- ICH GCP
- Registro degli studi clinici negli Stati Uniti
- Sperimentazione clinica NCT03831035
Exome veloce per la diagnosi di condizioni congenite nei neonati di età inferiore a 12 mesi ricoverati in unità di terapia intensiva (REUNIR)
Una diagnosi precoce delle malformazioni congenite e delle condizioni genetiche sospette nei neonati in condizioni critiche è essenziale per eseguire cure specifiche adattate, prevenzione e fornire un'adeguata consulenza genetica. Tuttavia, le eziologie sono varie e ognuna di esse è singolarmente molto rara. Grazie alle tecnologie di sequenziamento di nuova generazione, i tempi di diagnosi sono drasticamente diminuiti e gli investigatori hanno osservato un aumento dei rendimenti diagnostici.
Questo studio mira a valutare la fattibilità del sequenziamento rapido del trio esoma (meno di 16 giorni tra la firma del consenso informato e la consultazione per i risultati ai genitori) nei bambini di età inferiore ai 12 mesi ricoverati in unità di terapia intensiva (ICU).
Panoramica dello studio
Stato
Condizioni
Intervento / Trattamento
Descrizione dettagliata
Questo studio prospettico è il primo studio francese che mira a valutare la fattibilità del sequenziamento rapido del trio esoma (meno di 16 giorni tra la firma del consenso informato e la consultazione per la presentazione dei risultati ai genitori) in 15 bambini di età inferiore ai 12 mesi ricoverati in terapia intensiva Unità. I pazienti inclusi avranno un anno di esame di follow-up.
Il principale criterio di valutazione è la resa dei risultati dell'esoma forniti alla famiglia prima di 16 giorni. I criteri di valutazione secondari sono 1/ durata di ogni passaggio fino ai risultati 2/ resa della diagnosi: identificazione dell'eziologia 3/ aggiustamento delle cure mediche consentite dalla diagnosi dell'esoma 4/quantità di sangue necessaria per raggiungere la diagnosi 5/ durata della degenza ospedaliera e numero di visite mediche nell'anno successivo all'inclusione.
Il sequenziamento dell'esoma verrà eseguito in aggiunta all'analisi classica normalmente prescritta. L'assistenza medica non sarà modificata fino alla ricezione dei risultati dell'esoma. Dopo la firma del consenso informato, i campioni di sangue del bambino e di entrambi i genitori verranno utilizzati per il sequenziamento del trio esoma, che comprende 3 fasi: la fase analitica (estrazione del DNA del campione di sangue e sequenziamento ad alto rendimento), la fase bioinformatica e la fase di interpretazione .
Lo studio comprende quattro visite mediche:
1/consulto con un genetista per l'inclusione, 2/consulto con un genetista per fornire i risultati dell'esoma, 3/consulto a 3 mesi dopo i risultati per la conferma del risultato dell'esoma con sanger, 4/consulto a un anno dall'inclusione per follow-up medico.
Tipo di studio
Iscrizione (Effettivo)
Contatti e Sedi
Luoghi di studio
-
-
Hérault
-
Montpellier, Hérault, Francia, 34295
- Medical genetics Arnaud de Villeneuve
-
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Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
Accetta volontari sani
Metodo di campionamento
Popolazione di studio
Descrizione
Criterio di inclusione:
- Neonato di età inferiore ai 12 mesi, ricoverato in terapia intensiva.
- Neonato con malformazioni congenite multiple o sintomi neurologici per i quali si sospetta un'origine genetica ma geneticamente non diagnosticata.
- Neonato per il quale entrambi i genitori biologici hanno dato il consenso allo studio, analisi genetica per se stessi e per il loro bambino.
- Neonato e genitori iscritti al servizio sanitario nazionale francese
Criteri di esclusione:
- Assenza di uno o entrambi i campioni parentali.
- Diagnosi genetica precisa fatta prima o dopo la nascita con studi cromosomici (es: sindrome di Down), Sanger (es: amiotrofia spinale infantile) (es: sindrome di Prader-Willi) o tripletta amplificata (es: miotonia neonatale di Steinert).
- Forte evidenza clinica per studi di metilazione cromosomica (es: sindrome di Down), Sanger (es: amiotrofia spinale infantile) (es: sindrome di Prader-Willi) o tripletta (es: miotonia neonatale di Steinert).
- Impossibilità per uno o entrambi i genitori di dare il proprio consenso
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
- Modelli osservazionali: Coorte
- Prospettive temporali: Prospettiva
Coorti e interventi
Gruppo / Coorte |
Intervento / Trattamento |
|---|---|
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15 pazienti ed entrambi i genitori.
I pazienti sono di età pari o inferiore a 12 mesi ricoverati in terapia intensiva affetti da malformazioni congenite multiple e/o sintomi neurologici.
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Il sequenziamento dell'esoma richiede passaggi analitici, bioinformatici e interpretativi.
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
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Resa dei risultati dell'esoma forniti alla famiglia prima di 16 giorni
Lasso di tempo: 16 giorni al massimo dopo l'inclusione
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numero di giorni tra la raccolta del campione e i risultati
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16 giorni al massimo dopo l'inclusione
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Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
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Durata di ciascuna fase fino ai risultati (la fase analitica, la fase bioinformatica, la fase interpretativa).
Lasso di tempo: 16 giorni al massimo dopo l'inclusione
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numero di giorni tra la raccolta del campione e i risultati
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16 giorni al massimo dopo l'inclusione
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Rendimento diagnostico: identificazione dell'eziologia
Lasso di tempo: 3 mesi
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numero di giorni tra il prelievo del campione e la conferma diagnostica
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3 mesi
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Adeguamento delle cure mediche consentito dalla diagnosi dell'esoma
Lasso di tempo: 16 giorni al massimo dopo l'inclusione
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Eventuali aggiunte o soppressioni di un esame diagnostico, cure mediche specifiche per la patologia diagnosticata o screening di una complicanza nota
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16 giorni al massimo dopo l'inclusione
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Quantità di sangue necessaria per ottenere la diagnosi
Lasso di tempo: 16 giorni al massimo dopo l'inclusione
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volume di sangue necessario per ottenere la diagnosi
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16 giorni al massimo dopo l'inclusione
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Quantità di sangue necessaria per ottenere la diagnosi
Lasso di tempo: 16 giorni al massimo dopo l'inclusione
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numero di campioni necessari per ottenere la diagnosi
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16 giorni al massimo dopo l'inclusione
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durata della degenza ospedaliera nell'anno successivo all'inserimento
Lasso di tempo: un anno dopo l'inclusione
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numero di giorni di degenza ospedaliera nell'anno
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un anno dopo l'inclusione
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numero di visite mediche nell'anno successivo all'inclusione
Lasso di tempo: un anno dopo l'inclusione
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numero di visite mediche nell'anno
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un anno dopo l'inclusione
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Collaboratori e investigatori
Sponsor
Investigatori
- Investigatore principale: Marjolaine WILLEMS, Medical genetics Arnaud de Villeneuve
Pubblicazioni e link utili
Pubblicazioni generali
- Acikalin A, Bagir EK, Torun G, Ates BT, Erdogan S, Uguz A, Ergin M, Buyukkurt S, Ozgunen FT, Tunali N, Gumurdulu D. Perinatal autopsy evaluation of 2150 autopsies in the Cukurova region of Turkey. Turk Patoloji Derg. 2014;30(3):189-94. doi: 10.5146/tjpath.2014.01266.
- Baird PA, Anderson TW, Newcombe HB, Lowry RB. Genetic disorders in children and young adults: a population study. Am J Hum Genet. 1988 May;42(5):677-93.
- Bonnet D. [Genetics of congenital heart diseases]. Presse Med. 2017 Jun;46(6 Pt 1):612-619. doi: 10.1016/j.lpm.2017.05.014. Epub 2017 Jun 2. French.
- Dhiman V. Molecular Genetics of Epilepsy: A Clinician's Perspective. Ann Indian Acad Neurol. 2017 Apr-Jun;20(2):96-102. doi: 10.4103/aian.AIAN_447_16.
- Grandemange S, Sanchez E, Louis-Plence P, Tran Mau-Them F, Bessis D, Coubes C, Frouin E, Seyger M, Girard M, Puechberty J, Costes V, Rodiere M, Carbasse A, Jeziorski E, Portales P, Sarrabay G, Mondain M, Jorgensen C, Apparailly F, Hoppenreijs E, Touitou I, Genevieve D. A new autoinflammatory and autoimmune syndrome associated with NLRP1 mutations: NAIAD (NLRP1-associated autoinflammation with arthritis and dyskeratosis). Ann Rheum Dis. 2017 Jul;76(7):1191-1198. doi: 10.1136/annrheumdis-2016-210021. Epub 2016 Dec 13.
- Hack M, Taylor HG, Drotar D, Schluchter M, Cartar L, Andreias L, Wilson-Costello D, Klein N. Chronic conditions, functional limitations, and special health care needs of school-aged children born with extremely low-birth-weight in the 1990s. JAMA. 2005 Jul 20;294(3):318-25. doi: 10.1001/jama.294.3.318.
- McCandless SE, Brunger JW, Cassidy SB. The burden of genetic disease on inpatient care in a children's hospital. Am J Hum Genet. 2004 Jan;74(1):121-7. doi: 10.1086/381053. Epub 2003 Dec 12. Erratum In: Am J Hum Genet. 2004 Apr;74(4):788.
- Musante L, Ropers HH. Genetics of recessive cognitive disorders. Trends Genet. 2014 Jan;30(1):32-9. doi: 10.1016/j.tig.2013.09.008. Epub 2013 Oct 28.
- Pabinger S, Dander A, Fischer M, Snajder R, Sperk M, Efremova M, Krabichler B, Speicher MR, Zschocke J, Trajanoski Z. A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data. Brief Bioinform. 2014 Mar;15(2):256-78. doi: 10.1093/bib/bbs086. Epub 2013 Jan 21.
- Packer JS, Maxwell EK, O'Dushlaine C, Lopez AE, Dewey FE, Chernomorsky R, Baras A, Overton JD, Habegger L, Reid JG. CLAMMS: a scalable algorithm for calling common and rare copy number variants from exome sequencing data. Bioinformatics. 2016 Jan 1;32(1):133-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btv547. Epub 2015 Sep 17.
- Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, Grody WW, Hegde M, Lyon E, Spector E, Voelkerding K, Rehm HL; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015 May;17(5):405-24. doi: 10.1038/gim.2015.30. Epub 2015 Mar 5.
- Van der Auwera GA, Carneiro MO, Hartl C, Poplin R, Del Angel G, Levy-Moonshine A, Jordan T, Shakir K, Roazen D, Thibault J, Banks E, Garimella KV, Altshuler D, Gabriel S, DePristo MA. From FastQ data to high confidence variant calls: the Genome Analysis Toolkit best practices pipeline. Curr Protoc Bioinformatics. 2013;43(1110):11.10.1-11.10.33. doi: 10.1002/0471250953.bi1110s43.
- Vissers LE, Gilissen C, Veltman JA. Genetic studies in intellectual disability and related disorders. Nat Rev Genet. 2016 Jan;17(1):9-18. doi: 10.1038/nrg3999. Epub 2015 Oct 27.
- Zlotogora J, Shalev SA. The consequences of consanguinity on the rates of malformations and major medical conditions at birth and in early childhood in inbred populations. Am J Med Genet A. 2010 Aug;152A(8):2023-8. doi: 10.1002/ajmg.a.33537.
- Cunniff C, Carmack JL, Kirby RS, Fiser DH. Contribution of heritable disorders to mortality in the pediatric intensive care unit. Pediatrics. 1995 May;95(5):678-81.
- FitzPatrick DR, Skeoch CH, Tolmie JL. Genetic aspects of admissions to a paediatric intensive care unit. Arch Dis Child. 1991 May;66(5):639-41. doi: 10.1136/adc.66.5.639.
- Gilissen C, Hoischen A, Brunner HG, Veltman JA. Unlocking Mendelian disease using exome sequencing. Genome Biol. 2011 Sep 14;12(9):228. doi: 10.1186/gb-2011-12-9-228.
- Hildreth A, Wigby K, Chowdhury S, Nahas S, Barea J, Ordonez P, Batalov S, Dimmock D, Kingsmore S; RCIGM Investigators. Rapid whole-genome sequencing identifies a novel homozygous NPC1 variant associated with Niemann-Pick type C1 disease in a 7-week-old male with cholestasis. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2017 Sep 1;3(5):a001966. doi: 10.1101/mcs.a001966. Print 2017 Sep.
- Kingsmore SF, Petrikin J, Willig LK, Guest E. Emergency medical genomes: a breakthrough application of precision medicine. Genome Med. 2015 Jul 30;7(1):82. doi: 10.1186/s13073-015-0201-z. eCollection 2015.
- Lalani SR. Current Genetic Testing Tools in Neonatal Medicine. Pediatr Neonatol. 2017 Apr;58(2):111-121. doi: 10.1016/j.pedneo.2016.07.002. Epub 2016 Sep 28.
- Lee H, Deignan JL, Dorrani N, Strom SP, Kantarci S, Quintero-Rivera F, Das K, Toy T, Harry B, Yourshaw M, Fox M, Fogel BL, Martinez-Agosto JA, Wong DA, Chang VY, Shieh PB, Palmer CG, Dipple KM, Grody WW, Vilain E, Nelson SF. Clinical exome sequencing for genetic identification of rare Mendelian disorders. JAMA. 2014 Nov 12;312(18):1880-7. doi: 10.1001/jama.2014.14604.
- Petrikin JE, Willig LK, Smith LD, Kingsmore SF. Rapid whole genome sequencing and precision neonatology. Semin Perinatol. 2015 Dec;39(8):623-31. doi: 10.1053/j.semperi.2015.09.009. Epub 2015 Oct 29.
- Reardon S. Fast genetic sequencing saves newborn lives. Nature. 2014 Oct 2;514(7520):13-4. doi: 10.1038/514013a. No abstract available.
- Saunders CJ, Miller NA, Soden SE, Dinwiddie DL, Noll A, Alnadi NA, Andraws N, Patterson ML, Krivohlavek LA, Fellis J, Humphray S, Saffrey P, Kingsbury Z, Weir JC, Betley J, Grocock RJ, Margulies EH, Farrow EG, Artman M, Safina NP, Petrikin JE, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid whole-genome sequencing for genetic disease diagnosis in neonatal intensive care units. Sci Transl Med. 2012 Oct 3;4(154):154ra135. doi: 10.1126/scitranslmed.3004041.
- Smith LD, Willig LK, Kingsmore SF. Whole-Exome Sequencing and Whole-Genome Sequencing in Critically Ill Neonates Suspected to Have Single-Gene Disorders. Cold Spring Harb Perspect Med. 2015 Dec 18;6(2):a023168. doi: 10.1101/cshperspect.a023168.
- Soden SE, Saunders CJ, Willig LK, Farrow EG, Smith LD, Petrikin JE, LePichon JB, Miller NA, Thiffault I, Dinwiddie DL, Twist G, Noll A, Heese BA, Zellmer L, Atherton AM, Abdelmoity AT, Safina N, Nyp SS, Zuccarelli B, Larson IA, Modrcin A, Herd S, Creed M, Ye Z, Yuan X, Brodsky RA, Kingsmore SF. Effectiveness of exome and genome sequencing guided by acuity of illness for diagnosis of neurodevelopmental disorders. Sci Transl Med. 2014 Dec 3;6(265):265ra168. doi: 10.1126/scitranslmed.3010076.
- Thevenon J, Duffourd Y, Masurel-Paulet A, Lefebvre M, Feillet F, El Chehadeh-Djebbar S, St-Onge J, Steinmetz A, Huet F, Chouchane M, Darmency-Stamboul V, Callier P, Thauvin-Robinet C, Faivre L, Riviere JB. Diagnostic odyssey in severe neurodevelopmental disorders: toward clinical whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test. Clin Genet. 2016 Jun;89(6):700-7. doi: 10.1111/cge.12732. Epub 2016 Apr 26.
- Willig LK, Petrikin JE, Smith LD, Saunders CJ, Thiffault I, Miller NA, Soden SE, Cakici JA, Herd SM, Twist G, Noll A, Creed M, Alba PM, Carpenter SL, Clements MA, Fischer RT, Hays JA, Kilbride H, McDonough RJ, Rosterman JL, Tsai SL, Zellmer L, Farrow EG, Kingsmore SF. Whole-genome sequencing for identification of Mendelian disorders in critically ill infants: a retrospective analysis of diagnostic and clinical findings. Lancet Respir Med. 2015 May;3(5):377-87. doi: 10.1016/S2213-2600(15)00139-3. Epub 2015 Apr 27.
- Yang Y, Muzny DM, Reid JG, Bainbridge MN, Willis A, Ward PA, Braxton A, Beuten J, Xia F, Niu Z, Hardison M, Person R, Bekheirnia MR, Leduc MS, Kirby A, Pham P, Scull J, Wang M, Ding Y, Plon SE, Lupski JR, Beaudet AL, Gibbs RA, Eng CM. Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med. 2013 Oct 17;369(16):1502-11. doi: 10.1056/NEJMoa1306555. Epub 2013 Oct 2.
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