Эндогенные ретровирусы при остром миелоидном лейкозе (ERVAL)

Аллогенная трансплантация гемопоэтических стволовых клеток (ТГСК) является единственным радикальным методом лечения многих злокачественных гематологических заболеваний. Несмотря на недавние достижения в этой области, частота рецидивов по-прежнему высока и является первой причиной смерти. Поэтому срочно необходимо определение новых соответствующих терапевтических мишеней.

Эндогенные ретровирусы человека (HERV) составляют 8% генома человека. В устойчивом состоянии (в основном за счет механизмов метилирования) реактивация HERV была описана при различных состояниях, таких как аутоиммунные заболевания или рак, что приводило к врожденному и адаптивному иммунному ответу. Несколько вопросов поднимаются в области гематологии, где доступно мало данных, и точная роль HERV в этих заболеваниях еще предстоит определить.

Наша команда в настоящее время работает над ролью HERV в различных типах рака. Мы разработали биоинформатический подход для выявления сверхэкспрессированных HERV по данным RNAseq. Мы также разработали анализы in vitro для оценки иммуногенности различных пептидов из открытых рамок считывания HERV и показали, что несколько эпитопов, общих для разных HERV, могут индуцировать специфический CD8+ T-клеточный ответ. Совсем недавно мы проанализировали данные RNAseq 151 острого миелоидного лейкоза (ОМЛ) из TCGA и идентифицировали множественные сверхэкспрессированные HERV при этом заболевании. В настоящее время проводятся тесты на иммуногенность с кровью пациента при постановке диагноза.

Основная цель этой части нашего проекта - проанализировать установление HERV-специфического CD8+ Т-клеточного ответа, участвующего в эффекте «трансплантат против лейкемии» после ТГСК у пациентов с ОМЛ. Второстепенными целями являются анализ связи между этим ответом и различными клиническими факторами, такими как начало РТПХ или рецидив.

Мононуклеарные клетки периферической крови (PBMC) от пациентов с ОМЛ будут извлечены и заморожены в разные моменты времени: диагноз, полная ремиссия (до ТГСК) и после ТГСК (M3, M6 и M12). Этот предполагаемый протокол в настоящее время выполняется в Центре Hospitalier Lyon Sud, и уже доступно около 30 образцов.

После выбора соответствующих HERV будут синтезированы специфические декстрамеры, идентифицированные штрих-кодом ДНК. Эти декстрамеры позволяют идентифицировать специфические ответы Т-клеток, направленные против эпитопов до 1000, и мы сможем проводить скрининг специфических Т-клеток, направленных против HERV, сверхэкспрессированных при ОМЛ, для наиболее распространенных HLA. Окрашивание декстрамером проводят на РВМС после оттаивания. Положительные клетки будут отсортированы с помощью проточной цитометрии, а ДНК будет расширена с помощью ПЦР перед выполнением секвенирования, что позволит идентифицировать определенные последовательности по уникальному штрих-коду ДНК.

Анализ HERV-специфических ответов CD8+ Т-клеток после ТГСК позволит нам лучше определить роль HERV в возникновении эффекта «трансплантат против лейкемии». Специфический Т-клеточный ответ без GvHD будет определять значимость таких пептидов в качестве опухолеспецифических антигенов.