Korkean suorituskyvyn RNA-sekvensoinnin ja kokonaisten genomien sekvensoinnin osuus älyllisen vamman diagnosoinnissa (DI-WA)

Älyllinen vamma (ID) on kliinisesti ja geneettisesti heterogeeninen sairaus, joka usein johtaa diagnostiseen odysseiaan.

Korkean suorituskyvyn sekvensoinnin (HTS) ja erityisesti exome-sekvensoinnin (WES) käyttöönotto on mahdollistanut monien ID:stä vastuussa olevien geenien tunnistamisen. WES ei kuitenkaan tunnista ID:n syytä noin kahdella kolmasosalla potilaista, mikä johtuu esimerkiksi kaikkien eksonien epätasaisesta syvyydestä ja peittävyydestä tai muunnelmien sijainnista ei-eksonisilla alueilla. Siten on osoitettu, että genomin sekvensointi (WGS), jota käytetään edelleen harvoin, koska se on monimutkaisempi ja kalliimpi, olisi tehokkaampi, ja odotettu diagnostinen osuus on noin 60 %.

Vastauksena HTS:n valtavaan panokseen harvinaisista sairauksista kärsivien potilaiden diagnosoinnissa Ranska on käynnistänyt France Plan Médecine Genomique 2025 (PFMG2025) -ohjelman ottaakseen käyttöön HTS-alustoja, jotka pystyvät suorittamaan WGS-, WES- ja RNA-sekvensointia (RNA) -seq) ja pilottitutkimukset näiden tutkimusten määräämismenettelyjen määrittelemiseksi. Kaksi näiden tekniikoiden kustannustehokkuusarviointia verrattuna nykyiseen ID:n diagnosointistrategiaan on parhaillaan käynnissä tai suunnitteilla Ranskassa lyhyellä aikavälillä: 1) PRME DISSEQ, jossa verrataan suurta DI459-paneelia WES:ään, 2) DEFIDIAG-pilotti. PFMG2025:n tutkimus, jossa verrataan WGS:ää trio vs yksin, vs. nykyinen strategia. Ei kuitenkaan ole olemassa tutkimuksia, joissa tutkittaisiin RNA-seq:n paikkaa ID-diagnostisessa päätöspuussa.

Joillakin patogeenisillä muunnelmilla on kuitenkin todennäköisesti vaikutusta transkriptioon. WES/WGS voi havaita ne, mutta eivät pysty vahvistamaan niiden patogeenisuutta, koska se keskittyy genomiseen DNA:han. Vain RNA-seq mahdollistaa ehdokasgeenien transkription tutkimisen suuressa mittakaavassa, mikä tarjoaa lisätodisteita sekä tunnetuista geeneistä ihmisen patologiassa (OMIM) että ehdokasgeeneistä.

RNA-seq nostaisi diagnostista määrää 10 prosentista 35 prosenttiin WGS:n lisäksi negatiivisilla potilailla, joilla on ensilinjan lähestymistapa (mukaan lukien WES), ja näin ollen optimoidaan hallintaa vähentämällä diagnostisia viiveitä osana yksilöllistä hoitopolkua.