Endogenní retroviry u akutní myeloidní leukémie (ERVAL)

Alogenní transplantace hematopoetických kmenových buněk (HSCT) je jedinou kurativní terapií pro řadu maligních hematologických onemocnění. Navzdory nedávnému pokroku v této oblasti je míra relapsů stále vysoká a je první příčinou smrti. Je proto naléhavě zapotřebí identifikace nových relevantních terapeutických cílů.

Lidské endogenní retroviry (HERV) tvoří 8 % lidského genomu. Zatímco umlčeny v ustáleném stavu (hlavně methylačními mechanismy), byly reaktivace HERV popsány u různých stavů, jako jsou autoimunitní onemocnění nebo rakovina, což vede k vrozené a adaptivní imunitní reakci. V oblasti hematologie, kde je k dispozici jen málo údajů, vyvstává několik otázek a přesnou roli HERV u těchto onemocnění je stále potřeba definovat.

Náš tým v současné době pracuje na roli HERV u různých typů rakoviny. Vyvinuli jsme bioinformatický přístup k identifikaci nadměrně exprimovaných HERV z dat RNAseq. Také jsme vyvinuli in vitro testy pro hodnocení imunogenicity různých peptidů z otevřených čtecích rámců HERV a ukázali jsme, že několik epitopů sdílených mezi různými HERV může indukovat specifickou odpověď CD8+ T buněk. Nedávno jsme analyzovali 151 dat RNAseq akutní myeloidní leukémie (AML) z TCGA a identifikovali jsme u tohoto onemocnění mnohočetné nadměrně exprimované HERV. V současné době probíhají testy imunogenicity s pacientovou krví při diagnóze.

Hlavním cílem této části našeho projektu je analyzovat vznik HERVs-specifické CD8+ T buněčné odpovědi podílející se na efektu štěpu proti leukémii po HSCT u pacientů s AML. Sekundárními cíli je analyzovat vztahy mezi touto odpovědí a různými klinickými faktory, jako je nástup GVHD nebo relaps.

Mononukleární buňky periferní krve (PBMC) od pacientů s AML budou extrahovány a zmraženy v různých časových bodech: diagnóza, kompletní remise (před HSCT) a po HSCT (M3, M6 a M12). Tento prospektivní protokol v současné době probíhá v Centre Hospitalier Lyon Sud a již je k dispozici přibližně 30 vzorků.

Po výběru relevantních HERV budou syntetizovány specifické dextramery identifikované čárovým kódem DNA. Tyto dextramery umožňující identifikaci specifických odpovědí T lymfocytů namířených až proti 1000 epitopům, budeme schopni skrínovat specifické T lymfocyty namířené proti HERV nadměrně exprimovaným v AML na nejběžnější HLA. Barvení dextramerem bude provedeno na PBMC po rozmrazení. Pozitivní buňky budou tříděny průtokovou cytometrií a DNA bude expandována pomocí PCR před provedením sekvenování, což umožní identifikaci specifických sekvencí pomocí jedinečného čárového kódu DNA.

Analýza HERV-specifických CD8+ T buněčných odpovědí po HSCT nám umožní lépe definovat roli HERVs při nástupu účinku štěpu proti leukémii. Specifická odpověď T buněk bez GvHD bude definovat relevanci takových peptidů jako nádorově specifických antigenů.