ETUrauhassyövän aggressiivisuuden ja ennusteen geneettiset tutkimukset

Tutkijoilla on seuraavat erityiset tavoitteet:

Tavoite 1. GWAS:n suorittaminen ja GRS:n luominen aggressiiviselle PCa:lle GWAS aggressiiviselle PCa:lle suoritetaan kansainvälisissä kohortteissa, joihin kuuluu 29 896 PCa-potilasta (19 185 ei-aggressiivista sairautta sairastavaa ja 10 711 aggressiivista sairautta). Käyttämällä tämän GWAS:n yhteenvetotilastoja valvotussa koneoppimiskehyksessä, tutkijat pyrkivät luomaan GRS-ennusteen aggressiiviselle PCa:lle.

Tavoite 2. Suorittaa GWAS ja luoda GRS biokemiallista uusiutumista varten Biokemiallisen uusiutumisen GWAS suoritetaan potilaille, joille on tehty radikaali prostatektomia. Kansainvälisen yhteistyön avulla arvioitavaksi on saatavilla 5 397 radikaalileikkattua potilasta, joista biokemiallista uusiutumista esiintyi seurannan aikana 1 071:llä. Kuten tavoitteessa 1, valvottuja koneoppimisalgoritmeja sovelletaan GWAS:n yhteenvetotuloksiin GRS:n luomiseksi biokemiallista toistumista varten.

Tavoite 3. Suorittaa TWAS aggressiivisen sairauden ja biokemiallisen uusiutumisen varalta. Suoritamme monikudos-TWAS:n aggressiiviseen sairauteen ja biokemialliseen uusiutumiseen. Geneettisiä ennustemalleja opetetaan käyttämällä geeniekspressiotietoja, jotka on mitattu 22 kudoksesta yli 3 900 yksilöltä. Näiden ennustemallien avulla geenin ilmentymistasot lasketaan aggressiivisen (tavoite 1) ja biokemiallisen uusiutumisen (tavoite 2) tutkimuspopulaatiossa ja tutkitaan niiden yhteyttä taudin aggressiivisuuteen ja biokemialliseen uusiutumiseen.

Tavoite 4. Arvioida GRS:n kliinistä käännettävyyttä aggressiivisen taudin ja biokemiallisen uusiutumisen varalta. Käyttämällä laajaa populaatiopohjaista ruotsalaista PCa:n havaitsemisen kliinistä tutkimusta, tutkitaan GRS:n kliinistä käyttökelpoisuutta aggressiivisen taudin ja GRS:n biokemiallisen uusiutumisen yhteydessä. Lisäksi arvioidaan 50 DNA-korjausgeenin harvinaisiin patogeenisiin variantteihin perustuva pistemäärä. GRS:n kliininen käyttökelpoisuus määritetään vertaamalla GRS:n lisättyä ennustavaa suorituskykyä vakiintuneiden ennustavien markkerien, havaitsemisen PSA:n, PSA:n, Gleason-pistemäärän ja TNM-vaiheen yläpuolelle biokemiallisen uusiutumisen osalta.