Endogene retrovirus ved akutt myeloid leukemi (ERVAL)

Allogen hematopoietisk stamcelletransplantasjon (HSCT) er den eneste kurative behandlingen for en rekke ondartede hematologiske sykdommer. Til tross for nylige fremskritt på feltet, er tilbakefallstallene fortsatt høye og den første dødsårsaken. Det er derfor et presserende behov for å identifisere nye relevante terapeutiske mål.

Humane endogene retrovirus (HERV) står for 8% av det menneskelige genomet. Mens de er stilnet i steady state (hovedsakelig av metyleringsmekanismer), har HERV-reaktiveringer blitt beskrevet under forskjellige tilstander som autoimmune sykdommer eller kreft, noe som fører til en medfødt og adaptiv immunrespons. Flere spørsmål reises innen hematologi hvor få data er tilgjengelige, og den nøyaktige rollen til HERVs i disse sykdommene er fortsatt å definere.

Teamet vårt jobber for tiden med HERVs rolle i ulike typer kreft. Vi utviklet en bioinformatikk-tilnærming for å identifisere overuttrykte HERV-er fra RNAseq-data. Vi utviklet også in vitro-analyser for å vurdere immunogenisiteten til forskjellige peptider fra HERVs åpne leserammer og viste at flere epitoper delt mellom forskjellige HERV-er kan indusere en spesifikk CD8+ T-cellerespons. Mer nylig har vi analysert 151 akutt myeloid leukemi (AML) RNAseq-data fra TCGA og identifisert flere overuttrykte HERV-er i denne sykdommen. Immunogenisitetstest pågår for tiden med pasientens blod ved diagnose.

Hovedmålet med denne delen av prosjektet vårt er å analysere etableringen av en HERVs-spesifikk CD8+ T-cellerespons som deltar i graft-versus-leukemieffekt etter HSCT for AML-pasienter. Sekundære mål er å analysere sammenhengen mellom denne responsen og ulike kliniske faktorer som utbruddet av GVHD eller tilbakefall.

Perifere mononukleære blodceller (PBMC) fra AML-pasienter vil bli ekstrahert og frosset ned på forskjellige tidspunkt: diagnose, fullstendig remisjon (pre-HSCT) og etter HSCT (M3, M6 og M12). Denne prospektive protokollen pågår for tiden ved Centre Hospitalier Lyon Sud, med rundt 30 prøver allerede tilgjengelig.

Etter å ha valgt relevante HERV-er, vil spesifikke dextramerer identifisert med DNA-strekkode syntetiseres. Disse dextramerene som tillater identifikasjon av spesifikke T-celleresponser rettet mot opptil 1000 epitoper, vil vi kunne screene spesifikke T-celler rettet mot HERV-er overuttrykt i AML for de fleste vanlige HLA. Dextramer-farging vil bli utført på PBMC-er etter tining. Positive celler vil bli sortert ved hjelp av flowcytometri og DNA vil bli utvidet ved PCR før sekvensering utføres, slik at spesifikke sekvenser kan identifiseres ved hjelp av dens unike DNA-strekkode.

Analysen av HERVs-spesifikke CD8+ T-celleresponser etter HSCT vil tillate oss å bedre definere HERVs rolle i utbruddet av graft-versus-leukemi-effekt. En spesifikk T-cellerespons uten GvHD vil definere relevansen av slike peptider som tumorspesifikke antigener.