Une étude pilote évaluant la diversification et les changements du microbiote intestinal après un voyage en Asie du Sud (Est) depuis les États-Unis (ABROAD)

La diarrhée des voyageurs est la maladie la plus courante chez les voyageurs outre-mer. Les estimations varient, mais l'incidence rapportée se situe entre 30 et 60 %, selon la destination et la saison. Plusieurs organismes ont été impliqués comme causes de la diarrhée du voyageur, mais les bactéries représentent 80 à 90 % des cas. Il existe de plus en plus de preuves que l'intégrité du microbiome intestinal peut être un puissant modulateur des maladies diarrhéiques, et que les infections intestinales et d'autres facteurs, notamment le stress, l'exposition aux antibiotiques et l'alimentation, peuvent perturber la diversité et la composition globale du microbiome. La dysbiose, un état de diversité altérée du microbiote, peut être moins résistante à l'acquisition d'agents pathogènes intestinaux et à la colonisation de multiples organismes résistants aux médicaments. De plus, les perturbations du microbiome pouvant résulter d'un épisode de diarrhée du voyageur peuvent avoir un rôle dans le développement de la diarrhée chronique et du syndrome du côlon irritable post-infectieux.

Cette étude pilote observationnelle prospective vise à obtenir des données préliminaires pour étayer la justification d'une étude de cohorte ultérieure plus importante. Cette étude est conçue pour évaluer la faisabilité, affiner la population cible et tester rapidement les changements qualitatifs et quantitatifs du microbiome après un voyage de courte durée (sept à 21 jours) en Asie du Sud ou du Sud-Est, régions où les taux de diarrhée des voyageurs et de colonisation intestinale avec des bactéries résistantes aux antimicrobiens sont les plus élevées.

La population cible comprendra 10 étudiants de l'Université Emory et/ou des patients de la TravelWell Clinic (TWC) de l'hôpital universitaire Emory qui ont des plans de voyage internationaux. Les participants consentants, volontaires et éligibles effectueront un examen initial d'éligibilité, suivi de visites d'étude avant le voyage, après le voyage à court terme et après le voyage à long terme. Pour déterminer les facteurs spécifiques associés à la modification de la diversité du microbiote intestinal et aux modifications de la présence de gènes codant pour la résistance aux antibiotiques, des questionnaires conçus pour recueillir des données sur la démographie, les antécédents médicaux, le régime alimentaire, la prise alimentaire, les dernières (dans les 12 semaines précédant le voyage évaluation, pendant le voyage ou après le voyage), les antécédents de maladie, l'utilisation de médicaments, l'itinéraire de voyage, les activités de voyage et les comportements à risque liés à la nourriture et à l'eau seront complétés à chaque visite d'étude. Un échantillon de selles sera également fourni à chaque instant. Les participants peuvent également choisir de participer à une sous-étude facultative qui consiste à mettre en banque les restes de selles pour une utilisation future dans la recherche.

L'objectif principal du protocole est de piloter une étude portant sur l'association entre les voyages et les modifications du microbiome intestinal (y compris les composants bactériens et fongiques) et le résistome bactérien et fongique.

L'objectif secondaire du protocole est d'évaluer les modifications du profil du microbiote et le retour à ou vers l'état de pré-voyage en comparant les résultats du séquençage des échantillons de selles avant le voyage aux résultats de séquençage des échantillons de selles à court terme après le voyage et à long terme après le voyage.