Sekwencjonowanie nowej generacji i charakterystyka oparta na hodowli komórkowej S. aureus w zakaźnym zapaleniu wsierdzia (NESSIE)
Infekcyjne zapalenie wsierdzia jest śmiertelną chorobą, której śmiertelność wynosi od 20 do 40%. Ogromne znaczenie ma antybiotykoterapia. Kieruje się przede wszystkim wynikami mikrobiologicznymi z dodatniego posiewu krwi. Jednak diagnostyka mikrobiologiczna oparta na hodowli może zidentyfikować gatunek, ale nie szczep lub cechy genotypowe patogenu. Identyfikacja szczepu może mieć ogromne znaczenie kliniczne. S. aureus jest najczęstszym organizmem wywołującym IZW na świecie (16%-32%). Ten patogen powoduje masowe zniszczenie zastawki i ropnie, co jest silnie zależne od ekspresji czynników wirulencji, które różnią się między różnymi szczepami S. aureus.
Charakterystykę funkcjonalną S. aureus i określenie czynników wirulencji można obecnie uzyskać za pomocą testów opartych na hodowli komórkowej (CCBA). Badania te są jednak bardzo czasochłonne i nie mogą być wykonywane jako rutynowa diagnostyka kliniczna. Sekwencjonowanie nowej generacji (NSG) może potencjalnie zidentyfikować cechy genotypowe patogenu, co jest ważne dla określenia jego potencjału wirulentnego.
Celem niniejszej pracy jest ocena możliwości wykorzystania NGS w predykcji czynników wirulencji S. aureus oraz porównanie jej z czynnikami wirulencji wyznaczonymi metodą CCBA.
Miejmy nadzieję, że porównując NGS i CCBA, badacze uzyskają szybszy sposób określenia możliwych czynników wirulencji. Metodę NGS można dalej wykorzystać do opisania częstości występowania różnych szczepów bakterii w zainfekowanej tkance zastawki i próbkach posiewów krwi. Zebrane dane posłużą do dalszej oceny możliwości diagnostyki IZW na podstawie NGS, a także do porównania antybiotykoterapii pod kontrolą NGS ze standardowym leczeniem antybiotykowym.
Przegląd badań
Status
Szczegółowy opis
Zdolność Staphylococcus aureus do wywoływania masywnego zniszczenia zastawki i ropni oraz przejścia z ostrej do przewlekłej infekcji i odwrotnie, jest istotnym problemem we współczesnym leczeniu infekcyjnego zapalenia wsierdzia. Co więcej, zdolność do wytwarzania różnych czynników wirulencji w celu uniknięcia mechanizmów obrony immunologicznej sprawia, że leczenie jest trudniejsze. Kolejną zagadką jest dowód na istnienie różnych szczepów S. aureus izolowanych z próbek posiewów krwi i zakażonych próbek zastawek. To sprawia, że ewentualne leczenie zapalenia wsierdzia wywołanego przez S. aureus jest trudniejsze niż oczekiwano.
Izolacja bakterii w próbkach posiewów krwi może zająć dużo czasu (3-14 dni), a testy oparte na hodowli komórkowej (CCBA) nie są regularnie wdrażane jako procedura diagnostyczna. CCBA nie jest regularnie stosowany w warunkach klinicznych ze względu na czasochłonność i wysokie koszty. Znaczenie metody CCBA polega na określeniu możliwych czynników wirulencji. Wykorzystując metodę sekwencji następnej generacji (NGS), możliwe byłoby szybsze uzyskanie informacji o mikroorganizmie sprawczym oraz identyfikacja różnych szczepów i czynników wirulencji.
Do tej pory nie przeprowadzono jeszcze takich korelacji między informacjami genetycznymi na temat czynników wirulencji uzyskanymi za pomocą NGS a informacjami fenotypowymi uzyskanymi za pomocą testów opartych na hodowlach komórkowych. Jeśli zostanie to udowodnione, oparta na NGE analiza patogenów i ich zachowania fenotypowego może pokierować terapią przeciwdrobnoustrojową i sprawić, że to zindywidualizowane. Posiewy krwi i zakażone próbki zastawek tkankowych zostaną zbadane przy użyciu NGS i CCBA. Celem badaczy jest porównanie różnic w wynikach czynników wirulencji w tych dwóch metodach, scharakteryzowanie częstości występowania różnych szczepów S. aureus w posiewach krwi i próbkach zastawek oraz ocena możliwych możliwości diagnostyki IZW na podstawie NGS i porównanie efekty terapii przeciwdrobnoustrojowej pod kontrolą NGS do standardu terapii pielęgnacyjnej.
Typ studiów
Zapisy (Oczekiwany)
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Mahmoud A Diab, Dr. med.
- Numer telefonu: 9322978 03641
- E-mail: mahmoud.diab@med.uni-jena.de
Kopia zapasowa kontaktu do badania
- Nazwa: Andreas Oberbach, Prof. Dr.
- Numer telefonu: 35536336 0341
- E-mail: andreas.oberbach@medizin.uni-leipzig.de
Lokalizacje studiów
-
-
-
Jena, Niemcy, 07747
- Rekrutacyjny
- Jena University Hospital, Clinic for Cardiothoracic surgery
-
Kontakt:
- Mahmoud A Diab, Dr. med.
- Numer telefonu: 9322978 +49 3641
- E-mail: mahmoud.diab@med.uni-jena.de
-
Kontakt:
- Ilia Velichkov
- Numer telefonu: 9322947 +49 3641
- E-mail: ilia.velichkov@med.uni-jena.de
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
Akceptuje zdrowych ochotników
Płeć kwalifikująca się do nauki
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria przyjęcia:
- chorych z rozpoznaniem infekcyjnego zapalenia wsierdzia i wskazaniem do operacji serca na zastawce serca
- podpisana świadoma zgoda
- wiek ≥18 lat
- patogeny (S. aureus) można wyizolować z posiewu krwi ORAZ z usuniętej tkanki zastawki
Kryteria wyłączenia:
- S. aureus nie można wyizolować z usuniętej tkanki zastawki
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
wzrost biofilmu
Ramy czasowe: do ukończenia studiów (ok. 1 rok)
|
zdolność szczepów S. aureus izolowanych z krwi i tkanki serca włączonych pacjentów do tworzenia biofilmu
|
do ukończenia studiów (ok. 1 rok)
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
cechy inwazji
Ramy czasowe: do ukończenia studiów (ok. 1 rok)
|
charakterystyka szczepów S. aureus wyizolowanych z krwi i tkanki serca pacjentów włączonych do inwazji innych komórek (inwazja komórek gospodarza; przetrwanie w komórkach gospodarza; testy będą prowadzone w hodowli komórkowej)
|
do ukończenia studiów (ok. 1 rok)
|
|
właściwości adhezyjne
Ramy czasowe: do ukończenia studiów (ok. 1 rok)
|
cechy przylegania szczepów S. aureus wyizolowanych z krwi i tkanki serca włączonych pacjentów do innych komórek ludzkich (ważna informacja dotycząca zdolności przyczepiania się do tkanki serca; badanie zostanie przeprowadzone w hodowli komórkowej)
|
do ukończenia studiów (ok. 1 rok)
|
|
produkcja toksyn
Ramy czasowe: do ukończenia studiów (ok. 1 rok)
|
charakterystyka szczepów S. aureus izolowanych z krwi i tkanki serca pacjentów włączonych do badania pod kątem produkcji toksyn, co doprowadzi do uzyskania informacji o indukcji procesów zapalnych i indukcji śmierci komórek gospodarza
|
do ukończenia studiów (ok. 1 rok)
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Śledczy
- Główny śledczy: Mahmoud A Diab, Dr. med., Jena University Hospital, Clinic for Cardiac and Thoracic Surgery
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Oczekiwany)
Ukończenie studiów (Oczekiwany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- 01 (Miami VAHS)
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .