Endogena retrovirus vid akut myeloid leukemi (ERVAL)

Allogen hematopoetisk stamcellstransplantation (HSCT) är den enda botande behandlingen för många maligna hematologiska sjukdomar. Trots den senaste tidens framsteg på området är återfallsfrekvensen fortfarande hög och den första dödsorsaken. Identifieringen av nya relevanta terapeutiska mål är därför brådskande.

Humana endogena retrovirus (HERV) står för 8 % av det mänskliga genomet. Medan de tystats i steady state (främst av metyleringsmekanismer), har HERV-reaktiveringar beskrivits under olika tillstånd såsom autoimmuna sjukdomar eller cancer, vilket leder till ett medfödd och adaptivt immunsvar. Flera frågor ställs inom hematologi där få data finns tillgängliga, och HERV:s exakta roll i dessa sjukdomar är fortfarande att definiera.

Vårt team arbetar för närvarande med HERVs roll i olika typer av cancer. Vi utvecklade en bioinformatisk metod för att identifiera överuttryckta HERV från RNAseq-data. Vi utvecklade också in vitro-analyser för att bedöma immunogeniciteten hos olika peptider från HERVs öppna läsramar och visade att flera epitoper som delas mellan olika HERV kan inducera ett specifikt CD8+ T-cellssvar. På senare tid har vi analyserat 151 akut myeloid leukemi (AML) RNAseq-data från TCGA och identifierat flera överuttryckta HERV i denna sjukdom. Immunogenicitetstest pågår för närvarande med patientens blod vid diagnos.

Huvudsyftet med denna del av vårt projekt är att analysera etableringen av ett HERVs-specifikt CD8+ T-cellssvar som deltar i graft-versus-leukemieffekt efter HSCT för AML-patienter. Sekundära mål är att analysera sambandet mellan detta svar och olika kliniska faktorer såsom uppkomsten av GVHD eller återfall.

Perifera mononukleära blodceller (PBMC) från AML-patienter kommer att extraheras och frysas vid olika tidpunkter: diagnos, fullständig remission (pre-HSCT) och efter HSCT (M3, M6 och M12). Detta prospektiva protokoll pågår för närvarande på Centre Hospitalier Lyon Sud, med cirka 30 prover redan tillgängliga.

Efter att ha valt relevanta HERV, kommer specifika dextramerer identifierade med DNA-streckkod att syntetiseras. Dessa dextramerer möjliggör identifiering av specifika T-cellssvar riktade mot upp till 1000 epitoper, vi kommer att kunna screena specifika T-celler riktade mot HERVs överuttryckta i AML för de flesta vanliga HLA. Dextramerfärgning kommer att utföras på PBMC efter upptining. Positiva celler kommer att sorteras genom flödescytometri och DNA kommer att expanderas med PCR innan sekvensering utförs, vilket möjliggör identifiering av specifika sekvenser med dess unika DNA-streckkod.

Analysen av HERVs-specifika CD8+ T-cellsvar efter HSCT kommer att tillåta oss att bättre definiera HERVs roll i uppkomsten av graft-versus-leukemieffekt. Ett specifikt T-cellssvar utan GvHD kommer att definiera relevansen av sådana peptider som tumörspecifika antigener.