Analyse transcriptomique des fibroblastes et du sang chez les patients atteints de maladies rares (ARNseqFibroSan)

Raisonnement:

La majorité des patients souffrant de déficience intellectuelle ou d'hypotonie néonatale ne restent pas diagnostiqués, malgré des tests génétiques approfondis. En fait, les analyses standard visant à détecter les anomalies de l'ADN du patient ne permettent qu'à un diagnostic dans un tiers des cas. Notre hypothèse est qu'un certain nombre de ces patients mal diagnostiqués portent des anomalies (variantes pathogènes) perturbant l'ARN (transcrit), qui n'ont pas été identifiées par séquençage d'ADN.

Cette étude vise à répondre à une question clé dans le domaine des maladies génétiques rares en déterminant la prévalence de variantes délétères au niveau de l'ARN chez les patients non diagnostiqués souffrant d'incapacité intellectuelle et / ou d'hypotonie néonatale. Cette étude mettra fin à l'erratisme diagnostique chez un certain nombre de patients.

Enfin, les résultats de cette étude permettra de comparer les deux types de tissus utilisés pour RNASEQ, en vue de faciliter la mise en œuvre de cette méthode d'analyse dans le cadre diagnostique.

Objectifs:

Déterminez la prévalence des variantes avec un effet délétère au niveau de l'ARN, identifié par analyse transcriptomique (RNASEQ) chez les patients diagnostiquement errants atteints d'hypotonie néonatale et / ou de déficience intellectuelle. Cette analyse sera réalisée en parallèle sur le sang et la culture des fibroblastes (biopsie cutanée).

Comparez le nombre de variantes pathogènes identifiées par RNASEQ sur les tissus sanguins avec le nombre de variantes pathogènes identifiées par RNaseq sur la culture des fibroblastes. Le résultat aidera à décider si un seul échantillon est suffisant pour obtenir un diagnostic chez les patients dans les limbes de diagnostic.

Étude des points de terminaison:

Le nombre de patients initialement dans l'erreur diagnostique en qui une variante délétère au niveau de l'ARN a été identifiée par analyse transcriptomique (RNASEQ).

Le nombre de variantes d'ARN délétères identifiées chez les patients en errance diagnostique en utilisant l'ARNSEQ sur les fibroblastes et les variantes d'ARN délétères identifiées en utilisant l'ARNSEQ sur des échantillons de sang.

Conception d'étude:

Étude de prévalence descriptive multicentrique

Procédures d'étude:

Les patients (ou leurs parents dans le cas des mineurs) seront informés de la possibilité de participer à l'étude lors d'une consultation de suivi dans le cadre de leurs soins habituels. Les patients recevront également un dépliant expliquant l'étude. Après une période de réflexion, les patients seront vus dans l'un des trois centres (Marseille, Toulon, Nice) pour signer un formulaire de consentement et prélever des échantillons.

Une seule visite est prévue dans le cadre de l'étude. Il s'agit de la visite d'inclusion, pendant laquelle des échantillons de peau et de sang sont prélevés.

Si une variante pathogène expliquant le phénotype est identifiée chez un patient, le médecin du patient demandera la confirmation de la variante par analyse ciblée (séquençage de Sanger) par le laboratoire (Laboratoire de Génétique Moléculaire, APHM) dans le cadre du diagnostic. Ce résultat sera fourni par le médecin du patient dans le cadre des soins habituels du patient.

Numéro des sujets: 62

Calendrier d'étude:

Période d'inclusion: 36 mois Durée du suivi: Il n'y a pas de suivi pour le patient dans cette étude - une seule visite d'inclusion est prévue. Les résultats seront rapportés dans le cadre des soins habituels du patient.

Durée des analyses: 6 mois Durée totale (durée de l'inclusion et durée de l'analyse): 42 mois