Transkriptomisk analyse af fibroblaster og blod hos patienter med sjældne sygdomme (ARNseqFibroSan)

Begrundelse:

Størstedelen af patienter med intellektuel handicap eller neonatal hypotoni forbliver udiagnostiseret på trods af omfattende genetisk test. Faktisk muliggør standardanalyser, der sigter mod at påvise abnormiteter i patientens DNA, kun en diagnose i en tredjedel af tilfældene. Vores hypotese er, at et vist antal af disse fejldiagnostiserede patienter bærer afvigelser (patogene varianter), der forstyrrer RNA (transkription), som ikke blev identificeret ved DNA -sekventering.

Denne undersøgelse sigter mod at besvare et centralt spørgsmål inden for sjældne genetiske sygdomme ved at bestemme forekomsten af skadelige varianter på RNA -niveau hos udiagnostiserede patienter med intellektuel handicap og/eller neonatal hypotoni. Denne undersøgelse vil stoppe diagnostisk uberegnelig hos et antal patienter.

Endelig vil resultaterne af denne undersøgelse gøre det muligt at sammenligne de to typer væv, der bruges til RNaseq, med henblik på at lette implementeringen af denne analysemetode i den diagnostiske indstilling.

Mål:

Bestem forekomsten af varianter med en skadelig virkning på RNA -niveau, identificeret ved transkriptomisk analyse (RNaseQ) hos diagnostisk forkerte patienter med neonatal hypotoni og/eller intellektuel handicap. Denne analyse udføres parallelt om blod og fibroblastkultur (hudbiopsi).

Sammenlign antallet af patogene varianter identificeret ved RNaseq på blodvæv med antallet af patogene varianter identificeret ved RNaseq på fibroblastkultur. Resultatet vil hjælpe med at beslutte, om en enkelt prøve er tilstrækkelig til at opnå en diagnose hos patienter i diagnostisk limbo.

Undersøgende slutpunkter:

Antallet af patienter, der oprindeligt var i diagnostisk fejlagtigt, i hvilken en skadelig variant på RNA -niveau blev identificeret ved transkriptomisk analyse (RNaseq).

Antallet af skadelige RNA -varianter, der blev identificeret hos patienter i diagnostisk fejlagtigt ved anvendelse af ARNSEQ på fibroblaster og de skadelige RNA -varianter, der blev identificeret ved hjælp af ARNSEQ på blodprøver.

Undersøgelsesdesign:

Multicentrisk beskrivende prævalensundersøgelse

Undersøgelsesprocedurer:

Patienter (eller deres forældre i tilfælde af mindreårige) vil blive informeret om muligheden for at deltage i undersøgelsen under en opfølgningskonsultation som en del af deres sædvanlige pleje. Patienter får også en indlægsseddel, der forklarer undersøgelsen. Efter en periode med refleksion ses patienter på et af tre centre (Marseille, Toulon, NICE) for at underskrive en samtykkeformular og tage prøver.

Kun et besøg er planlagt som en del af undersøgelsen. Dette er inkluderingsbesøget, hvor der udtages hud- og blodprøver.

Hvis en patogen variant, der forklarer fænotypen, identificeres hos en patient, vil patientens læge anmode om bekræftelse af varianten ved målrettet analyse (Sanger -sekventering) af laboratoriet (Laboratoire de Génétique Moléculaire, APHM) som en del af diagnosen. Dette resultat vil blive leveret af patientens læge som en del af patientens sædvanlige pleje.

Emner nummer: 62

Undersøgelsestidslinjer:

Inkluderingsperiode: 36 måneders varighed af opfølgning: Der er ingen opfølgning for patienten i denne undersøgelse-et enkelt inkluderingsbesøg er planlagt. Resultaterne rapporteres som en del af patientens sædvanlige pleje.

Analysernes varighed: 6 måneders total varighed (varighed af inkludering og varighed af analyse): 42 måneder