Rétrovirus endogènes dans la leucémie myéloïde aiguë (ERVAL)

La greffe allogénique de cellules souches hématopoïétiques (GCSH) est le seul traitement curatif de nombreuses maladies hématologiques malignes. Malgré les progrès récents dans le domaine, les taux de rechute sont encore élevés et constituent la première cause de décès. L'identification de nouvelles cibles thérapeutiques pertinentes est donc urgente.

Les rétrovirus endogènes humains (HERV) représentent 8 % du génome humain. Alors qu'elles sont réduites au silence à l'état d'équilibre (principalement par des mécanismes de méthylation), des réactivations de HERV ont été décrites dans différentes conditions telles que les maladies auto-immunes ou le cancer, conduisant à une réponse immunitaire innée et adaptative. Plusieurs questions se posent dans le domaine de l'hématologie où peu de données sont disponibles, et le rôle exact des HERV dans ces maladies reste à définir.

Notre équipe travaille actuellement sur le rôle des HERV dans différents types de cancer. Nous avons développé une approche bioinformatique pour identifier les HERV surexprimés à partir des données RNAseq. Nous avons également développé des tests in vitro pour évaluer l'immunogénicité de différents peptides issus des cadres de lecture ouverts des HERV et montré que plusieurs épitopes partagés entre différents HERV peuvent induire une réponse spécifique des lymphocytes T CD8+. Plus récemment, nous avons analysé 151 données RNAseq de leucémie myéloïde aiguë (LAM) de TCGA et identifié plusieurs HERV surexprimés dans cette maladie. Des tests d'immunogénicité sont actuellement en cours avec le sang du patient au moment du diagnostic.

L'objectif principal de cette partie de notre projet est d'analyser l'établissement d'une réponse cellulaire T CD8+ spécifique aux HERV participant à l'effet greffon contre leucémie après GCSH chez les patients atteints de LAM. Les objectifs secondaires sont d'analyser les relations entre cette réponse et différents facteurs cliniques tels que la survenue d'une GVHD ou la rechute.

Les cellules mononucléaires du sang périphérique (PBMC) des patients atteints de LAM seront extraites et congelées à différents moments : diagnostic, rémission complète (pré-HSCT) et après HSCT (M3, M6 et M12). Ce protocole prospectif est actuellement en cours au Centre Hospitalier Lyon Sud, avec une trentaine d'échantillons déjà disponibles.

Après avoir sélectionné les HERV pertinents, des dextramères spécifiques identifiés par code barre ADN seront synthétisés. Ces dextramères permettant l'identification de réponses spécifiques des cellules T dirigées contre jusqu'à 1000 épitopes, nous pourrons cribler des cellules T spécifiques dirigées contre les HERV surexprimés dans les LAM pour les HLA les plus courants. La coloration au dextramère sera effectuée sur les PBMC après décongélation. Les cellules positives seront triées par cytométrie en flux et l'ADN sera expansé par PCR avant d'effectuer le séquençage, permettant l'identification de séquences spécifiques par son code-barres ADN unique.

L'analyse des réponses des cellules T CD8 + spécifiques aux HERV après GCSH nous permettra de mieux définir le rôle des HERV dans l'apparition de l'effet du greffon contre la leucémie. Une réponse spécifique des lymphocytes T sans GvHD définira la pertinence de ces peptides en tant qu'antigènes spécifiques de la tumeur.