Apport du séquençage d'ARN à haut débit combiné au séquençage de génomes entiers dans le diagnostic de la déficience intellectuelle (DI-WA)
Contribution du séquençage d'ARN à haut débit combiné au séquençage de génomes entiers dans le diagnostic de la déficience intellectuelle.
La déficience intellectuelle (DI) est une condition cliniquement et génétiquement hétérogène qui se traduit souvent par une odyssée diagnostique.
Le déploiement du séquençage à haut débit (HTS) et en particulier du séquençage des exomes (WES) a permis d'identifier de nombreux gènes responsables de la DI. Cependant, le WES n'identifie pas la cause de la DI chez environ deux tiers des patients, en raison, par exemple, de la profondeur et de la couverture inégales de tous les exons, ou de la localisation des variants dans des zones non exoniques. Il a ainsi été montré que le séquençage du génome (WGS), encore peu utilisé car plus complexe et coûteux, serait plus efficace, avec un taux de diagnostic attendu de l'ordre de 60 %.
En réponse à l'apport massif des SHD dans le diagnostic des patients atteints de maladies rares, la France a lancé le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025) pour déployer des plateformes SHD, qui pourront réaliser des séquençages WGS, WES et ARN (RNA -seq), et des études pilotes pour définir les modalités de prescription de ces examens. Deux évaluations coût-efficacité de ces technologies, en comparaison avec la stratégie actuelle de diagnostic de la DI, sont actuellement en cours ou prévues à court terme en France : 1) PRME DISSEQ, comparant le large panel DI459 versus WES, 2) le pilote DEFIDIAG étude du PFMG2025 comparant WGS, en trio versus solo, versus stratégie actuelle. Cependant, il n'y a pas d'études examinant la place de l'ARN-seq dans l'arbre de décision de diagnostic ID.
Cependant, certaines variations pathogènes sont susceptibles d'avoir un effet sur la transcription. WES/WGS peut les détecter mais n'est pas en mesure d'affirmer leur pathogénicité car il se concentre sur l'ADN génomique. Seul le RNA-seq permet d'étudier la transcription de gènes candidats à grande échelle, apportant un niveau de preuve supplémentaire à la fois sur les gènes connus en pathologie humaine (OMIM) et sur les gènes candidats.
Le RNA-seq permettrait d'augmenter le taux de diagnostic de 10% à 35% en plus du WGS chez les patients négatifs avec des approches de première ligne (dont WES) et ainsi d'optimiser la prise en charge en réduisant les délais de diagnostic dans le cadre d'un parcours de soins personnalisé.
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Intervention / Traitement
Type d'étude
Inscription (Réel)
Contacts et emplacements
Lieux d'étude
-
-
-
Dijon, France, 21000
- CHU Dijon Bourgogne
-
-
Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
- Enfant
- Adulte
- Adulte plus âgé
Accepte les volontaires sains
Sexes éligibles pour l'étude
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critère d'intégration:
- personnes ayant une déficience intellectuelle sans diagnostic clinique évident,
- les individus avec un tableau normal de CGH et des explorations génétiques négatives antérieures (WES-solo ou WES-trio),
- les individus dont le prélèvement est possible dans le cas index et les 2 parents biologiques afin de réaliser un séquençage en trio,
- les personnes ayant donné leur consentement écrit (consentement du ou des représentants légaux si le patient est mineur ou incapable),
- les personnes dont les parents biologiques ont donné leur accord pour être échantillonnés,
- les personnes affiliées ou bénéficiaires du système national d'assurance maladie.
Critère d'exclusion:
- femme enceinte ou allaitante,
- les individus pour lesquels il existe une hypothèse diagnostique considérée comme hautement probable et pour lesquels un test moléculaire disponible en routine a un coût moindre que le génome,
- personne dont les parents refusent de participer à l'étude
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
|---|---|
|
Les patients
|
séquençage par WGS et RNA-seq
|
|
Parents
|
séquençage par WGS
|
Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
|---|---|---|
|
diagnostic étiologique complémentaire de déficience intellectuelle
Délai: Au moment de l'analyse
|
Identification de diagnostic étiologique complémentaire de déficience intellectuelle par la stratégie du trio WGS-seq + RNA-seq vs trio WGS.
|
Au moment de l'analyse
|
Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Réel)
Achèvement de l'étude (Réel)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- TRAN MAU-THEM PHRCI 2017
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .