u kterého oba biologičtí rodiče dali souhlas ke studii, genetická analýza pro sebe a jejich dítě.
- Kojenec a rodiče registrovaní ve francouzské národní zdravotní službě
Kritéria vyloučení:
- Absence jednoho nebo obou rodičovských vzorků.
- Přesná genetická diagnostika provedená pre- nebo postnatálně pomocí chromozomálních (tj. Downův syndrom), Sangerových (tj. infantilní spinální amyotrofie) metylace (tj.: Prader-Williho syndrom) nebo tripletové amplifikace (tj. neonatální Steinertova myotonie).
- Silný klinický důkaz pro studie s chromozomální (tj. Downův syndrom), Sangerovou (tj. dětská spinální amyotrofie) metylací (tj. Prader-Williho syndrom) nebo tripletovou amplifikací (tj. neonatální Steinertova myotonie).
- Nemožnost, aby jeden nebo oba rodiče dali svůj souhlas
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Observační modely: Kohorta
- Časové perspektivy: Budoucí
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
15 pacientů a oba rodiče.
Pacienti jsou ve věku 12 měsíců nebo nejsou hospitalizováni na JIP a trpí mnohočetnými vrozenými malformacemi a/nebo neurologickými příznaky.
|
Sekvenování exomů vyžaduje analytické, bioinformatické a interpretační kroky.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Výnos výsledků exomu poskytnutých rodině před 16 dny
Časové okno: Maximálně 16 dní po zařazení
|
počet dní mezi odběrem vzorku a výsledky
|
Maximálně 16 dní po zařazení
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Doba trvání každého kroku do získání výsledků (analytický krok, bioinformatický krok, krok interpretace).
Časové okno: Maximálně 16 dní po zařazení
|
počet dní mezi odběrem vzorku a výsledky
|
Maximálně 16 dní po zařazení
|
|
Výtěžek diagnózy: identifikace etiologie
Časové okno: 3 měsíce
|
počet dní mezi odběrem vzorku a diagnostickým potvrzením
|
3 měsíce
|
|
Úprava lékařské péče umožněná exomovou diagnózou
Časové okno: Maximálně 16 dní po zařazení
|
Jakékoli přidání nebo odstranění diagnostického vyšetření, lékařské péče specifické pro diagnostikovanou patologii nebo screeningu známé komplikace
|
Maximálně 16 dní po zařazení
|
|
Množství krve potřebné k dosažení diagnózy
Časové okno: Maximálně 16 dní po zařazení
|
objem krve nezbytný k dosažení diagnózy
|
Maximálně 16 dní po zařazení
|
|
Množství krve potřebné k dosažení diagnózy
Časové okno: Maximálně 16 dní po zařazení
|
počet vzorků potřebných k dosažení diagnózy
|
Maximálně 16 dní po zařazení
|
|
délka pobytu v nemocnici v roce následujícím po zařazení
Časové okno: rok po zařazení
|
počet dní pobytu v nemocnici v roce
|
rok po zařazení
|
|
počet lékařských konzultací v roce následujícím po zařazení
Časové okno: rok po zařazení
|
počet lékařských konzultací v roce
|
rok po zařazení
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Sponzor
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Marjolaine WILLEMS, Medical genetics Arnaud de Villeneuve
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- Acikalin A, Bagir EK, Torun G, Ates BT, Erdogan S, Uguz A, Ergin M, Buyukkurt S, Ozgunen FT, Tunali N, Gumurdulu D. Perinatal autopsy evaluation of 2150 autopsies in the Cukurova region of Turkey. Turk Patoloji Derg. 2014;30(3):189-94. doi: 10.5146/tjpath.2014.01266.
- Baird PA, Anderson TW, Newcombe HB, Lowry RB. Genetic disorders in children and young adults: a population study. Am J Hum Genet. 1988 May;42(5):677-93.
- Bonnet D. [Genetics of congenital heart diseases]. Presse Med. 2017 Jun;46(6 Pt 1):612-619. doi: 10.1016/j.lpm.2017.05.014. Epub 2017 Jun 2. French.
- Dhiman V. Molecular Genetics of Epilepsy: A Clinician's Perspective. Ann Indian Acad Neurol. 2017 Apr-Jun;20(2):96-102. doi: 10.4103/aian.AIAN_447_16.
- Grandemange S, Sanchez E, Louis-Plence P, Tran Mau-Them F, Bessis D, Coubes C, Frouin E, Seyger M, Girard M, Puechberty J, Costes V, Rodiere M, Carbasse A, Jeziorski E, Portales P, Sarrabay G, Mondain M, Jorgensen C, Apparailly F, Hoppenreijs E, Touitou I, Genevieve D. A new autoinflammatory and autoimmune syndrome associated with NLRP1 mutations: NAIAD (NLRP1-associated autoinflammation with arthritis and dyskeratosis). Ann Rheum Dis. 2017 Jul;76(7):1191-1198. doi: 10.1136/annrheumdis-2016-210021. Epub 2016 Dec 13.
- Hack M, Taylor HG, Drotar D, Schluchter M, Cartar L, Andreias L, Wilson-Costello D, Klein N. Chronic conditions, functional limitations, and special health care needs of school-aged children born with extremely low-birth-weight in the 1990s. JAMA. 2005 Jul 20;294(3):318-25. doi: 10.1001/jama.294.3.318.
- McCandless SE, Brunger JW, Cassidy SB. The burden of genetic disease on inpatient care in a children's hospital. Am J Hum Genet. 2004 Jan;74(1):121-7. doi: 10.1086/381053. Epub 2003 Dec 12. Erratum In: Am J Hum Genet. 2004 Apr;74(4):788.
- Musante L, Ropers HH. Genetics of recessive cognitive disorders. Trends Genet. 2014 Jan;30(1):32-9. doi: 10.1016/j.tig.2013.09.008. Epub 2013 Oct 28.
- Pabinger S, Dander A, Fischer M, Snajder R, Sperk M, Efremova M, Krabichler B, Speicher MR, Zschocke J, Trajanoski Z. A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data. Brief Bioinform. 2014 Mar;15(2):256-78. doi: 10.1093/bib/bbs086. Epub 2013 Jan 21.
- Packer JS, Maxwell EK, O'Dushlaine C, Lopez AE, Dewey FE, Chernomorsky R, Baras A, Overton JD, Habegger L, Reid JG. CLAMMS: a scalable algorithm for calling common and rare copy number variants from exome sequencing data. Bioinformatics. 2016 Jan 1;32(1):133-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btv547. Epub 2015 Sep 17.
- Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, Grody WW, Hegde M, Lyon E, Spector E, Voelkerding K, Rehm HL; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015 May;17(5):405-24. doi: 10.1038/gim.2015.30. Epub 2015 Mar 5.
- Van der Auwera GA, Carneiro MO, Hartl C, Poplin R, Del Angel G, Levy-Moonshine A, Jordan T, Shakir K, Roazen D, Thibault J, Banks E, Garimella KV, Altshuler D, Gabriel S, DePristo MA. From FastQ data to high confidence variant calls: the Genome Analysis Toolkit best practices pipeline. Curr Protoc Bioinformatics. 2013;43(1110):11.10.1-11.10.33. doi: 10.1002/0471250953.bi1110s43.
- Vissers LE, Gilissen C, Veltman JA. Genetic studies in intellectual disability and related disorders. Nat Rev Genet. 2016 Jan;17(1):9-18. doi: 10.1038/nrg3999. Epub 2015 Oct 27.
- Zlotogora J, Shalev SA. The consequences of consanguinity on the rates of malformations and major medical conditions at birth and in early childhood in inbred populations. Am J Med Genet A. 2010 Aug;152A(8):2023-8. doi: 10.1002/ajmg.a.33537.
- Cunniff C, Carmack JL, Kirby RS, Fiser DH. Contribution of heritable disorders to mortality in the pediatric intensive care unit. Pediatrics. 1995 May;95(5):678-81.
- FitzPatrick DR, Skeoch CH, Tolmie JL. Genetic aspects of admissions to a paediatric intensive care unit. Arch Dis Child. 1991 May;66(5):639-41. doi: 10.1136/adc.66.5.639.
- Gilissen C, Hoischen A, Brunner HG, Veltman JA. Unlocking Mendelian disease using exome sequencing. Genome Biol. 2011 Sep 14;12(9):228. doi: 10.1186/gb-2011-12-9-228.
- Hildreth A, Wigby K, Chowdhury S, Nahas S, Barea J, Ordonez P, Batalov S, Dimmock D, Kingsmore S; RCIGM Investigators. Rapid whole-genome sequencing identifies a novel homozygous NPC1 variant associated with Niemann-Pick type C1 disease in a 7-week-old male with cholestasis. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2017 Sep 1;3(5):a001966. doi: 10.1101/mcs.a001966. Print 2017 Sep.
- Kingsmore SF, Petrikin J, Willig LK, Guest E. Emergency medical genomes: a breakthrough application of precision medicine. Genome Med. 2015 Jul 30;7(1):82. doi: 10.1186/s13073-015-0201-z. eCollection 2015.
- Lalani SR. Current Genetic Testing Tools in Neonatal Medicine. Pediatr Neonatol. 2017 Apr;58(2):111-121. doi: 10.1016/j.pedneo.2016.07.002. Epub 2016 Sep 28.
- Lee H, Deignan JL, Dorrani N, Strom SP, Kantarci S, Quintero-Rivera F, Das K, Toy T, Harry B, Yourshaw M, Fox M, Fogel BL, Martinez-Agosto JA, Wong DA, Chang VY, Shieh PB, Palmer CG, Dipple KM, Grody WW, Vilain E, Nelson SF. Clinical exome sequencing for genetic identification of rare Mendelian disorders. JAMA. 2014 Nov 12;312(18):1880-7. doi: 10.1001/jama.2014.14604.
- Petrikin JE, Willig LK, Smith LD, Kingsmore SF. Rapid whole genome sequencing and precision neonatology. Semin Perinatol. 2015 Dec;39(8):623-31. doi: 10.1053/j.semperi.2015.09.009. Epub 2015 Oct 29.
- Reardon S. Fast genetic sequencing saves newborn lives. Nature. 2014 Oct 2;514(7520):13-4. doi: 10.1038/514013a. No abstract available.
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- Smith LD, Willig LK, Kingsmore SF. Whole-Exome Sequencing and Whole-Genome Sequencing in Critically Ill Neonates Suspected to Have Single-Gene Disorders. Cold Spring Harb Perspect Med. 2015 Dec 18;6(2):a023168. doi: 10.1101/cshperspect.a023168.
- Soden SE, Saunders CJ, Willig LK, Farrow EG, Smith LD, Petrikin JE, LePichon JB, Miller NA, Thiffault I, Dinwiddie DL, Twist G, Noll A, Heese BA, Zellmer L, Atherton AM, Abdelmoity AT, Safina N, Nyp SS, Zuccarelli B, Larson IA, Modrcin A, Herd S, Creed M, Ye Z, Yuan X, Brodsky RA, Kingsmore SF. Effectiveness of exome and genome sequencing guided by acuity of illness for diagnosis of neurodevelopmental disorders. Sci Transl Med. 2014 Dec 3;6(265):265ra168. doi: 10.1126/scitranslmed.3010076.
- Thevenon J, Duffourd Y, Masurel-Paulet A, Lefebvre M, Feillet F, El Chehadeh-Djebbar S, St-Onge J, Steinmetz A, Huet F, Chouchane M, Darmency-Stamboul V, Callier P, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Riviere JB. Diagnostic odyssey in severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clin Genet. 2016 Jun;89(6):700-7. doi: 10.1111/cge.12732. Epub 2016 Apr 26.
- Willig LK, Petrikin JE, Smith LD, Saunders CJ, Thiffault I, Miller NA, Soden SE, Cakici JA, Herd SM, Twist G, Noll A, Creed M, Alba PM, Carpenter SL, Clements MA, Fischer RT, Hays JA, Kilbride H, McDonough RJ, Rosterman JL, Tsai SL, Zellmer L, Farrow EG, Kingsmore SF. Whole-genome sequencing for identification of Mendelian disorders in critically ill infants: a retrospective analysis of diagnostic and clinical findings. Lancet Respir Med. 2015 May;3(5):377-87. doi: 10.1016/S2213-2600(15)00139-3. Epub 2015 Apr 27.
- Yang Y, Muzny DM, Reid JG, Bainbridge MN, Willis A, Ward PA, Braxton A, Beuten J, Xia F, Niu Z, Hardison M, Person R, Bekheirnia MR, Leduc MS, Kirby A, Pham P, Scull J, Wang M, Ding Y, Plon SE, Lupski JR, Beaudet AL, Gibbs RA, Eng CM. Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med. 2013 Oct 17;369(16):1502-11. doi: 10.1056/NEJMoa1306555. Epub 2013 Oct 2.
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
8. dubna 2019
Primární dokončení (Aktuální)
8. června 2022
Dokončení studie (Aktuální)
8. června 2022
Termíny zápisu do studia
První předloženo
18. ledna 2019
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
4. února 2019
První zveřejněno (Aktuální)
5. února 2019
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
28. listopadu 2023
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
27. listopadu 2023
Naposledy ověřeno
1. listopadu 2023
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- RECHMPL17_0387
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .
Klinické studie na Kojenec, novorozenec, nemoci
-
University of ParmaMonash Medical Centre; University Hospital of TorrejonNáborInstrumentální dodání | NEC, Affecting Fetus nebo Newborn | Druhá fáze porodu císařským řezem | Pozice týluItálie
Klinické studie na Genetická analýza sekvenováním celého exomu
-
Institut National de la Santé Et de la Recherche...Institut Bergonié; Plateforme labellisée Inca - Institut Bergonié, Bordeaux; Plateforme... a další spolupracovníciDokončenoSarkom měkkých tkání | Kolorektální karcinomFrancie