Retrovirus endogeni nella leucemia mieloide acuta (ERVAL)

Il trapianto allogenico di cellule staminali emopoietiche (HSCT) è l'unica terapia curativa per numerose malattie ematologiche maligne. Nonostante i recenti progressi nel campo, i tassi di ricaduta sono ancora alti e rappresentano la prima causa di morte. L'identificazione di nuovi bersagli terapeutici rilevanti è quindi urgentemente necessaria.

I retrovirus endogeni umani (HERV) rappresentano l'8% del genoma umano. Sebbene silenziate allo stato stazionario (principalmente dai meccanismi di metilazione), le riattivazioni di HERV sono state descritte in diverse condizioni come malattie autoimmuni o cancro, portando a una risposta immunitaria innata e adattativa. Diversi interrogativi vengono sollevati nel campo dell'ematologia dove sono disponibili pochi dati e il ruolo esatto degli HERV in queste malattie è ancora da definire.

Il nostro team sta attualmente lavorando sul ruolo degli HERV in diversi tipi di cancro. Abbiamo sviluppato un approccio bioinformatico per identificare gli HERV sovraespressi dai dati RNAseq. Abbiamo anche sviluppato test in vitro per valutare l'immunogenicità di diversi peptidi da frame di lettura aperti di HERV e dimostrato che diversi epitopi condivisi tra diversi HERV possono indurre una specifica risposta delle cellule T CD8+. Più recentemente, abbiamo analizzato 151 dati RNAseq di leucemia mieloide acuta (AML) da TCGA e identificato più HERV sovraespressi in questa malattia. I test di immunogenicità sono attualmente in corso con il sangue del paziente alla diagnosi.

L'obiettivo principale di questa parte del nostro progetto è analizzare l'instaurazione di una risposta cellulare T CD8+ specifica per HERV che partecipa all'effetto del trapianto contro la leucemia dopo l'HSCT per i pazienti affetti da LMA. Obiettivi secondari sono analizzare le relazioni tra questa risposta e diversi fattori clinici come l'insorgenza di GVHD o la ricaduta.

Le cellule mononucleate del sangue periferico (PBMC) da pazienti affetti da AML saranno estratte e congelate in tempi diversi: diagnosi, remissione completa (pre-HSCT) e dopo HSCT (M3, M6 e M12). Questo protocollo prospettico è attualmente in corso presso il Centre Hospitalier Lyon Sud, con circa 30 campioni già disponibili.

Dopo aver selezionato gli HERV rilevanti, verranno sintetizzati specifici destrameri identificati dal codice a barre del DNA. Questi destrameri che consentono l'identificazione di risposte specifiche delle cellule T dirette contro un massimo di 1000 epitopi, saremo in grado di schermare specifiche cellule T dirette contro HERV sovraespressi in AML per l'HLA più comune. La colorazione con destramero verrà eseguita su PBMC dopo lo scongelamento. Le cellule positive saranno selezionate mediante citometria a flusso e il DNA sarà espanso mediante PCR prima di eseguire il sequenziamento, consentendo l'identificazione di sequenze specifiche mediante il suo codice a barre univoco del DNA.

L'analisi delle risposte delle cellule T CD8+ specifiche per HERV dopo l'HSCT ci consentirà di definire meglio il ruolo degli HERV nell'insorgenza dell'effetto graft-versus-leukemia. Una risposta specifica delle cellule T senza GvHD definirà la rilevanza di tali peptidi come antigeni specifici del tumore.