Séquençage de nouvelle génération et caractérisation basée sur la culture cellulaire de S. aureus dans l'endocardite infectieuse (NESSIE)
L'endocardite infectieuse est une maladie mortelle avec un taux de mortalité compris entre 20 et 40 %. L'antibiothérapie est de la plus haute importance. Elle est principalement guidée par les résultats microbiens d'une hémoculture positive. Cependant, le diagnostic microbiologique basé sur la culture peut identifier l'espèce, mais pas la souche ou les caractéristiques génotypiques d'un agent pathogène. L'identification de la souche peut être de la plus haute importance clinique. S. aureus est l'organisme causal le plus courant de l'EI dans le monde (16 % à 32 %). Ce pathogène provoque des destructions valvulaires massives et des abcès, qui dépendent fortement de l'expression de facteurs de virulence qui varient entre les différentes souches de S. aureus.
La caractérisation fonctionnelle de S. aureus et la détermination des facteurs de virulence peuvent actuellement être réalisées grâce à des tests basés sur la culture cellulaire (CCBA). Cependant, ces tests prennent beaucoup de temps et ne peuvent pas être effectués comme des diagnostics cliniques de routine. Le séquençage de nouvelle génération (NSG) a le potentiel d'identifier les caractéristiques génotypiques de l'agent pathogène, ce qui est important pour déterminer son potentiel virulent.
Le but de cette étude est d'évaluer l'utilisation possible du NGS dans la prédiction des facteurs de virulence de S. aureus et de le comparer aux facteurs de virulence déterminés à l'aide de CCBA.
Espérons qu'en comparant le NGS et le CCBA, les enquêteurs obtiendront un moyen plus rapide de déterminer les facteurs de virulence possibles. La méthode NGS peut en outre être utilisée pour décrire la prévalence de différentes souches de bactéries dans les tissus valvulaires infectés et les échantillons d'hémoculture. Les données recueillies serviront de base à une évaluation plus approfondie des potentiels du diagnostic de l'EI basé sur le NGS, ainsi qu'à une comparaison entre le traitement antibiotique guidé par le NGS et le traitement antibiotique standard.
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Description détaillée
La capacité du Staphylococcus aureus à produire une destruction valvulaire massive ainsi que des abcès et à passer d'une infection aiguë à une infection chronique et vice versa est un problème important dans le traitement moderne de l'endocardite infectieuse. De plus, la capacité à produire différents facteurs de virulence pour échapper aux mécanismes de défense immunitaire rend le traitement plus difficile. Une autre énigme est la preuve de différentes souches de S. aureus isolées à partir d'échantillons d'hémoculture et d'échantillons de valves infectées. Cela rend un traitement possible de l'endocardite à base de S. aureus plus difficile que prévu.
L'isolement des bactéries dans les échantillons d'hémoculture peut prendre beaucoup de temps (3 à 14 jours) et les tests basés sur la culture cellulaire (CCBA) ne sont pas régulièrement mis en œuvre en tant que procédure de diagnostic. La CCBA n'est pas régulièrement utilisée en milieu clinique en raison de la consommation de temps et du coût élevé. L'intérêt de la méthode CCBA réside dans la détermination des éventuels facteurs de virulence. En utilisant la méthode Next Generation Sequence (NGS), il pourrait être possible d'obtenir plus rapidement ces informations sur le micro-organisme coupable et d'identifier les différentes souches et facteurs de virulence.
À ce jour, de telles corrélations entre les informations génétiques sur les facteurs de virulence obtenues par NGS et les informations phénotypiques obtenues par des tests basés sur la culture cellulaire n'ont pas encore été réalisées. il s'est individualisé. Les échantillons d'hémoculture et de valve de tissu infecté seront examinés à l'aide du NGS et du CCBA. Les chercheurs ont pour objectif de comparer les différences dans les résultats des facteurs de virulence dans ces deux méthodes, de caractériser la prévalence de différentes souches de S. aureus dans les échantillons d'hémoculture et de valve et d'évaluer les potentiels possibles du diagnostic d'EI basé sur le NGS et de comparer les effets de la thérapie antimicrobienne guidée par NGS par rapport à la norme de traitement thérapeutique.
Type d'étude
Inscription (Anticipé)
Contacts et emplacements
Coordonnées de l'étude
- Nom: Mahmoud A Diab, Dr. med.
- Numéro de téléphone: 9322978 03641
- E-mail: mahmoud.diab@med.uni-jena.de
Sauvegarde des contacts de l'étude
- Nom: Andreas Oberbach, Prof. Dr.
- Numéro de téléphone: 35536336 0341
- E-mail: andreas.oberbach@medizin.uni-leipzig.de
Lieux d'étude
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Jena, Allemagne, 07747
- Recrutement
- Jena University Hospital, Clinic for Cardiothoracic surgery
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Contact:
- Mahmoud A Diab, Dr. med.
- Numéro de téléphone: 9322978 +49 3641
- E-mail: mahmoud.diab@med.uni-jena.de
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Contact:
- Ilia Velichkov
- Numéro de téléphone: 9322947 +49 3641
- E-mail: ilia.velichkov@med.uni-jena.de
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
Accepte les volontaires sains
Sexes éligibles pour l'étude
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critère d'intégration:
- patients avec le diagnostic d'endocardite infectieuse et indication de chirurgie cardiaque sur une valve cardiaque
- consentement éclairé signé
- âge ≥18 ans
- les agents pathogènes (S. aureus) peuvent être isolés de l'hémoculture ET du tissu valvulaire retiré
Critère d'exclusion:
- S. aureus ne peut pas être isolé du tissu valvulaire retiré
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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croissance du biofilm
Délai: jusqu'à la fin des études (environ 1 an)
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capacité des souches de S. aureus isolées du sang et du tissu cardiaque des patients inclus à former un biofilm
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jusqu'à la fin des études (environ 1 an)
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
|---|---|---|
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caractéristiques d'invasion
Délai: jusqu'à la fin des études (environ 1 an)
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caractéristiques des souches de S. aureus isolées du sang et du tissu cardiaque des patients inclus pour envahir d'autres cellules (invasion des cellules hôtes ; persistance dans les cellules hôtes ; des tests seront effectués en culture cellulaire)
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jusqu'à la fin des études (environ 1 an)
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caractéristiques d'adhérence
Délai: jusqu'à la fin des études (environ 1 an)
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caractéristiques des souches de S. aureus isolées du sang et du tissu cardiaque des patients inclus pour adhérer à d'autres cellules humaines (informations importantes concernant la capacité à se fixer au tissu cardiaque ; le test sera effectué en culture cellulaire)
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jusqu'à la fin des études (environ 1 an)
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production de toxines
Délai: jusqu'à la fin des études (environ 1 an)
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caractéristiques des souches de S. aureus isolées du sang et du tissu cardiaque des patients inclus concernant la production de toxines qui conduiront à des informations sur l'induction de processus inflammatoires et l'induction de la mort de la cellule hôte
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jusqu'à la fin des études (environ 1 an)
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Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Mahmoud A Diab, Dr. med., Jena University Hospital, Clinic for Cardiac and Thoracic Surgery
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Anticipé)
Achèvement de l'étude (Anticipé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- 01 (Miami VAHS)
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
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