Contributo del sequenziamento dell'RNA ad alto rendimento combinato con il sequenziamento di interi genomi nella diagnosi di disabilità intellettiva (DI-WA)

La disabilità intellettiva (ID) è una condizione clinicamente e geneticamente eterogenea che spesso si traduce in un'odissea diagnostica.

L'implementazione del sequenziamento ad alto rendimento (HTS) e in particolare del sequenziamento dell'esoma (WES) ha permesso di identificare molti geni responsabili dell'ID. Tuttavia, il WES non identifica la causa dell'ID in circa due terzi dei pazienti, a causa, ad esempio, della profondità e della copertura non uniformi di tutti gli esoni o della posizione delle varianti in aree non esoniche. È stato così dimostrato che il sequenziamento del genoma (WGS), ancora poco utilizzato perché più complesso e costoso, sarebbe più efficiente, con un tasso diagnostico atteso intorno al 60%.

In risposta al massiccio contributo di HTS nella diagnosi di pazienti affetti da malattie rare, la Francia ha lanciato il France Plan Médecine Genomique 2025 (PFMG2025) per implementare piattaforme HTS, che saranno in grado di eseguire WGS, WES e sequenziamento dell'RNA (RNA -seq), e studi pilota per definire le modalità di prescrizione di tali esami. Due valutazioni di costo-efficacia di queste tecnologie, rispetto all'attuale strategia per la diagnosi di DI, sono attualmente in corso o pianificate a breve termine in Francia: 1) PRME DISSEQ, confrontando il grande pannello DI459 rispetto a WES, 2) il progetto pilota DEFIDIAG studio del PFMG2025 che confronta WGS, in trio contro solista, rispetto alla strategia attuale. Tuttavia, non ci sono studi che esaminano il posto dell'RNA-seq nell'albero decisionale diagnostico ID.

Tuttavia, è probabile che alcune variazioni patogene abbiano un effetto sulla trascrizione. WES/WGS può rilevarli ma non è in grado di affermare la loro patogenicità perché si concentra sul DNA genomico. Solo l'RNA-seq consente di studiare la trascrizione di geni candidati su larga scala, fornendo un ulteriore livello di evidenza sia sui geni noti in patologia umana (OMIM) che sui geni candidati.

L'RNA-seq aumenterebbe il tasso diagnostico dal 10% al 35% in aggiunta al WGS nei pazienti negativi con approcci di prima linea (incluso WES) e quindi ottimizzerebbe la gestione riducendo i ritardi diagnostici come parte di un percorso di cura personalizzato.