Étude sur l'acquisition et la transmission des porteurs de Streptococcus Pyogenes (SpyCATS)

Type d'étude et conception

L'étude est une étude de cohorte prospective longitudinale (ouverte) au sein des ménages de Sukuta, en Gambie. Les ménages seront recrutés et tous les membres disponibles du ménage invités à participer. Les ménages seront suivis pendant 12 mois, avec des visites jusqu'à mensuelles (au moins 3 visites mensuelles), et plus fréquemment pour certains sous-groupes de participants.

Un total de 45 ménages seront recrutés, y compris chaque membre du ménage disponible en tant que participants individuels (résultant en une cohorte d'environ 450 participants avec la taille moyenne des ménages à Sukuta étant d'environ 10).

Les ménages seront inscrits pendant 12 mois, l'inscription visant à commencer avant la saison des pluies, afin de garantir que la période d'inscription s'étendra sur une saison des pluies complète, avec des périodes sèches de part et d'autre. Chaque ménage subira une visite d'inscription (MV0), puis jusqu'à des visites mensuelles (MV1, MV2, MV3 etc., jusqu'à MV12) ou moins fréquemment si des contraintes pratiques surviennent.

À chaque visite, un écouvillon oropharyngé, un écouvillon de peau normale, un échantillon de liquide buccal et un échantillon de tache de sang séché seront prélevés sur tous les individus, des données recueillies sur les données sociodémographiques, le comportement de mixité sociale et les résultats de l'examen clinique. Les résultats des examens enregistrés comprendront des signes de pharyngite, de pyodermite et de gale. De plus, un échantillon de sang pour le sérum sera prélevé au début et à la fin de l'étude pour des réponses immunitaires fonctionnelles détaillées. Des écouvillons seront également prélevés sur toutes les lésions de pyodermite, à partir de points de contact courants dans le ménage tels que les poignées de porte et les plaques de décantation utilisées à l'intérieur des ménages.

Les écouvillons seront transportés le jour même au laboratoire et étalés pour la culture microbiologique. La culture identifiera la présence de GAS à partir des écouvillons et, le cas échéant, la résistance aux antibiotiques sera déterminée et les isolats stockés pour une utilisation ultérieure. De plus, si les streptocoques des groupes C et G sont identifiés, les isolats seront stockés, et à partir d'écouvillons de peau normale et de pyodermite, tous les isolats de Staphylococcus aureus seront stockés.

Les écouvillons des participants seront cultivés pour la présence de GAS et les isolats subiront un séquençage du génome entier afin d'évaluer la parenté phylogénétique des souches identifiées. Ces données, combinées à l'incidence temporelle de l'acquisition de souches, aux données cliniques et à la situation des ménages, seront utilisées pour construire un modèle mathématique de transmission du SGA afin d'identifier les principales voies de transmission au sein et entre les ménages.

Sous-études :

Cohorte de surveillance SGA incidente intensifiée

Un sous-groupe de 12 ménages, la plupart avec au moins un individu asymptomatique porteur de SGA au départ, et certains sans porteurs, formeront une cohorte pour subir un écouvillonnage intensif. Cette cohorte sera utilisée pour évaluer l'incidence du portage du SGA et de la maladie avec une plus grande résolution que la cohorte principale. Tous les membres du ménage présents subiront des prélèvements plus fréquents, en vue d'être visités chaque semaine pendant 6 mois. Lors de ces visites, des données plus détaillées sur les comportements de mixité sociale seront collectées.

Estimation de la durée du transport GAS

Un autre sous-groupe sera également identifié pour permettre une plus grande résolution dans l'estimation de la durée du portage du SGA. Après l'inscription, tout participant qui devient porteur de GAS positif (c'est-à-dire qu'il était négatif au départ ou lors de la visite précédente, puis devient positif de manière asymptomatique) subira des prélèvements hebdomadaires sur le même site qui était positif, jusqu'à ce que 2 prélèvements négatifs au GAS aient été prélevés dans un ligne.

Estimation de l'incidence des infections à SGA

Pour évaluer l'incidence de la maladie clinique à SGA dans la cohorte tout au long de l'étude, tous les participants signalant des symptômes évocateurs d'une éventuelle infection clinique à SGA, tels qu'une pharyngite ou une pyodermite (mais comprenant également des infections invasives), seront visités pour une visite imprévue où un examen clinique et de santé - les antécédents de recherche seront enregistrés, un prélèvement, de la salive et du DBS seront prélevés, et le traitement (ou une prise en charge supplémentaire) sera administré conformément aux directives de l'OMS ou aux meilleures pratiques locales. De plus, à chaque visite prévue, toute personne identifiée avec des symptômes d'infection clinique à SGA subira le même processus d'anamnèse, de prélèvement, de traitement et de suivi.