Endogene retrovira ved akut myeloid leukæmi (ERVAL)

Allogen hæmatopoietisk stamcelletransplantation (HSCT) er den eneste helbredende behandling for adskillige maligne hæmatologiske sygdomme. På trods af de seneste fremskridt på området er tilbagefaldsraterne stadig høje og den første dødsårsag. Det er derfor et presserende behov for at identificere nye relevante terapeutiske mål.

Humane endogene retrovira (HERV'er) tegner sig for 8% af det humane genom. Mens de er dæmpet i steady state (hovedsageligt af methyleringsmekanismer), er HERVs reaktiveringer blevet beskrevet under forskellige tilstande såsom autoimmune sygdomme eller cancer, hvilket fører til en medfødt og adaptiv immunrespons. Der rejses adskillige spørgsmål inden for hæmatologi, hvor få data er tilgængelige, og den nøjagtige rolle af HERV'er i disse sygdomme er endnu ikke defineret.

Vores team arbejder i øjeblikket på HERV'ers rolle i forskellige typer kræft. Vi udviklede en bioinformatisk tilgang til at identificere overudtrykte HERV'er fra RNAseq-data. Vi udviklede også in vitro-assays for at vurdere immunogeniciteten af ​​forskellige peptider fra HERVs åbne læserammer og viste, at flere epitoper, der deles mellem forskellige HERV'er, kan inducere et specifikt CD8+ T-cellerespons. For nylig har vi analyseret 151 akut myeloid leukæmi (AML) RNAseq-data fra TCGA og identificeret flere overudtrykte HERV'er i denne sygdom. Immunogenicitetstest er i øjeblikket i gang med patientens blod ved diagnose.

Hovedformålet med denne del af vores projekt er at analysere etableringen af ​​et HERVs-specifikt CD8+ T-cellerespons, der deltager i graft-versus-leukæmi-effekt efter HSCT for AML-patienter. Sekundære mål er at analysere sammenhængen mellem dette respons og forskellige kliniske faktorer såsom indtræden af ​​GVHD eller tilbagefald.

Perifere mononukleære blodceller (PBMC'er) fra AML-patienter vil blive ekstraheret og frosset på forskellige tidspunkter: diagnose, fuldstændig remission (præ-HSCT) og efter HSCT (M3, M6 og M12). Denne prospektive protokol er i øjeblikket i gang på Centre Hospitalier Lyon Sud, med omkring 30 prøver allerede tilgængelige.

Efter at have udvalgt relevante HERV'er, syntetiseres specifikke dextramerer identificeret ved DNA-stregkode. Disse dextramerer, der tillader identifikation af specifikke T-celleresponser rettet mod op til 1000 epitoper, vil være i stand til at screene specifikke T-celler rettet mod HERV'er overudtrykt i AML for de mest almindelige HLA. Dextramer-farvning vil blive udført på PBMC'er efter optøning. Positive celler vil blive sorteret ved flowcytometri, og DNA vil blive udvidet ved PCR, før der udføres sekventering, hvilket muliggør identifikation af specifikke sekvenser ved dens unikke DNA-stregkode.

Analysen af ​​HERVs-specifikke CD8+ T-celleresponser efter HSCT vil give os mulighed for bedre at definere HERVs rolle i begyndelsen af ​​graft-versus-leukæmi-effekt. Et specifikt T-cellerespons uden GvHD vil definere relevansen af ​​sådanne peptider som tumorspecifikke antigener.