Hotspots, foyers et hôpitaux : amélioration de la recherche de cas de tuberculose pharmacorésistante en Namibie (H3TB)

La mauvaise gestion des cas, la variabilité pharmacocinétique et la transmission continue ont favorisé l'épidémie de tuberculose résistante aux médicaments (TB-DR), entraînant un nombre mondial estimé de > 500 000 nouveaux cas de tuberculose multirésistante (MDR) par an, dont environ 10 % sont extrêmement résistant aux médicaments (XDR). La Namibie est un pays à forte charge de tuberculose avec un taux d'incidence de 446/100 000 en 2016 ; environ 11 000 nouveaux cas par an. 3,9 % des nouveaux cas et 8,7 % des cas déjà traités sont atteints de tuberculose multirésistante. Le séquençage du génome entier (WGS) a récemment été appliqué pour interroger le code génétique complet des souches de Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Le WGS peut être utilisé pour déduire les relations entre les souches identifiées ainsi que pour déterminer les variations génomiques impliquées dans le développement de la résistance.

Les objectifs spécifiques de l'étude H3TB sont de : (i) caractériser l'épidémie de TB pharmacorésistante, en termes de données cliniques, épidémiologiques, géospatiales, de réseaux sociaux et de laboratoire, afin d'identifier les points chauds de transmission dans trois régions de Namibie, (ii) évaluer la la faisabilité de stratégies d'intervention ciblées pour la recherche de cas afin d'améliorer le contrôle de la TB pharmacorésistante dans les populations fortement touchées et (iii) développer un modèle de transmission pour étudier l'impact potentiel des stratégies d'intervention de recherche de cas sur l'incidence de la TB pharmacorésistante en Namibie.

Une étude de surveillance prospective a débuté en janvier 2020, qui inclut tous les cas de TB pharmacorésistante en Namibie, et qui nichera H3TB. Des outils de collecte de données et d'autres outils de mise en œuvre d'études ont été conçus et mis en œuvre. L'équipe de l'étude travaille en étroite collaboration avec l'Institut national de pathologie, où tous les cas de TB pharmacorésistante du pays sont enregistrés, pour s'assurer que tous les cas possibles sont capturés. Ceci est important pour l'identification des points chauds de transmission.

Après l'approbation du HREC et du MOHSS, les personnes ayant des échantillons résistants à la rifampicine GeneXpert® MTB/RIF et une culture positive de Mtb provenant de trois régions de Namibie seront incluses dans une étude d'identification des points chauds de transmission. Des données préliminaires ont montré que des clusters de TB pharmacorésistante existent dans ces régions. Des données cliniques, épidémiologiques, géospatiales, de réseaux sociaux et de laboratoire (GeneXpert® MTB/RIF, culture, tests de sensibilité aux médicaments) seront collectées. La capacité WGS a été établie au laboratoire de recherche de l'UNAM, où WGS sera effectué sur les échantillons de participants H3TB ; les résultats seront validés au Research Center Borstel en Allemagne. Ces résultats d'étude, associés à une revue systématique et à une méta-analyse, éclaireront la conception des interventions de recherche de cas qui seront évaluées par le biais d'une étude de faisabilité à méthodes mixtes menée dans les zones à forte transmission (points chauds, ménages et hôpitaux). Les données de ces études et du programme de lutte contre la tuberculose seront utilisées pour développer le modèle qui comprendra une composante d'économie de la santé.

L'étude renforcera le diagnostic, la surveillance et le contrôle de la TB pharmacorésistante, éclairera la politique de recherche des cas de TB pharmacorésistante en Namibie et au niveau régional, éclairera l'allocation des ressources en identifiant les zones à forte transmission et créera des données préliminaires pour concevoir une intervention de détection des cas de TB pharmacorésistante à grande échelle.