FMT pour la décolonisation des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (FMT-CRE)

Les taux de résistance aux antimicrobiens augmentent dans le monde. Il y a de plus en plus de preuves que le microbiote intestinal physiologique est un grand réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques. Un microbiote intestinal sain est connu pour empêcher la colonisation du tractus gastro-intestinal par des agents pathogènes, ce que l'on appelle le mécanisme de résistance à la colonisation, mais ce mécanisme de protection peut être altéré par des thérapies qui altèrent le microbiote intestinal, y compris les antibiotiques ou les chimiothérapies, avec pour conséquence une colonisation d'agents pathogènes intestinaux. , y compris les bactéries multirésistantes (MDRB). Les porteurs de MDRB représentent une menace épidémiologique pour les autres patients hospitalisés et pour l'ensemble de la communauté, mais sont également à risque de développer des conséquences cliniques de cette colonisation, notamment des infections du sang par ces agents pathogènes. La transplantation de microbiote fécal (FMT) a montré une grande efficacité dans l'éradication de l'infection récurrente à C. difficile, et les premières preuves suggèrent que cette procédure pourrait être utile pour éradiquer également la MDRB, principalement les entérobactéries résistantes aux carbapénèmes.

Cependant, les preuves actuelles se limitent principalement à des rapports de cas et à des séries de cas, ainsi qu'à un seul essai randomisé, qui a été arrêté prématurément et n'a pas tiré de conclusion claire. Dans une revue systématique de 21 études et 192 patients, les taux d'éradication variaient de 0 % à 100 %, et les auteurs ont conclu que des essais contrôlés randomisés plus vastes et bien conçus sont nécessaires pour explorer davantage cette thérapie.

Les objectifs élargis de cette étude sont :

• Comparer l'efficacité de la FMT du donneur et de la FMT du placebo dans l'éradication de la colonisation intestinale de la CRE
• Comparer l'efficacité de la FMT du donneur et de la FMT du placebo dans la prévention des manifestations cliniques de la colonisation intestinale par la CRE
• Pour étudier les changements dans le microbiome intestinal après les traitements

Les enquêteurs mèneront un essai clinique randomisé en double aveugle, contrôlé par placebo, dans un seul centre de donneur FMT vs placebo FMT chez les porteurs de CRE Les patients seront recrutés parmi ceux référés à la clinique ambulatoire des maladies infectieuses de la Fondazione Policlinico Universitario "A. Gémelli". Les patients avec tous les critères d'inclusion et aucun des critères d'exclusion (détaillé dans la section spécifique de ce site) seront considérés pour cette étude.

Avant la randomisation, les données démographiques seront collectées par le personnel des maladies infectieuses. De plus, les patients répéteront l'écouvillonnage rectal et la culture des selles.

De plus, les patients seront invités à donner des échantillons de selles à collecter dans un récipient stérile scellé et conservé à -80 ° C pour l'évaluation métagénomique du microbiome intestinal et l'évaluation du méta-transcriptome par le personnel de microbiologie.

Après les évaluations de base, les patients seront assignés au hasard à l'un des bras de traitement suivants :

• Donateur FMT (D-FMT)
• Placebo FMT (P-FMT)

Les patients des deux groupes subiront une seule procédure FMT par coloscopie. Chaque patient du groupe donneur FMT recevra les fèces d'un seul donneur. Placebo FMT sera composé de 250 ml d'eau. La sélection des donneurs de selles sera effectuée par le personnel de gastro-entérologie selon les protocoles précédemment recommandés par les directives internationales et selon la nouvelle recommandation imposée par la réorganisation de la greffe de microbiote fécal pendant la pandémie de COVID-19 (Ianiro et al. - Gut 2020). Les infusats fécaux de donneurs sains aux patients seront effectués de manière aléatoire, sans correspondance spécifique receveur-donneur, car cela n'est pas recommandé par les directives internationales. Tous les infusats fécaux seront fabriqués dans l'unité de microbiologie de notre hôpital. Seules les matières fécales congelées seront utilisées. La préparation des matières fécales congelées suivra les protocoles des directives internationales.

Les visites de suivi seront effectuées par des médecins de l'unité de gastro-entérologie et de l'unité des maladies infectieuses. Tous les patients seront suivis pendant 3 mois après la fin des traitements. Les visites de suivi seront programmées à la semaine 1, à la semaine 2, à la semaine 4 et à la semaine 12, après la fin des traitements, respectivement. À chaque visite, les évaluations suivantes seront effectuées : 1) prélèvement rectal pour la détection de la MDRB ; 2) prélèvement d'échantillons de selles pour coproculture ; 3) collecte d'échantillons de selles pour analyse du microbiome ; 4) enregistrement des événements indésirables. Des visites de suivi non programmées seront proposées à la demande des patients.

Les résultats de l'étude sont détaillés dans la section spécifique de ce site Web.

L'analyse statistique sera effectuée à la fois en intention de traiter et selon le protocole. Les différences entre les groupes seront évaluées avec un test de somme de Wilcoxon bilatéral pour les données continues et avec le test de probabilité exacte de Fisher (utilisant des valeurs P bilatérales) pour les données catégorielles. Les différences dans les pourcentages de guérison seront déterminées avec le test exact de Fisher (avec des valeurs P bilatérales). Pour l'analyse du microbiome, les différences statistiques entre les moyennes de groupe seront calculées à l'aide d'un test Wilcoxon-Rank Sum bilatéral, via le progiciel statistique R (R Core Team, Vienne, Autriche).