Endogeeniset retrovirukset akuutissa myelooisessa leukemiassa (ERVAL)

Allogeeninen hematopoieettinen kantasolusiirto (HSCT) on ainoa parantava hoitomuoto useille pahanlaatuisille hematologisille sairauksille. Huolimatta alan viimeaikaisista edistysaskeleista, uusiutumisen määrä on edelleen korkea ja ensimmäinen kuolinsyy. Siksi uusien relevanttien terapeuttisten kohteiden tunnistaminen on kiireellistä.

Ihmisen endogeeniset retrovirukset (HERV:t) muodostavat 8 % ihmisen genomista. Vaikka HERV:iden uudelleenaktivoitumista on vaimennettu vakaassa tilassa (pääasiassa metylaatiomekanismien avulla), niitä on kuvattu erilaisissa olosuhteissa, kuten autoimmuunisairauksissa tai syövässä, mikä johtaa synnynnäiseen ja adaptiiviseen immuunivasteeseen. Useita kysymyksiä herää hematologian alalla, josta on saatavilla vain vähän tietoa, ja HERV:iden tarkka rooli näissä sairauksissa on vielä määrittelemättä.

Tiimimme tutkii parhaillaan HERV:ien roolia eri syöpätyypeissä. Kehitimme bioinformatiikan lähestymistavan tunnistaaksemme yli-ilmentyneet HERV:t RNAseq-tiedoista. Kehitimme myös in vitro -määrityksiä eri peptidien immunogeenisyyden arvioimiseksi HERV:iden avoimista lukukehyksistä ja osoitimme, että useat eri HERV:ien kesken jaetut epitoopit voivat indusoida spesifisen CD8+ T-soluvasteen. Äskettäin olemme analysoineet 151 akuutin myelooisen leukemian (AML) RNAseq-tietoja TCGA:sta ja tunnistaneet useita yli-ilmentyneitä HERV:itä tässä taudissa. Immunogeenisuustestit ovat parhaillaan käynnissä potilaan verellä diagnoosin yhteydessä.

Projektimme tämän osan päätavoitteena on analysoida HERV-spesifisen CD8+ T-soluvasteen muodostumista, joka osallistuu graft-versus-leukemia-vaikutukseen HSCT:n jälkeen AML-potilailla. Toissijaisena tavoitteena on analysoida tämän vasteen ja eri kliinisten tekijöiden, kuten GVHD:n alkamisen tai uusiutumisen, välisiä suhteita.

AML-potilaiden perifeerisen veren mononukleaarisolut (PBMC:t) erotetaan ja jäädytetään eri ajankohtina: diagnoosi, täydellinen remissio (pre-HSCT) ja HSCT:n jälkeen (M3, M6 ja M12). Tämä mahdollinen protokolla on parhaillaan käynnissä Center Hospitalier Lyon Sudissa, ja noin 30 näytettä on jo saatavilla.

Kun asiaankuuluvat HERV:t on valittu, DNA-viivakoodin perusteella tunnistetut dekstrameerit syntetisoidaan. Nämä dekstrameerit mahdollistavat spesifisten T-soluvasteiden tunnistamisen, jotka on suunnattu jopa 1000 epitooppia vastaan, ja pystymme seulomaan spesifisiä T-soluja, jotka on suunnattu AML:ssä yli-ilmentyneitä HERV:itä vastaan ​​yleisimmän HLA:n suhteen. Dekstrameerivärjäys suoritetaan PBMC:ille sulatuksen jälkeen. Positiiviset solut lajitellaan virtaussytometrialla ja DNA:ta laajennetaan PCR:llä ennen sekvensoinnin suorittamista, mikä mahdollistaa spesifisten sekvenssien tunnistamisen sen ainutlaatuisen DNA-viivakoodin perusteella.

HERV-spesifisten CD8+ T-soluvasteiden analysointi HSCT:n jälkeen antaa meille mahdollisuuden määritellä paremmin HERV:n rooli graft-versus-leukemia-vaikutuksen alkaessa. Spesifinen T-soluvaste ilman GvHD:tä määrittelee tällaisten peptidien merkityksen kasvainspesifisinä antigeeneina.