Nästa generations sekvensering och cellkulturbaserad karakterisering av S. Aureus vid infektiös endokardit (NESSIE)

Staphylococcus aureus förmåga att producera massiv klaffförstöring såväl som abscesser och att byta från akut till kronisk infektion och vice versa är en betydande fråga i den moderna behandlingen av infektiös endokardit. Dessutom bevisar förmågan att producera olika virulensfaktorer för att undvika immunförsvarsmekanismerna behandlingen svårare. En annan gåta är beviset på olika S. aureus-stammar isolerade från blododlingsprover och infekterade klaffprover. Detta gör en eventuell behandling av S. aureus-baserad endokardit svårare än förväntat.

Isolering av bakterier i blododlingsprover kan ta mycket tid (3-14 dagar), och cellkulturbaserade analyser (CCBA) implementeras inte regelbundet som en diagnostisk procedur. CCBA används inte regelbundet i klinisk miljö på grund av tidsåtgången och höga kostnader. Betydelsen av CCBA-metoden ligger i bestämningen av möjliga virulensfaktorer. Genom att använda Next Generation Sequence (NGS)-metoden kan det vara möjligt att få denna information om den skyldige mikroorganismen snabbare och att identifiera de olika stammarna och virulensfaktorerna.

Hittills har sådana samband mellan genetisk information om virulensfaktorer som erhållits av NGS och fenotypisk information som erhållits genom cellkulturbaserade analyser ännu inte utförts. Om det bevisas kan den NGE-baserade analysen av patogenerna och deras fenotypiska beteende vägleda antimikrobiell terapi och göra den individualiserades. Blodkultur och infekterade vävnadsklaffprover kommer att undersökas med hjälp av NGS och CCBA. Utredarna syftar till att jämföra skillnaderna i virulensfaktorresultat i dessa två metoder, att karakterisera förekomsten av olika stammar av S. aureus i blododlingen och klaffproverna och att utvärdera de möjliga potentialerna för NGS-baserad diagnos av IE och att jämföra effekterna av NGS-vägledd antimikrobiell terapi till standarden för vårdterapi.