Koko eksomin sekvensointi ja koko genomin sekvensointi ei-immuunisille sikiön/vastasyntyneille
maanantai 13. heinäkuuta 2026 päivittänyt: Huda Al-Kouatly, Thomas Jefferson University
Lyhyt yhteenveto: Nonimmune hydrops fetalis (NIHF) on mahdollisesti kuolemaan johtava tila, jolle on tunnusomaista epänormaali nesteen kerääntyminen kahdessa tai useammassa sikiöosastossa.
Lukuisat syyt voivat johtaa NIHF:ään, ja perimmäinen syy jää usein epäselväksi (1).
Nykyinen geneettisen diagnostisen testauksen standardi sisältää sikiön karyotyypin ja kromosomaalisen mikrosirun (CMA) sekä mahdollisuuden jatkaa yhden geenin testaamista lapsivesisoluilla, jotka on kerätty amniosenteesin avulla (2).
Suuri NIHF-syiden alaryhmä sisältää yhden geenin häiriöt, joita ei diagnosoida hydropsin tavanomaisella geneettisellä käsittelyllä.
Tällä hetkellä lähes yksi viidestä NIHF-tapauksesta määritellään idiopaattiseksi, mikä tarkoittaa, että etiologiaa ei ole tunnistettu (2).
Tutkijat uskovat tämän johtuvan siitä, että NIHF:n syitä ei ole täysin tutkittu, erityisesti yhden geenin häiriöt.
Tutkimuksemme pyrkii lisäämään diagnostista tuottoa suorittamalla koko eksomisekvenssin (WES) ja koko genomin sekvensoinnin (WGS) prenataalisille ja vastasyntyneille NIHF-tapauksille, kun standardi geneettinen testaus on negatiivinen, tunnistamalla tunnetut ja uudet geenit ja tarjoamalla näin perheille elintärkeää tietoa liittyen erityinen diagnoosi ja tulevien raskauksien riski.
Tutkijat suunnittelevat suorittavansa WES:n ensimmäisenä diagnostisena testinä.
Jos WES on negatiivinen, tutkijat jatkavat WGS:n suorittamista.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Valmis
Yksityiskohtainen kuvaus
Tämä on prospektiivinen kohorttitutkimussuunnitelma sikiöille tai vastasyntyneille, joilla on NIHF.
Äiti-isä-sikiö-kolmiot, jotka ovat komplisoituneet idiopaattisen ei-immuunijärjestelmän sikiön hydropsien vuoksi.
Näitä potilaita neuvoo äidin ja sikiön lääketieteen asiantuntija, kuten normaalisti.
Osana rutiinitutkimusta suositellaan amniosenteesiä karyotyypin, CMA:n ja tartuntatutkimuksen osalta.
Lapsivesitutkimuksen tekee lähettävän laitoksen äitiys-sikiön lääketieteen asiantuntija.
Potilaalle tarjotaan myös geneettistä neuvontaa (rutiinia).
Koehenkilöille tarjotaan ilmoittautumista, kun osallistumiskriteerit täyttyvät.
Ilmoittautumisen jälkeen otetaan seuraavat näytteet: (1) äidin veri (2) isän veri, (3) sikiön DNA, joka on eristetty lapsisoluista (4) vastasyntyneen veri, kun lähete tehdään postnataalisesti.
WES-tulokset raportoidaan tutkimukselle omistautuneelle geneettiselle neuvonantajalle.
Geenineuvoja ottaa yhteyttä vanhempiin ja neuvoo löydöksistä, olivatko ne positiivisia vai negatiivisia.
Tulos välitetään myös potilaan ensisijaiselle MFM-palveluntarjoajalle tai lastenlääkärille, ja ensisijainen palveluntarjoaja lähettää asianmukaiset lähetteet lastengenetiikan asiantuntijoille.
Jos geneettistä häiriötä ei tunnisteta, näyte varastoidaan ja sen jälkeen suoritetaan koko genomin sekvensointi.
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Todellinen)
55
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskelupaikat
-
-
Pennsylvania
-
Philadelphia, Pennsylvania, Yhdysvallat, 19107
- Thomas Jefferson University
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
12 vuotta - 51 vuotta (Lapsi, Aikuinen)
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Ei
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Potilaat rekrytoidaan MFM-lääkäreistä, lastenlääkäreistä ja neonatologeista.
Kuvaus
Seuraavat osallistumiskriteerit ovat voimassa:
- Sikiön hydropsit tunnistetaan milloin tahansa raskauden aikana ensimmäisen kolmanneksen jälkeen
- Vanhemmat suunnittelevat amniocenteesin jatkamista rutiininomaisena hydropsin hoitona.
- Molemmat vanhemmat ovat käytettävissä verinäytteitä varten
- Normaali CMA ja normaali karyotyyppi, jos se suoritetaan
- Parvovirus B19:n, sytomegaloviruksen, toksoplasmoosin ja kupan negatiivinen käsittely
- Negatiivinen sikiön sikiön verenvuodon aiheuttaja hydropsin aiheuttajana Vastasyntyneen hydrops-tapauksissa invasiivisen prenataalisen testauksen kriteereitä ei vaadita, koska synnytyksen jälkeinen verinäyte hydropisesta lapsesta on proband-DNA:n lähde.
Seuraavat poissulkemiskriteerit ovat voimassa:
- Microarray oli epänormaali tai karyotyyppi oli epänormaali
- Synnynnäisestä tulehduksesta johtuvat vesiputket
- Sikiön verenvuoto oli hydropsin dokumentoitu etiologia
- Vanhempien DNA:ta ei voida saada kummaltakaan vanhemmalta
- Luovuttajamunaa tai luovuttajan siittiöitä käytettiin hedelmöittymiseen
- Sikiö/vauva, jolla on diagnosoitu lysosomaalisen varastoinnin sairaus
- Raskaana oleva nainen tai alle 16-vuotiaan lapsen isä
- Hydrops diagnosoitiin samanaikaisesti kohdunsisäisen sikiön kuoleman kanssa
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Havaintomallit: Kohortti
- Aikanäkymät: Tulevaisuuden
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Sikiöt
Lapsivesinäytteistä saatu DNA
|
Koko eksomien sekvensointi (WES) tarjoaa yksityiskohtaisempaa tietoa suuremman resoluution avulla, tunnistaen yksittäisen emäsparin muutokset ja pienet lisäykset ja poistot.
WES suorittaa sekvensoinnin proteiinia koodaaville eksoneille, joita on 1-2 % genomista, mutta jotka muodostavat yli 85 % kaikista tunnetuista patogeenisistä mutaatioista.
Koko genomisekvenssi (WGS) on viime vuosina noussut esiin diagnostisena työkaluna, joka sekvensoi koko genomin ja voi poimia emästen, rakenteellisten varianttien ja intronien yksittäisen nukleotidin variaatioiden insertioita tai deleetioita.
|
|
Vastasyntyneet
Vastasyntyneiden verinäytteistä saatu DNA
|
Koko eksomien sekvensointi (WES) tarjoaa yksityiskohtaisempaa tietoa suuremman resoluution avulla, tunnistaen yksittäisen emäsparin muutokset ja pienet lisäykset ja poistot.
WES suorittaa sekvensoinnin proteiinia koodaaville eksoneille, joita on 1-2 % genomista, mutta jotka muodostavat yli 85 % kaikista tunnetuista patogeenisistä mutaatioista.
Koko genomisekvenssi (WGS) on viime vuosina noussut esiin diagnostisena työkaluna, joka sekvensoi koko genomin ja voi poimia emästen, rakenteellisten varianttien ja intronien yksittäisen nukleotidin variaatioiden insertioita tai deleetioita.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Aikaikkuna |
|---|---|
|
Tunnista tunnetut yksittäisen geenin häiriöt, joita mikrosiru ei havaitse ei-immuunisten sikiön hydropsien syynä suorittamalla koko eksomisekvenssi (WES)
Aikaikkuna: 5 vuotta
|
5 vuotta
|
|
Tunnista uudet geneettiset häiriöt, jotka liittyvät ei-immuunisiin hydropsiin
Aikaikkuna: 5 vuotta
|
5 vuotta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Aikaikkuna |
|---|---|
|
Arvioi koko genomin sekvensoinnin (WGS) lisäarvo sikiön hydropsien arvioinnissa, kun WES on negatiivinen
Aikaikkuna: 5 vuotta
|
5 vuotta
|
|
Neuvo vanhempia paremmin hydropsin etiologiasta, varsinkin jos he haluavat myöhemmän raskauden
Aikaikkuna: 5 vuotta
|
5 vuotta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Tutkijat
- Päätutkija: Huda B Al-Kouatly, MD, Thomas Jefferson University
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Whybra C, Mengel E, Russo A, Bahlmann F, Kampmann C, Beck M, Eich E, Mildenberger E. Lysosomal storage disorder in non-immunological hydrops fetalis (NIHF): more common than assumed? Report of four cases with transient NIHF and a review of the literature. Orphanet J Rare Dis. 2012 Nov 8;7:86. doi: 10.1186/1750-1172-7-86.
- Lionel AC, Costain G, Monfared N, Walker S, Reuter MS, Hosseini SM, Thiruvahindrapuram B, Merico D, Jobling R, Nalpathamkalam T, Pellecchia G, Sung WWL, Wang Z, Bikangaga P, Boelman C, Carter MT, Cordeiro D, Cytrynbaum C, Dell SD, Dhir P, Dowling JJ, Heon E, Hewson S, Hiraki L, Inbar-Feigenberg M, Klatt R, Kronick J, Laxer RM, Licht C, MacDonald H, Mercimek-Andrews S, Mendoza-Londono R, Piscione T, Schneider R, Schulze A, Silverman E, Siriwardena K, Snead OC, Sondheimer N, Sutherland J, Vincent A, Wasserman JD, Weksberg R, Shuman C, Carew C, Szego MJ, Hayeems RZ, Basran R, Stavropoulos DJ, Ray PN, Bowdin S, Meyn MS, Cohn RD, Scherer SW, Marshall CR. Improved diagnostic yield compared with targeted gene sequencing panels suggests a role for whole-genome sequencing as a first-tier genetic test. Genet Med. 2018 Apr;20(4):435-443. doi: 10.1038/gim.2017.119. Epub 2017 Aug 3.
- Taylor JC, Martin HC, Lise S, Broxholme J, Cazier JB, Rimmer A, Kanapin A, Lunter G, Fiddy S, Allan C, Aricescu AR, Attar M, Babbs C, Becq J, Beeson D, Bento C, Bignell P, Blair E, Buckle VJ, Bull K, Cais O, Cario H, Chapel H, Copley RR, Cornall R, Craft J, Dahan K, Davenport EE, Dendrou C, Devuyst O, Fenwick AL, Flint J, Fugger L, Gilbert RD, Goriely A, Green A, Greger IH, Grocock R, Gruszczyk AV, Hastings R, Hatton E, Higgs D, Hill A, Holmes C, Howard M, Hughes L, Humburg P, Johnson D, Karpe F, Kingsbury Z, Kini U, Knight JC, Krohn J, Lamble S, Langman C, Lonie L, Luck J, McCarthy D, McGowan SJ, McMullin MF, Miller KA, Murray L, Nemeth AH, Nesbit MA, Nutt D, Ormondroyd E, Oturai AB, Pagnamenta A, Patel SY, Percy M, Petousi N, Piazza P, Piret SE, Polanco-Echeverry G, Popitsch N, Powrie F, Pugh C, Quek L, Robbins PA, Robson K, Russo A, Sahgal N, van Schouwenburg PA, Schuh A, Silverman E, Simmons A, Sorensen PS, Sweeney E, Taylor J, Thakker RV, Tomlinson I, Trebes A, Twigg SR, Uhlig HH, Vyas P, Vyse T, Wall SA, Watkins H, Whyte MP, Witty L, Wright B, Yau C, Buck D, Humphray S, Ratcliffe PJ, Bell JI, Wilkie AO, Bentley D, Donnelly P, McVean G. Factors influencing success of clinical genome sequencing across a broad spectrum of disorders. Nat Genet. 2015 Jul;47(7):717-726. doi: 10.1038/ng.3304. Epub 2015 May 18.
- Raymond M, Critchlow E, Rice SM, Wodoslawsky S, Berger SI, Hegde M, Empey PE, Al-Kouatly HB. Fetal pharmacogenomics: A promising addition to complex neonatal care. Mol Genet Metab. 2022 Sep-Oct;137(1-2):140-145. doi: 10.1016/j.ymgme.2022.08.002. Epub 2022 Aug 12.
- Society for Maternal-Fetal Medicine (SMFM); Norton ME, Chauhan SP, Dashe JS. Society for maternal-fetal medicine (SMFM) clinical guideline #7: nonimmune hydrops fetalis. Am J Obstet Gynecol. 2015 Feb;212(2):127-39. doi: 10.1016/j.ajog.2014.12.018. Epub 2014 Dec 31.
- Rice SM, Varotsis DF, Wodoslawsky S, Critchlow E, Liu R, McLaren RA Jr, Makhamreh MM, Firman B, Berger SI, Al-Kouatly HB. Prenatal Phenotype of Alkuraya-Kucinskas Syndrome: A Novel Case and Systematic Literature Review. Prenat Diagn. 2024 Oct;44(11):1381-1397. doi: 10.1002/pd.6637. Epub 2024 Sep 3.
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Tiistai 15. tammikuuta 2019
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Tiistai 30. joulukuuta 2025
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Keskiviikko 31. joulukuuta 2025
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Tiistai 9. huhtikuuta 2019
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Tiistai 9. huhtikuuta 2019
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Torstai 11. huhtikuuta 2019
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Tiistai 14. heinäkuuta 2026
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Maanantai 13. heinäkuuta 2026
Viimeksi vahvistettu
Keskiviikko 1. heinäkuuta 2026
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- IRB18D.728
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
JOO
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Yhdysvalloissa valmistettu ja sieltä viety tuote
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .