Badanie nabywania i przenoszenia przewozu Streptococcus Pyogenes (SpyCATS)

Rodzaj studiów i projekt

Badanie jest prospektywnym, podłużnym (otwartym) badaniem kohortowym w gospodarstwach domowych w Sukuta w Gambii. Zostaną zrekrutowane gospodarstwa domowe, a wszyscy dostępni członkowie gospodarstwa domowego zostaną poproszeni o udział. Gospodarstwa domowe będą obserwowane przez 12 miesięcy, z wizytami do miesięcznych (wizyty co najmniej 3-miesięczne), aw niektórych podgrupach uczestników częściej.

W sumie zostanie zrekrutowanych 45 gospodarstw domowych, w tym każdy dostępny członek gospodarstwa domowego jako uczestnicy indywidualni (co daje kohortę około 450 uczestników, przy czym średnia wielkość gospodarstwa domowego w Sukuta wynosi około 10).

Gospodarstwa domowe będą rejestrowane na 12 miesięcy, przy czym rejestracja ma się rozpocząć przed porą deszczową, aby zapewnić, że okres rejestracji obejmie jedną pełną porę deszczową, z okresami suchymi po obu stronach. Każde gospodarstwo domowe zostanie poddane wizycie rejestracyjnej (MV0), następnie wizytom maksymalnie comiesięcznym (MV1, MV2, MV3 itd., do MV12) lub rzadziej, jeśli pojawią się praktyczne ograniczenia.

Podczas każdej wizyty od wszystkich osób zostanie pobrany wymaz z jamy ustnej i gardła, wymaz ze skóry normalnej, próbka płynu ustnego i wysuszona próbka plamki krwi, zebrane zostaną dane socjodemograficzne, zachowania związane z mieszaniem się w grupy społeczne oraz wyniki badań klinicznych. Zarejestrowane wyniki badań będą obejmować objawy zapalenia gardła, piodermii i świerzbu. Ponadto na początku i na końcu badania zostanie pobrana próbka krwi na surowicę w celu uzyskania szczegółowych czynnościowych odpowiedzi immunologicznych. Wymazy zostaną również pobrane z wszelkich zmian piodermii, z często dotykanych punktów w gospodarstwie domowym, takich jak klamki drzwi i talerze osadowe używane w gospodarstwach domowych.

Wymazy zostaną przetransportowane tego samego dnia do laboratorium i posiewane do hodowli mikrobiologicznej. Hodowla zidentyfikuje obecność GAS z wymazów, a jeśli jest obecny, zostanie określona oporność na antybiotyki, a izolaty będą przechowywane do późniejszego wykorzystania. Dodatkowo, jeśli zostaną zidentyfikowane Streptococcus grup C i G, izolaty będą przechowywane, a wymazy z ran ze skóry normalnej i piodermii będą przechowywane wszelkie izolaty Staphylococcus aureus.

Wymazy od uczestników będą hodowane na obecność GAS, a izolaty zostaną poddane sekwencjonowaniu całego genomu w celu oceny pokrewieństwa filogenetycznego zidentyfikowanych szczepów. Dane te, w połączeniu z czasową częstością nabywania szczepów, danymi klinicznymi i sytuacją gospodarstw domowych, zostaną wykorzystane do zbudowania matematycznego modelu transmisji GAS w celu zidentyfikowania kluczowych dróg transmisji w gospodarstwach domowych i między nimi.

Badania dodatkowe:

Zintensyfikowana kohorta obserwacyjna GAS

Podgrupa 12 gospodarstw domowych, w większości z co najmniej jednym bezobjawowym nosicielem GAS na początku badania, a niektóre bez nosicieli, utworzy kohortę, która zostanie poddana zintensyfikowanemu pobieraniu wymazów. Ta kohorta zostanie wykorzystana do oceny częstości występowania nosicielstwa i choroby GAS z większą rozdzielczością niż główna kohorta. Wszyscy obecni domownicy będą poddawani częstszym wymazom, z myślą o odwiedzaniu ich co tydzień przez 6 miesięcy. Podczas tych wizyt gromadzone będą bardziej szczegółowe dane dotyczące zachowań związanych z mieszaniem się społeczności.

Oszacowanie czasu przewozu GAZU

Zidentyfikowana zostanie również kolejna podgrupa, aby umożliwić większą rozdzielczość w szacowaniu czasu trwania przewozu GAS. Po rejestracji od każdego uczestnika, u którego uzyskano wynik dodatni jako nosiciel GAS (tj. wynik ujemny w punkcie wyjściowym lub podczas poprzedniej wizyty, a następnie uzyskano wynik pozytywny bezobjawowo), cotygodniowe wymazy będą pobierane z tego samego miejsca, które było dodatnie, do czasu pobrania 2 wymazów ujemnych GAS w ciągu wiersz.

Szacowanie częstości występowania infekcji GAS

Aby ocenić częstość występowania klinicznej choroby GAS w kohorcie podczas całego badania, wszyscy uczestnicy zgłaszający objawy wskazujące na możliwe kliniczne zakażenie GAS, takie jak zapalenie gardła lub ropne zapalenie skóry (ale także infekcje inwazyjne), zostaną odwiedzeni na niezaplanowaną wizytę, podczas której zostanie przeprowadzony wywiad kliniczny i zdrowotny zostanie zarejestrowana historia poszukiwania, pobrany wymaz, ślina i DBS, a leczenie (lub dalsze postępowanie) zostanie przeprowadzone zgodnie z wytycznymi WHO lub najlepszą lokalną praktyką. Ponadto podczas każdej zaplanowanej wizyty każda osoba, u której wykryto objawy kliniczne zakażenia GAS, zostanie poddana temu samemu procesowi zbierania wywiadu, pobierania wymazów, leczenia i obserwacji.