Granulaatiokudoksen rooli parodontaalisen regeneraation aikana

Tämä tutkimus pyrkii selvittämään infran- ja supranluisten granulaatiokudosten biokemiallisia (kudoksen parantumista ja regeneratiivisia) ja mikrobisia (infektioita aiheuttavia) ominaisuuksia ja vertaamaan näitä ominaisuuksia tupakoimattomilla ja tupakoivilla parodontiittipotilailla. Näiden tavoitteiden saavuttamiseksi suunnittelimme 3 tutkimustavoitetta: 1. Vertailla infran- ja supranluisten granulaatiokudosten parantumista ja regeneratiivisia ominaisuuksia tupakoimattomilta parodontiittipotilailta kerätyistä näytteistä käyttäen avoimia proteomiikan työkaluja. 2. Kuvata infran- ja supranluisten granulaatiokudosten infektioita aiheuttavaa komponenttia tupakoimattomilta parodontiittipotilailta kerätyistä näytteistä mikrobiomianalyysin avulla. 3. Vertailla tupakoinnin vaikutusta valittuihin parantumista, regeneratiivisuutta ja virulenssimarkkereita koskeviin indikaattoreihin infranluisissa granulaatiokudoksissa. Päähypoteesimme on, että tupakoivien ja tupakoimattomien potilaiden infran- ja supranluiset granulaatiokudokset eroavat toisistaan parantumista, regeneratiivisuutta ja mikrobista virulenssia koskevien ominaisuuksien osalta, ja infranluinen granulaatiokudos on arvokas resurssi kudoksen regeneraatiossa parodontologisen hoidon jälkeen. Kaikkien yksilöiden demografiset tiedot tallennetaan, ja kunkin hammasen kuudesta kohdasta mitattavat täysi suun näkyvä plakkaindeksi (PI%), taskusyvyys (PPD), kliininen kiinnitystaso (CAL) ja verenvuoto koettaessa (BoP%) pisteet tallennetaan. Huippukuvantaukset otetaan. Ennen kirurgisia toimenpiteitä kaikki potilaat saavat täyden suun skaalauksen ja juuren puhdistuksen. Jäännösluuvikojen kirurgisen hoidon aikana kerätään ensin supranluiset granulaatiokudosnäytteet. Sen jälkeen nostetaan liuska ja kerätään intranluinen granulaatiokudosnäyte. Näytteet sijoitetaan Eppendorf-putkiin, jotka sisältävät 100 µl PBS-liuosta (fosfaattipuskuriliuos, pH = 7,2), ja ne säilytetään -80 °C:ssa laboratorioanalyyseihin asti. Proteomiikan analyysi - kudosnäytteet homogenisoidaan 100 mM ammoniumbikarbonaatti (ABC) puskurissa 2 ml:n vahvistetuissa putkissa, jotka sisältävät 2,8 mm keraamisia (zirkoniumoksidi) helmiä (Cayman Chemical) käyttäen Precellys Bead Mill Homogenizer -laitetta (Bertin). Mikrobiomianalyysi - DNA uutetaan kudosnäytteistä käyttäen DNeasy Blood and Tissue -sarjaa noudattaen valmistajan suosituksia (Qiagen, Saksa) pienin muutoksin. Gelelektroforesiä käyttäen Tapestation 2200 -laitetta (Genomic DNA and D1000 screentapes, Agilent, USA) käytetään osan DNA-uutosten tuotekoon ja puhtauden vahvistamiseen. DNA-pitoisuus mitataan käyttäen sekä Nanodrop- että Qubit dsDNA BR Assay -sarjaa (Thermo Fisher Scientific, USA).

Kohdennettu biokemiallinen analyysi - kaikista kudosnäytteistä mitataan proinflammatoristen (IL-1β, IL-6 ja TNF-α) ja anti-inflammatoristen (IL-4, IL-10) sytokiinien, makrofagien aktivaatioon liittyvien kemokiinien (monosyyttien kemoatraktanttiproteiini C-C-motiiivin kemokiiniligandi 2 (CCL-2/MCP-1), C-C-motiiivin kemokiiniligandi 8 (CCL-8/ MCP-2), C-X-C-motiiivin kemokiiniligandi 9 (CXCL9/MIG) ja C-C-motiiivin ligandi 3 (CCL-3/MIP-1α)) sekä luun uudelleenmuovausmarkkerien (osteoprotegeriini, ydintekijä kappa-B-ligandin reseptorin aktivaattori (RANKL), osteokalsiini, osteopontiin) pitoisuudet Luminex- ja Simoa-tekniikoilla, jotka pystyvät havaitsemaan nämä markkerit femtogramma/ml tasolla. Luminex 200 -helamultiplex-testi on saatavilla Turun yliopiston hammaslääketieteen laitoksen laboratorioissa. Simoa HD-X -analyysaattori on saatavilla Turun yliopistollisen keskussairaalan laboratorioissa. Tilastollinen analyysi: Datajakauman havaitsemisen jälkeen Kolmogorov-Smirnov-testillä, toistettua t-testiä tai ANOVA:ta käytetään tilastollisessa analyysissä normaalijakauman tapauksessa, ja Mann-Whitney U- tai Kruskal Wallis -testejä epänormaalijakauman tapauksessa. Parantumisen ja virulenssimarkkerien korrelaatioiden määrittämisessä käytetään parametrista Pearson-testiä tai ei-parametrista Spearman-testiä jakauman mukaan. Suoritetaan binäärinen logistinen regressioanalyysi tupakoinnin, sukupuolen ja iän mukaisella säätelyllä arvioidessa analyyttien pitoisuuksien ja parantumisvasteen välistä yhteyttä. P < 0,05 katsotaan merkitseväksi. Eettinen hyväksyntä tähän projektiin on saatu Riian Stradiņsin yliopiston tutkimuseettiselta komitealta 28.02.2025. (2-PĒK-4/434/2025). Jokainen potilas tiedotetaan tutkimuksen tavoitteista ja menettelyistä sekä suullisesti että kirjallisen tietoisuustietolomakkeen kautta. Heille ilmoitetaan, että potilassuojalakien mukaisesti heillä on oikeus peruuttaa osallistumisensa milloin tahansa. Potilaalle varmistetaan myös, että tutkimuksesta vetäytyminen ei vaikuta tulevaan hoitosuunnitelmaansa periodontologinsa kanssa. Lisäksi jokainen potilas tiedotetaan, että tässä tutkimuksessa saatua dataa käytetään julkaisujen kirjoittamiseen anonyymisti ja syntetisoidusti. Kaikki potilaskäynnit dokumentoidaan, ja jokaiselle potilaalle annetaan anonyymi potilasnumero. Kaikki tarvittavat korjaukset lääketieteellisiin asiakirjoihin tehdään yliviivaamalla virheellinen teksti yhdellä viivalla ja kirjoittamalla oikea teksti sen viereen. Korjauksen viereen allekirjoittaa kliinikko. Jos tutkimuksen aikana havaitaan sivuvaikutuksia, siitä ilmoitetaan eettiselle komitealle.