Wkład wysokowydajnego sekwencjonowania RNA w połączeniu z sekwencjonowaniem całych genomów w diagnostyce niepełnosprawności intelektualnej (DI-WA)

Niepełnosprawność intelektualna (ID) jest klinicznie i genetycznie heterogennym schorzeniem, które często prowadzi do odysei diagnostycznej.

Zastosowanie wysokoprzepustowego sekwencjonowania (HTS), aw szczególności sekwencjonowania egzomu (WES), umożliwiło zidentyfikowanie wielu genów odpowiedzialnych za ID. Jednak WES nie identyfikuje przyczyny ID u około 2/3 pacjentów, np. ze względu na nierówną głębokość i pokrycie wszystkich egzonów lub lokalizację wariantów w obszarach nieegzonicznych. W ten sposób wykazano, że sekwencjonowanie genomu (WGS), które wciąż jest rzadko stosowane, ponieważ jest bardziej złożone i kosztowne, byłoby bardziej wydajne, a oczekiwany wskaźnik diagnostyczny wynosiłby około 60%.

W odpowiedzi na ogromny wkład HTS w diagnostykę pacjentów cierpiących na rzadkie choroby, Francja uruchomiła France Plan Médecine Genomique 2025 (PFMG2025) w celu wdrożenia platform HTS, które będą w stanie przeprowadzać sekwencjonowanie WGS, WES i RNA (RNA -seq) oraz badania pilotażowe w celu zdefiniowania warunków zalecania tych badań. Dwie oceny opłacalności tych technologii, w porównaniu z obecną strategią diagnozy ID, są obecnie w toku lub są planowane w krótkim okresie we Francji: 1) PRME DISSEQ, porównanie dużego panelu DI459 z WES, 2) pilotaż DEFIDIAG badanie PFMG2025 porównujące WGS, w trio kontra solo, z obecną strategią. Nie ma jednak badań oceniających miejsce sekwencji RNA w diagnostycznym drzewie decyzyjnym ID.

Jednak niektóre patogenne odmiany mogą mieć wpływ na transkrypcję. WES/WGS może je wykryć, ale nie jest w stanie potwierdzić ich patogeniczności, ponieważ koncentruje się na genomowym DNA. Tylko seq RNA umożliwia badanie transkrypcji genów kandydujących na dużą skalę, zapewniając dodatkowy poziom dowodów zarówno na geny znane w patologii człowieka (OMIM), jak i geny kandydujące.

Sekwencja RNA zwiększyłaby wskaźnik diagnostyczny z 10% do 35% oprócz WGS u pacjentów z ujemnym wynikiem z podejściami pierwszego rzutu (w tym WES), a tym samym zoptymalizowałaby zarządzanie poprzez zmniejszenie opóźnień diagnostycznych w ramach spersonalizowanej ścieżki opieki.