Streptococcus Pyogenesin kuljetusten hankinta- ja leviämistutkimus (SpyCATS)

Opiskelutyyppi ja suunnittelu

Tutkimus on prospektiivinen, pitkittäinen (avoin) kohorttitutkimus kotitalouksissa Sukutassa, Gambiassa. Kotitaloudet rekrytoidaan, ja kaikki käytettävissä olevat kotitalouden jäsenet pyydetään osallistumaan. Kotitalouksia seurataan 12 kuukauden ajan, jopa kuukausittain (vähintään 3 kuukauden välein) ja useammin joidenkin osallistujien alaryhmien osalta.

Rekrytoidaan yhteensä 45 kotitaloutta, mukaan lukien jokainen vapaana oleva kotitalouden jäsen yksittäisenä osallistujana (jolloin kohortti on noin 450 osallistujaa ja keskimääräinen kotitalouden koko Sukutassa on noin 10).

Kotitaloudet rekisteröidään 12 kuukaudeksi, ja ilmoittautuminen pyritään aloittamaan ennen sadekautta, jotta varmistetaan, että ilmoittautumisjakso kestää yhden täyden sadekauden, jolloin molemmilla puolilla on kuivia jaksoja. Jokaiselle kotitaloudelle tehdään ilmoittautumiskäynti (MV0), sen jälkeen enintään kuukausittain (MV1, MV2, MV3 jne., MV12 asti) tai harvemmin, jos käytännön rajoitteita ilmenee.

Jokaisella käynnillä kaikilta henkilöiltä otetaan suunielun vanupuikko, normaali ihonäyte, suunestenäyte ja kuivattu veripistenäyte, kerätään tietoja sosio-demografisista, sosiaalisesta sekoittumiskäyttäytymisestä ja kliinisistä tutkimustuloksista. Tallennetut tutkimuslöydökset sisältävät todisteita nielutulehduksesta, pyodermasta ja syyhystä. Lisäksi verinäyte seerumia varten otetaan tutkimuksen alussa ja lopussa yksityiskohtaisten toiminnallisten immuunivasteiden selvittämiseksi. Vanupuikkoja otetaan myös kaikista pyodermavaurioista, kotitalouden yleisistä kosketuspisteistä, kuten ovenkahvoista, ja kotitalouksissa käytetyistä tasoituslevyistä.

Pyyhkäisynäytteet kuljetetaan samana päivänä laboratorioon ja maljataan mikrobiologista viljelyä varten. Viljelmä tunnistaa GAS:n läsnäolon vanupuikoista, ja jos sitä on, antibioottiresistenssi määritetään ja isolaatit varastoidaan myöhempää käyttöä varten. Lisäksi, jos ryhmien C ja G Streptococcus -bakteerit tunnistetaan, isolaatit varastoidaan, ja normaalista ihosta ja pyodermahaavasta otetuista vanupuikoista kaikki Staphylococcus aureus -isolaatit säilytetään.

Osallistujien pyyhkäisyistä viljellään GAS:n esiintyminen ja isolaateille suoritetaan koko genomi sekvensointi tunnistettujen kantojen fylogeneettisen sukulaisuuden arvioimiseksi. Näitä tietoja yhdistettynä ajalliseen kannanoton esiintyvyyteen, kliinisiin tietoihin ja kotitalouden tilanteeseen käytetään GAS-välityksen matemaattisen mallin rakentamiseen, jotta voidaan tunnistaa keskeiset tartuntareitit kotitalouksien sisällä ja välillä.

Osatutkimukset:

Tehostettu vaaratilanteiden GAS-valvontakohortti

12 kotitalouden alaryhmä, joista useimmissa on vähintään yksi oireeton GAS-potilas lähtötilanteessa ja joissakin ei ole kantajia, muodostaa kohortin, jolle suoritetaan tehostettu vanupuikko. Tätä kohorttia käytetään GAS-kuljetusten ja -sairauksien esiintyvyyden arvioimiseen suuremmalla erottelukyvyllä kuin pääkohortti. Kaikille läsnä oleville kotitalouden jäsenille suoritetaan useammin pyyhkäisy, jonka tarkoituksena on käydä viikoittain kuuden kuukauden ajan. Näillä vierailuilla kerätään tarkempaa tietoa sosiaalisen sekoittumisen käyttäytymisestä.

Kaasun kuljetuksen keston arvioiminen

Lisäksi tunnistetaan toinen alaryhmä, jotta kaasun kuljetuksen kestoa arvioitaessa saadaan parempi tarkkuus. Ilmoittautumisen jälkeen jokaiselta osallistujalta, josta tulee GAS-kantajapositiivinen (eli oli negatiivinen lähtötilanteessa tai edellisellä käynnillä ja tulee sitten positiiviseksi oireettomasti), otetaan viikoittain vanupuikkoja samasta paikasta, joka oli positiivinen, kunnes 2 GAS-negatiivista pyyhkäisyä on otettu rivi.

GAS-infektioiden esiintyvyyden arviointi

Kliinisen GAS-taudin esiintyvyyden arvioimiseksi kohortissa koko tutkimuksen ajan, kaikki osallistujat, jotka ilmoittavat mahdolliseen kliiniseen GAS-infektioon viittaavista oireista, kuten nielutulehdus tai pyoderma (mutta myös invasiiviset infektiot), vierailevat suunnittelemattomalla käynnillä, jossa kliininen ja terveys- etsintähistoria tallennetaan, vanupuikko, sylki ja DBS otetaan ja hoito (tai jatkohoito) toimitetaan WHO:n ohjeiden tai parhaan paikallisen käytännön mukaisesti. Lisäksi jokaisella suunnitellulla käynnillä jokainen henkilö, jolla on kliinisen GAS-infektion oireita, käy läpi saman anamneesin keräämisen, pyyhkäisyn, hoidon ja seurannan.