Endogene retrovirussen bij acute myeloïde leukemie (ERVAL)

Allogene hematopoëtische stamceltransplantatie (HSCT) is de enige curatieve therapie voor tal van kwaadaardige hematologische aandoeningen. Ondanks recente vorderingen in het veld, zijn de terugvalpercentages nog steeds hoog en de belangrijkste doodsoorzaak. De identificatie van nieuwe relevante therapeutische doelen is daarom dringend nodig.

Menselijke endogene retrovirussen (HERV's) zijn goed voor 8% van het menselijk genoom. Hoewel ze in de stabiele toestand tot zwijgen zijn gebracht (voornamelijk door methyleringsmechanismen), zijn reactiveringen van HERV's beschreven bij verschillende aandoeningen, zoals auto-immuunziekten of kanker, wat leidde tot een aangeboren en adaptieve immuunrespons. Er worden verschillende vragen gesteld op het gebied van hematologie waar weinig gegevens beschikbaar zijn, en de exacte rol van HERV's bij deze ziekten moet nog worden gedefinieerd.

Ons team werkt momenteel aan de rol van HERV's bij verschillende soorten kanker. We hebben een bio-informatica-aanpak ontwikkeld om tot overexpressie gebrachte HERV's uit RNAseq-gegevens te identificeren. We hebben ook in vitro assays ontwikkeld om de immunogeniciteit van verschillende peptiden uit open leesramen van HERV's te beoordelen en toonden aan dat verschillende epitopen die door verschillende HERV's worden gedeeld, een specifieke CD8+ T-celrespons kunnen induceren. Meer recentelijk hebben we 151 acute myeloïde leukemie (AML) RNAseq-gegevens van TCGA geanalyseerd en meerdere tot overexpressie gebrachte HERV's bij deze ziekte geïdentificeerd. Immunogeniciteitstests zijn momenteel aan de gang met het bloed van de patiënt bij diagnose.

Het hoofddoel van dit deel van ons project is het analyseren van de totstandkoming van een HERVs-specifieke CD8+ T-celrespons die deelneemt aan het graft-versus-leukemie-effect na HSCT voor AML-patiënten. Secundaire doelstellingen zijn het analyseren van relaties tussen deze respons en verschillende klinische factoren zoals het begin van GVHD of terugval.

Perifere mononucleaire bloedcellen (PBMC's) van AML-patiënten zullen op verschillende tijdstippen worden geëxtraheerd en ingevroren: diagnose, volledige remissie (pre-HSCT) en na HSCT (M3, M6 en M12). Dit prospectieve protocol is momenteel aan de gang in het Centre Hospitalier Lyon Sud, met al ongeveer 30 monsters beschikbaar.

Na selectie van relevante HERV's, zullen specifieke dextrameren geïdentificeerd door DNA-barcode worden gesynthetiseerd. Deze dextrameren maken de identificatie mogelijk van specifieke T-celreacties gericht tegen maximaal 1000 epitopen. We zullen in staat zijn om specifieke T-cellen gericht tegen HERV's die tot overexpressie zijn gebracht in AML te screenen op de meest voorkomende HLA. Dextramer-kleuring zal worden uitgevoerd op PBMC's na ontdooien. Positieve cellen zullen worden gesorteerd door middel van flowcytometrie en DNA zal worden geëxpandeerd door middel van PCR voordat de sequentiebepaling wordt uitgevoerd, waardoor specifieke sequenties kunnen worden geïdentificeerd aan de hand van de unieke DNA-barcode.

De analyse van HERVs-specifieke CD8+ T-celresponsen na HSCT zal ons in staat stellen om de rol van HERVs bij het ontstaan ​​van het graft-versus-leukemie-effect beter te definiëren. Een specifieke T-celrespons zonder GvHD zal de relevantie bepalen van dergelijke peptiden als tumorspecifieke antigenen.