Caractérisation de l'évolution du microbiome intestinal après don ou réception d'une greffe de rein (COMET-DR)
Il s'agit d'une étude pilote génératrice d'hypothèses. L'intention est de modéliser l'impact des pratiques périopératoires sur le microbiome intestinal et éventuellement d'associer ces conditions au statut final du microbiome (par exemple, le nombre de gènes de résistance et la diversité associée aux pratiques périopératoires et au statut préopératoire du microbiome). Les participants comprendront des personnes qui subissent une intervention chirurgicale pour recevoir ou donner un rein. Pour déterminer l'évolution de la diversité du microbiote intestinal au fil du temps, des écouvillons rectaux seront prélevés avant la chirurgie et à plusieurs moments après la chirurgie, le dernier écouvillon étant prélevé 30 jours après la chirurgie.
Cette étude pilote vise à obtenir des données préliminaires pour étayer la justification et la conception d'un essai clinique ultérieur. Cette étude vise à comprendre la diversité du microbiote intestinal dans le cadre de la chirurgie de transplantation rénale et la signification clinique de l'utilisation d'antibiotiques et du résistome associé (collection de tous les gènes et précurseurs de résistance aux antibiotiques dans un échantillon).
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Description détaillée
L'émergence d'organismes multirésistants aux médicaments (MDRO) est une menace croissante pour la santé publique mondiale et est associée à une morbidité et une mortalité élevées dans la population générale et dans la population de transplantation d'organes solides. La diversité du microbiote intestinal peut fournir des barrières fonctionnelles et spatiales à la colonisation bactérienne et fongique des MDRO, et la perte de diversité est associée à une colonisation accrue des MDRO. La dysbiose est un état de perte de diversité du microbiote et un seul traitement antibiotique peut perturber considérablement la diversité du microbiote, même chez des individus par ailleurs en bonne santé. Cette perturbation peut favoriser la croissance de bactéries et de champignons pathogènes et multirésistants. Les patients transplantés, en particulier, courent un risque accru de colonisation et d'infection par le MDRO en raison des thérapies immunomodulatrices, de l'exposition aux soins de santé, de l'exposition accrue aux antibiotiques et de la manipulation chirurgicale de la muqueuse. De plus, il a été démontré que l'insuffisance rénale chronique et la dialyse menant à la greffe sont associées à des altérations du microbiome intestinal et parodontal. Comprendre l'évolution de la perturbation du microbiome intestinal chez les receveurs de greffe de rein et les donneurs de greffe de rein en bonne santé au cours de la prophylaxie chirurgicale de la greffe donnera des informations précieuses sur d'autres voies de recherche et d'éventuelles interventions susceptibles d'atténuer le risque de colonisation par les MDRO.
Il s'agit d'une étude pilote prospective, observationnelle et non interventionnelle qui vise à recruter 100 greffés rénaux adultes et 100 greffés rénaux adultes. Les participants fourniront des échantillons de selles et des écouvillons anaux, et rempliront des questionnaires diététiques. Les participants peuvent également choisir de participer à une sous-étude facultative qui consiste à mettre en banque les restes de selles pour une utilisation future dans la recherche.
L'évolution de la diversité du microbiote intestinal au fil du temps sera évaluée lors de la visite de dépistage, Jour 2 post-opératoire ; Jour 15 après la sortie et Jour 30 après la sortie. Les participants seront suivis au moyen d'un examen du dossier médical pendant 24 semaines après la chirurgie.
Cette étude vise à comprendre la diversité du microbiote intestinal dans le cadre de la chirurgie de transplantation rénale et la signification clinique de l'utilisation d'antibiotiques et du résistome associé (collection de tous les gènes et précurseurs de résistance aux antibiotiques dans un échantillon). Les informations tirées de cette étude seront utilisées pour guider la conception des futurs essais cliniques.
Type d'étude
Inscription (Réel)
Contacts et emplacements
Lieux d'étude
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Georgia
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Atlanta, Georgia, États-Unis, 30322
- The Emory Clinic
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Atlanta, Georgia, États-Unis, 30324
- Emory University Hospital
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critère d'intégration:
- Capacité à comprendre et volonté de signer un document écrit de consentement éclairé.
- Capacité et volonté de se conformer aux exigences du protocole d'étude.
- Formulaire de présélection verbale rempli
- Don de rein prévu ou réception prévue d'une greffe de rein d'un donneur vivant dans les 28 jours suivant le consentement éclairé écrit.
Si l'état de performance est connu, un score de l'un des éléments suivants :
- Classification de l'American Society of Anesthesia (ASA) de I (un patient normal en bonne santé), II (un patient avec une maladie systémique légère) ou III (un patient avec une maladie systémique sévère)
- Échelle d'état de l'Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) de 0 (activité normale), 1 (symptômes, mais ambulatoire) ou 2 (au lit <50 % du temps)
- Échelle de performance de Karnofsky (KPS) de 50 % (nécessite une assistance considérable et des soins médicaux fréquents) à 100 % (normal, aucune plainte, aucun signe de maladie)
- anglophone.
Critère d'exclusion:
Toute condition qui, de l'avis de l'investigateur, pourrait interférer avec les objectifs de l'étude ou limiter le respect des exigences de l'étude, y compris, mais sans s'y limiter :
- Abus connu de drogue ou d'alcool par voie intraveineuse
- Maladie psychiatrique
- Situation sociale
- Réception prévue ou réelle d'une greffe de rein d'un donneur décédé.
- Transplantation rénale antérieure nécessitant encore un traitement ou une intervention immunosuppressive active.
- Présence d'iléostomie ou de colostomie de dérivation.
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Modèles d'observation: Autre
- Perspectives temporelles: Éventuel
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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Transplanté rénal
Les participants qui doivent subir une transplantation rénale planifiée en tant que receveur du rein. Tous les participants effectueront les interventions suivantes :
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Les participants fourniront un échantillon de selles au départ (pré-opération) et 30 jours après l'opération de transplantation.
Les échantillons de selles seront auto-collectés par le participant.
Des écouvillons anaux seront prélevés avant la chirurgie (ligne de base) et aux jours 2, 15 et 30 après l'opération.
Les participants dont la durée d'hospitalisation prévue est prolongée par rapport au plan préchirurgical auront un prélèvement anal supplémentaire, facultatif, prélevé 2 jours avant la date prévue de leur sortie de l'hôpital.
Les écouvillons anaux seront prélevés par l'équipe de l'étude, à l'exception du rendez-vous postopératoire standard (30 jours après l'opération) pour les donneurs vivants qui prélèveront leurs propres échantillons.
Le coordinateur de l'étude administrera l'évaluation du régime alimentaire court (SDA) aux participants avant la chirurgie aux jours de référence et post-opératoire 2, 15 et 30.
Les participants dont la durée prévue du séjour à l'hôpital est prolongée par rapport au plan pré-chirurgical rempliront le questionnaire 2 jours avant la date prévue de leur sortie de l'hôpital.
Le National Health and Nutrition Examination Survey (NHANES) 2009-2010 Dietary Screener Questionnaire sera rempli le jour post-opératoire 2. Le questionnaire pose des questions sur les aliments consommés au cours des 30 derniers jours.
Il y a 25 items sur le questionnaire et des questions supplémentaires peuvent être posées en fonction des réponses fournies.
Le questionnaire sera auto-administré ou administré par un membre de l'équipe d'étude.
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Donneur de greffe rénale
Les participants qui doivent subir une transplantation rénale planifiée en tant que donneur du rein. Tous les participants effectueront les interventions suivantes :
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Les participants fourniront un échantillon de selles au départ (pré-opération) et 30 jours après l'opération de transplantation.
Les échantillons de selles seront auto-collectés par le participant.
Des écouvillons anaux seront prélevés avant la chirurgie (ligne de base) et aux jours 2, 15 et 30 après l'opération.
Les participants dont la durée d'hospitalisation prévue est prolongée par rapport au plan préchirurgical auront un prélèvement anal supplémentaire, facultatif, prélevé 2 jours avant la date prévue de leur sortie de l'hôpital.
Les écouvillons anaux seront prélevés par l'équipe de l'étude, à l'exception du rendez-vous postopératoire standard (30 jours après l'opération) pour les donneurs vivants qui prélèveront leurs propres échantillons.
Le coordinateur de l'étude administrera l'évaluation du régime alimentaire court (SDA) aux participants avant la chirurgie aux jours de référence et post-opératoire 2, 15 et 30.
Les participants dont la durée prévue du séjour à l'hôpital est prolongée par rapport au plan pré-chirurgical rempliront le questionnaire 2 jours avant la date prévue de leur sortie de l'hôpital.
Le National Health and Nutrition Examination Survey (NHANES) 2009-2010 Dietary Screener Questionnaire sera rempli le jour post-opératoire 2. Le questionnaire pose des questions sur les aliments consommés au cours des 30 derniers jours.
Il y a 25 items sur le questionnaire et des questions supplémentaires peuvent être posées en fonction des réponses fournies.
Le questionnaire sera auto-administré ou administré par un membre de l'équipe d'étude.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Modification de la composition du microbiote
Délai: Du départ au jour postopératoire 30
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Pour comprendre l'impact global de la prophylaxie chirurgicale sur la composition du microbiote intestinal dans le cadre de la chirurgie de transplantation rénale, la distribution et l'abondance relative des taxons bactériens et fongiques pour chaque échantillon collecté seront décrites.
Un genre de souche sera considéré comme prédominant s'il représente au moins 30 % de tous les genres ou souches de microbiote dans l'échantillon de selles.
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Du départ au jour postopératoire 30
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Modification de la diversité du microbiote
Délai: Du départ au jour postopératoire 30
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Pour comprendre l'impact global de la prophylaxie chirurgicale sur la diversité du microbiote intestinal dans le cadre d'une chirurgie de transplantation rénale, des mesures de la diversité α et β du microbiote intestinal seront utilisées.
Le pourcentage maximal de tous les gènes identifiés inclus dans le même taxon sera déterminé à partir de chaque échantillon de selles.
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Du départ au jour postopératoire 30
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Changement de taxonomie du microbiote
Délai: Du départ au jour postopératoire 30
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Pour comprendre l'impact global de la prophylaxie chirurgicale sur la taxonomie du microbiote intestinal, dans le cadre de la chirurgie de transplantation rénale, les spécimens collectés seront utilisés pour la détermination de la composition taxonomique des bactéries et des champignons.
Le séquençage métagénomique du génome entier sera effectué sur un Illumina Miseq (ou HiSeq).
Un mappeur de lecture courte sera utilisé pour filtrer et éliminer les séquences humaines de chaque échantillon de selles, puis Metaphlan et KRAKEN sont utilisés pour la détermination de la composition taxonomique.
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Du départ au jour postopératoire 30
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Modification du résistome du microbiote
Délai: Du départ au jour postopératoire 30
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Pour comprendre l'impact global de la prophylaxie chirurgicale sur la résistance du microbiote intestinal, dans le cadre de la chirurgie de transplantation rénale, les échantillons d'étude collectés seront utilisés pour fournir un résumé du nombre global et de la diversité des gènes de résistance bactérienne et fongique, y compris toute nouvelle acquisition.
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Du départ au jour postopératoire 30
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Composition du microbiote chez les patients en dialyse rénale
Délai: Ligne de base
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Pour comprendre la composition du microbiote intestinal chez les patients sous dialyse rénale, la distribution et l'abondance relative des taxons bactériens et fongiques pour chaque échantillon collecté seront décrites.
Un genre de souche sera considéré comme prédominant s'il représente au moins 30 % de tous les genres ou souches de microbiote dans l'échantillon de selles prélevé au départ (avant la transplantation rénale).
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Ligne de base
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Diversité du microbiote chez les patients en dialyse rénale
Délai: Ligne de base
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Pour comprendre la diversité alpha et bêta du microbiote intestinal chez les patients sous dialyse rénale, le pourcentage maximal de tous les gènes identifiés inclus dans le même taxon sera déterminé à partir des échantillons d'étude collectés au départ (avant la transplantation rénale).
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Ligne de base
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Résistome du microbiote chez les patients en dialyse rénale
Délai: Ligne de base
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Pour comprendre la résistance du microbiote intestinal chez les patients sous dialyse rénale, les échantillons d'étude collectés au départ (avant la transplantation rénale) seront utilisés pour fournir un résumé du nombre global et de la diversité des gènes de résistance bactérienne.
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Ligne de base
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Autres mesures de résultats
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Comparer la composition du microbiote des donneurs et des receveurs
Délai: Ligne de base
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L'objectif exploratoire de cette étude est de caractériser les similitudes et les différences dans le microbiote intestinal entre le donneur vivant et les receveurs au point de référence.
La distribution et l'abondance relative des taxons bactériens et fongiques pour chaque échantillon de base (avant la transplantation rénale) seront décrites.
Un genre de souche sera considéré comme prédominant s'il représente au moins 30 % de tous les genres ou souches de microbiote dans l'échantillon de selles.
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Ligne de base
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Comparer la diversité du microbiote des donneurs et des receveurs
Délai: Ligne de base
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L'objectif exploratoire de cette étude est de caractériser les similitudes et les différences dans le microbiote intestinal entre le donneur vivant et les receveurs au point de référence.
Le pourcentage maximal de tous les gènes identifiés inclus dans le même taxon sera déterminé à partir de chaque échantillon de selles prélevé avant la transplantation rénale.
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Ligne de base
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Comparer la taxonomie du microbiote des donneurs et des receveurs
Délai: Ligne de base
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L'objectif exploratoire de cette étude est de caractériser les similitudes et les différences dans le microbiote intestinal entre le donneur vivant et les receveurs au point de référence.
Les échantillons d'étude collectés seront utilisés pour la détermination de la composition taxonomique des bactéries et des champignons.
Le séquençage métagénomique du génome entier sera effectué sur un Illumina Miseq (ou HiSeq).
Un mappeur de lecture courte sera utilisé pour filtrer et éliminer les séquences humaines de chaque échantillon de selles, puis Metaphlan et KRAKEN sont utilisés pour la détermination de la composition taxonomique.
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Ligne de base
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Comparer le résistome du microbiote des donneurs et des receveurs
Délai: Ligne de base
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L'objectif exploratoire de cette étude est de caractériser les similitudes et les différences dans le microbiote intestinal entre le donneur vivant et les receveurs au point de référence.
Les échantillons d'étude collectés seront utilisés pour fournir un résumé du nombre global et de la diversité des gènes de résistance bactérienne et fongique, y compris toute nouvelle acquisition.
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Ligne de base
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Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Collaborateurs
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Colleen S Kraft, MD, MSc, Emory University
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Réel)
Achèvement de l'étude (Réel)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Estimé)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Mots clés
Autres numéros d'identification d'étude
- IRB00092450
- 16IPA1609418 (Autre subvention/numéro de financement: Centers for Disease Control and Prevention (CDC))
- 16IPA1609428 (Autre subvention/numéro de financement: Centers for Disease Control and Prevention (CDC))
- CDC-IRB00092450 (Autre identifiant: Centers for Disease Control and Prevention (CDC))
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
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Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
produit fabriqué et exporté des États-Unis.
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